El 5 de febrero de 1829 ancló en las balizas de Buenos Aires un barco inglés a cuyo bordo viajaba el general San Martín, que volvía con intención de residir en Mendoza un tiempo, después de cinco años de ostracismo.
La situación personal en Europa se le había vuelto difícil; sus escasísimos ingresos apenas le alcanzaban para completar la educación de su hija Mercedes, su única familia. Desde Mendoza pensaba gestionar del Perú el pago de la pensión que se le había decretado.
Se enteró San Martín ya en Río de Janeiro de la rebelión de Lavalle y no quiso desembarcar. Desde el barco pidió al ministro Díaz Vélez el pasaporte para detenerse en Montevideo. El general Paz escribió a Lavalle:
"Otro incidente importante tengo que contar a Usted. Este es la llegada del general San Martín. El 6 por la noche ancló en las balizas exteriores el paquete inglés que lo conduce; el 7 escribió a Díaz Vélez diciéndole que había vuelto al país, pensando hallarlo quieto y tranquilo, pero que los últimos sucesos que había sabido en el Janeiro lo obligaban a pedir su pasaporte para Montevideo, donde quería estacionarse mientras durasen nuestras desavenencias; Díaz Vélez le ha contestado convenientemente, accediendo a su insinuación y remitiéndole el pasaporte. Él hasta la fecha no ha desembarcado, y por el tenor y el espíritu de su carta es de esperar que no lo hará. Sin embargo, calcule usted las consecuencias de una aparición tan repentina. Es probable que la oposición deshauciada, desesperada por falta de un conductor que la guíe se fije en este hombre y le haga propuestas seductoras. Ellas nada valdrán si el general San Martín quiere, como dice, no pertenecer a partidos, y servir a los verdaderos intereses del país, y si nuestros compañeros son como es de esperar consecuentes con sus primeros pasos; pero si esto no sucede, nos costará más trabajo el cumplimiento de la obra que hemos principiado" (9 de febrero).
En marzo de 1829 intentó regresar a Buenos Aires, al saber que había vuelto a estallar la guerra civil. Permaneció a bordo de incógnito, aunque fue descubierto. Su antiguo subordinado, el general Juan Lavalle, había derrocado y fusilado al gobernador Manuel Dorrego, pero ante la imposibilidad de vencer en la contienda, ofreció a San Martín la gobernación de la provincia de Buenos Aires, pero éste juzgó que la situación a que había llevado el enfrentamiento solamente se resolvería por la destrucción de uno de los dos partidos. Respondió a Lavalle que: «el general San Martín jamás desenvainará su espada para combatir a sus paisanos».Se trasladó a Montevideo donde permaneció tres meses para al final volver a Europa
Algunos de los implicados en el movimiento del 1º de diciembre temieron la intervención de San Martín, pues poco le habría costado contar con amplia base de adhesiones si hubiese desembarcado.
Lavalle, que no tenía ambición personal, que había hecho su carrera militar a las órdenes del Libertador, comprendió que la presencia de San Martín podía dejar en segundo plano a todas las personalidades de relieve en aquellos momentos y pidió al antiguo jefe que volviese al país y emprendiese la obra de concordia que era posible con su auxilio. Para hacer ese ofrecimiento, no consultó siquiera con sus colaboradores inmediatos; solamente conocieron su gestión los dos emisarios que envió a entrevistarse con San Martín en Montevideo y el ministro Díaz Vélez; Alvear, entonces ministro de la guerra, no supo nada. A Díaz Vélez le había escrito San Martín:
"En vista del estado de nuestro país y, por otra parte, no perteneciendo ni debiendo pertenecer a ninguno de los partidos en cuestión, he resuelto, para conseguir este objeto, pasar a Montevideo, desde cuyo punto dirigiré mis votos por el pronto restablecimiento de la concordia."
Juan Andrés Gelly representando a Lavalle se entrevistó en el puerto de Buenos Aires, con el capitán general José de San Martín, en el barco en el que éste permaneció durante cuatro días sin tomar tierra, intentando sin éxito que éste asumiera la gobernación de la Provincia de Buenos Aires, pero éste rechazó el ofrecimiento y abandonó su país para siempre
Lavalle, desde el cuartel general del Saladillo, escribió el 4 de abril a San Martín:
"Mi estimado general: Los señores coronel Eduardo Trole y don Juan Andrés Gelly salen en este momento de mi cuartel general para Montevideo, y los he autorizado para que hablen con usted en mi nombre. Quiera usted dignarse oírlos, general, y admitir los sentimientos de estimación y respeto de su muy atento y obediente servidor."
La misión fue muy reservada; Lavalle proponía a San Martín que asumiese—la responsabilidad máxima para terminar la guerra civil. Recibió la siguiente respuesta, fechada en Montevideo el 14 de abril:
"Estimado general: Los señores Trolé y don Juan Andrés Gelly me han entregado la de usted del 4 del corriente. Ellos le dirán cuál ha sido el resultado de nuestras conferencias; por mi parte siento decir a usted que los medios que me han propuesto no me parece tendrían las consecuencias que usted se propone para terminar los males que afligen a nuestra patria desgraciada. Sin otro derecho que el de haber sido su compañero de armas, permítame usted, general, que le haga una sola reflexión, a saber, que aunque los hombres en general juzgan de lo pasado según la verdadera justicia, y de lo presente según sus intereses, en la situación en que usted se halla, una sola víctima que pueda economizar a su país le servirá de un consuelo inalterable, sea cual fuere el resultado de la contienda en que se halla usted empeñado, porque esta satisfacción no depende de los demás, sino de uno mismo"...
Las razones por las cuales San Martín no aceptaba las proposiciones que le hacia Lavalle debían transmitirlas verbalmente los comisionados. De todos modos, Lavalle puso de manifiesto su desinterés personal y su renunciamiento, pues la presencia de San Martín habría dejado en segundo término a los actores principales del drama que vivía el país o determinado su alejamiento de la escena para facilitar la obra de concordia que el Libertador habría podido emprender.
El general Fructuoso Rivera también le escribió deplorando su decisión de regresar a Europa; San Martín concretó en su respuesta del 22 de abril todos los motivos que tenía para hacerlo; no querer mandar, no poder habitar en el país convulsionado por la guerra civil como particular, sin mezclarse en sus disensiones. Únicamente en el caso de una guerra extranjera, pero nunca contra los compatriotas, estaría dispuesto a servir como soldado, en cualquier puesto que se le destinase.
En una carta escrita al general Guido es más explícito y anuncia en ella como profeta el advenimiento de Rosas:
"Las agitaciones en 19 años de ensayos en busca de una libertad que no ha existido, y más que todo las difíciles circunstancias en que se halla en el día nuestro país, hacen clamar a lo general de los hombres que ven sus fortunas al borde del precipicio, y su futura suerte cubierta de una funesta incertidumbre, no por un cambio en los principios que nos rigen y que en mi opinión es en donde está el mal, sino por un gobierno vigoroso, en una palabra, militar; porque el que se ahoga no repara en lo que se agarra, igualmente conviene en que para que el país pueda existir, es de necesidad absoluta que uno de los dos partidos desaparezca de él. Al efecto se trata de encontrar un salvador que reuniendo el prestigio de la victoria al concepto de las demás provincias y más que todo un "brazo vigoroso", salve a la patria de los males que le amenazan: la opinión presenta este candidato, él es el general San Martín. Para esta aserción yo me fundo en el número de cartas que he recibido de personas de respeto en ésa, y otras que me han hablado en ésta sobre este particular; yo apoyo mi opinión sobre las circunstancias del día. Ahora bien, partiendo del principio de que es absolutamente necesario que desaparezca uno de los partidos contendientes por ser incompatible la presencia de ambos con la tranquilidad pública, ¿será posible que sea yo el escogido para ser el verdugo de mis conciudadanos, y cual otro Sila cubra mi patria de proscripciones? No —jamás, jamás—, mil veces preferiría correr y envolverme en los males que la amenazan, que ser yo el instrumento de tamaños horrores; por otra parte, después del carácter sanguinario con que se han pronunciado los partidos, no me sería permitido, si quedase victorioso, usar de una clemencia necesaria y me vería obligado a ser el agente del furor de pasiones exaltadas, que no consultan otro principio que el de la venganza. Mi amigo, veamos claro: La situación de nuestro país es tal que al hombre que lo mande no le queda otra alternativa que la de apoyarse sobre una fac-ción, o renunciar al mando: esto último es lo que hago. Muchos años hace que usted me conoce con inmediación, y le consta que nunca he suscripto a ningún partido, y que mis operaciones y resultados de éstas han sido hijas de mi escasa razón y del consejo amistoso de mis amigos. No faltará quien diga que la patria tiene derecho a exigir de sus hijos todo género de sacrificios. Esto 'tiene sus límites. A ella se le debe sacrificar la vida e intereses pero no el honor. La historia y, mis que todo, la experiencia de nuestra revolución, me han demostrado que jamás se puede gobernar con más seguridad a los pueblos que después de una gran crisis. Tal es la situación en que quedará el de Buenos Aires que él no exigirá del que lo mande después de esta lucha más que tranquilidad. Si sentimientos menos nobles que los que poseo en favor de nuestro suelo fuesen el norte que me dirigiese, yo aprovecharía esta coyuntura para engañar a este heroico pero desgraciado pueblo, como lo han hecho unos cuantos demagogos que con sus locas teorías lo han precipitado en los males que lo afligen, dándole el pernicioso ejemplo de perseguir a los hombres de bien, sin reparar en medios..."
La carta a Guido muestra plenamente la calidad moral del autor. Continúa así:
"Después de lo que llevo expuesto, ¿cuál es el partido que me resta? Es preciso convenir que mi presencia en el país, lejos de ser útil, no haría otra cosa que ser embarazosa para los unos, y objeto de continua desconfianza para los otros, de esperanzas que deben ser frustradas, y para mí de disgustos continuados. .."
Y termina con estas reflexiones al amigo y al confidente de confianza:
"No he querido hablarle una sola palabra sobre mi espantosa adversión a todo mando político. Cuáles serían los resultados favorables que podrían esperarse entrando al ejercicio de un empleo con las mismas repugnancias que una joven recibe las caricias de un lascivo y sucio anciano. Por otra parte, ¿cree usted que tan fácilmente se hayan borrado de mi memoria los horrorosos títulos de ladrón y ambicioso con que tan gratuitamente me han favorecido los pueblos que en unión de mis compañeros de armas hemos libertado? Yo estoy y he estado en la firme persuasión de que toda la gratitud que se puede exigir de los pueblos en revolución, es el que no sean ingratos; pero no hay filosofía capaz de mirar con indiferencia la calumnia. De todos modos, esto último es lo de menos para mí, pues si no soy dueño de olvidar las injurias, a lo menos sé perdonarlas..."
Pero no terminan aquí las relaciones de San Martín en el Plata, como lo prueban los poderes que otorgó, para administrar sus bienes, a Goyo Gómez y a Vicente López.