Manuel de Sarratea luego de la batalla de Cepeda se unió al ejército federal dirigido por Estanislao López y Francisco Ramírez. Estos lo enviaron como representante suyo ante el Cabildo de Buenos Aires, al que convenció de nombrarlo gobernador. Asumió el 18 de febrero de 1820. Enseguida firmó con los jefes federales el Tratado del Pilar, por el que la provincia se reconocía como igual a las demás Provincias Unidas.
En la elección a gobernador aparecen tres candidatos en perspectiva para la gobernación de la provincia de Buenos Aires, estos eran Miguel Estanislao Soler, Carlos de Alvear y Manuel de Sarratea. La Junta de representantes designó el 17 de febrero gobernador provisional a Sarratea, que era uno de sus miembros, hasta que pudiera reunirse el voto de la campaña, esto fue probablemente por presión de los caudillos entrerriano y santafesino.
La junta comunico a Soler lo acordado anunciándole también que se había resuelto no haber motivo alguno para el cese del Cabildo, y como los cabildantes renunciasen, fueron nombrados reemplazantes, Soler por su lado había firmado en Luján un armisticio de tres días para concluir la paz y armonía permanentes y había convenido que no quedaría en su empleo ningún individuo de la administración depuesta o que hubiese ayudado o intentado ayudar a sostenerla en sus proyectos de agresión o cooperado en la ejecución de sus crímenes, y desde Puente de Márquez ofició, el 18 de febrero, a Juan Ramón Balcarce para que no continuase la marcha hacia la capital, pues había concertado un armisticio con los jefes federales en su calidad de comandante general de las fuerzas de mar y tierra, para concluir el tratado definitivo. Balcarce respondió que no reconocía a Soler en el carácter que invocaba.
La Junta de representantes designó el 17 de febrero gobernador provisional a Sarratea, que era uno de sus miembros, hasta que pudiera reunirse el voto de la campaña, esto fue probablemente por presión de los caudillos entrerriano y santafesino.
La Junta comunicó a Sarratea el 19 de febrero la conveniencia de obtener de los jefes federales triunfantes la prórroga del armisticio para preparar los tratados definitivos. Sarratea salió entonces de la capital para negociar la paz, quedando el coronel Hilarión de la Quintana al frente del mando político y militar de la ciudad.