Lavalle consideraba que el gobernador delegado, almirante Brown, no procedía con la energía y la prontitud que requerían los hombres del movimiento de diciembre con lo cual generó un consejo de gobierno .
El general Martín Rodríguez fue designado a comienzos de abril comandante general de armas. Luego se constituyó un Consejo de gobierno integrado por los generales Miguel E. Soler, como presidente, Juan Martín de Pueyrredón, Francisco Fernández de la Cruz, Juan José Viamonte, José Tomás Guido, Manuel Antonio Castro, Diego E. Zavaleta, Valentín San Martín, Manuel B. Gallardo, Domingo Guzmán, Félix Alzaga y Bernardo Ocampo. Álzaga y Guido renunciaron al cargo y las renuncias les fueron aceptadas en mayo de 1829.
Con este Consejo se quería suplir la ausencia de representación provincial hasta que fuese posible convocarla de conformidad con la ley; se quería reunir a los hombres de orden contra la barbarie y se aspiraba "al exterminio de los salvajes y de los hombres que se han aliado contra ellos".
El acto de la inauguración del Consejo se realizó con la presencia de Lavalle, el cual advirtió que "no se trataba de sostener un partido político sino de hacer triunfar la causa de la civilización contra el vandalismo. La cuestión no es otra —dijo — sino si la República ha de existir o no, y esto es lo que se trata de resolver".
El cuerpo no era solamente consultivo, sino que tenía facultades para proponer por sí las medidas que juzgase de utilidad para el bien del país, siempre que fuesen admitidas por unanimidad de sufragios.
Se sometió a la discusión del Consejo si se debía dar pasaporte o no, en las circunstancias por las que atravesaba el país, para salir al extranjero, a los ciudadanos enrolados en la milicia urbana y que deseaban alejarse para negar así el servicio que se exigía de ellos.
Francisco Fernández de la Cruz apoyó la revolución contra el gobernador Manuel Dorrego, y fue miembro del consejo consultivo de Juan Lavalle, con el que el gobernador usurpador reemplazó la legislatura. Huyó a Montevideo tras la derrota unitaria, pero regresó al poco tiempo.
El Consejo aconsejó:
1) que no podía eludir el servicio que se le exigía ningún ciudadano comprendido en leyes y decretos que obligaban a todos los individuos aptos a defender la patria amenazada por invasión o rebelión;
2) que sería conceptuado criminal, sujeta a penas, la persona comprendida en lo anterior que se resistiese a enrolarse y que el gobierno no debía extenderle pasaporte para salir del país, sino obligarle al cumplimiento de sus deberes. También se opuso a que la clase pudiente y propietaria se sustrajese a la defensa de la patria por una cantidad de 200 pesos, siguiendo una propuesta de Salvador María del Carril.
Se descubrió que desde la capital se ayudaba con armas y bastimentos a los grupos que mantenían la resistencia contra el gobierno de la provincia y se prohibió bajo pena de muerte la salida de armas y víveres de la ciudad; también se impusieron fuertes multas pecuniarias a los infractores, y para el juicio de las infracciones se recurrió al procedimiento sumario de la comisión especial.
El Consejo intervino para hacer posible la conciliación entre Lavalle y Rosas, cuando se planteó esa posibilidad. Se disolvió el 6 de julio.