El 1º de marzo, en unión la Junta de representantes con el gobernador y el Cabildo, se resuelve enviar una comisión al coronel Juan Ramón Balcarce asegurando que sus ideas y prevenciones sobre la conducta de los jefes federales no tenían otro origen que los rumores esparcidos por los enemigos.
Sarratea estuvo dispuesto a cumplir con lo convenido y a proceder contra los miembros del gobierno anterior, y el 29 de febrero ofició a la Junta en el sentido que era imprescindible hacer justicia para evitar una contrarrevolución sangrienta,
La Junta respondió el 19 de marzo autorizando al gobernador a nombrar una comisión de miembros acreditados por su probidad, bajo la dirección de un letrado, para proceder conforme a derecho, a esclarecer los crímenes de la administración anterior hasta poner el proceso en estado de sentencia y si en esa investigación resultaban culpables diputados de pueblos libres de la dominación enemiga, se suspendería todo procedimiento hasta dar aviso reservado al Cabildo respectivo; pero si los diputados culpables eran de la capital o regiones ocupadas por el enemigo, la causa se seguiría hasta ponerla en estado de sentencia, procurando que las personas fuesen tratadas como corresponde a la representación que habían investido. Debiendo reunirse en breve la representación general de la provincia, ella resolvería sobre el modo de proceder con los diputados de los pueblos libres de la dominación enemiga después de recibir la contestación de los cabildos y también sobre el tribunal que deberá sentenciar, en definitiva.
Carlos María de Alvear y José Miguel Carrera se sumaron al ataque de los caudillos de Santa Fe y Entre Ríos, Estanislao López y Francisco Ramírez, contra Buenos Aires. Junto con Francisco Ramírez, de Entre Ríos, y Estanislao López, de Santa Fe, planificaron el ataque contra los unitarios, triunfando en la batalla de la Cañada de Cepeda, el 1 de febrero de 1820. El nuevo Gobernador de la Provincia de Buenos Aires, el general Manuel de Sarratea logró llegar a un entendimiento con los líderes federales.
De acuerdo a las clausulas secretas el 4 de marzo, Sarratea dio orden de que se entregasen a los federales: 800 fusiles de buena calidad, 800 sables, 25 quintales de pólvora de fusil y 25 quintales de plomo para balas.
Los grupos activos en la capital interpretaron las condiciones secretas como una equivalencia a la rendición incondicional de Buenos Aires, y se hizo correr el rumor de que la división salvada por Balcarce había sido atacada por la artillería que se entregó al ejército federal. El 6 de marzo una multitud reunida en la plaza de la Victoria presentó al Cabildo un petitorio firmado por 165 ciudadanos, declarando que el gobierno en ejercicio no merecía su confianza y que debía cesar su autoridad, sustituyéndolo por persona adecuada, y declarando también que la entrega de armamento y vestuario no estaba en las atribuciones de una administración provisoria.
El pueblo invadió la sala capitular y el comandante de armas Miguel E. Soler dio cuenta de las órdenes libradas por el gobernador Sarratea; por su parte se había opuesto a esas donaciones, pero no pudo evitarlas.
Los presentes acordaron separar a Sarratea de su cargo y designar reemplazante por los votos individuales de los ciudadanos, votos que debían dar a conocer personalmente al mismo ayuntamiento. En una especie de comedia electoral fue designado gobernador Juan Ramón Balcarce el 7 de marzo, con facultades omnímodas.
Ya por entonces se había popularizado la idea de delegar facultades omnímodas al gobernante para que recurriese a todos los medios que impusiese la suprema ley de la salvación de la patria. Por tanto, la serie de gobernadores con facultades omnímodas comienza con Balcarce, sigue con Ildefonso Ramos Mexía y Martín Rodríguez y llega luego hasta Rosas.
Balcarce permaneció en el gobierno desde el 6 al 11 de marzo; Sarratea fue repuesto por la intervención de Francisco Ramírez, y el Cabildo dejó constancia que el nombramiento objetado había sido hecho por un corto número de ciudadanos y era nulo y violento. El nombramiento de Balcarce fue rechazado por las autoridades legales, lo mismo que por Soler, Alvear y Pagola.
Sarratea se retiró a Pilar y desde allí dirigió circulares a las autoridades de la capital y de la campaña reclamando la obediencia debida y denunciando el motín militar de Balcarce, a quien el rencor contra los federales había llevado a vincularse con la juventud unitaria y los restos del régimen anterior.
Ramírez y López adelantaron sus tropas hasta los suburbios de Buenos Aires y, careciendo de opinión popular, Balcarce tuvo que huir cuando las partidas de Sarratea se aproximaban al centro de la ciudad. Alvear había aprovechado la situación para promover un cabildo abierto por medio de su aliado José Miguel Carrera, reunión que se realizó el 12 de marzo; pero al conocerse la noticia de que el dictador de 1815 se hallaba en la ciudad, se amotinaron los cívicos y Alvear debió salvar la vida en la fuga; el Cabildo, a petición del pueblo, envió una diputación a Sarratea para que volviese a asumir el mando de la provincia.
Bando emitido por el Gobernador Sarratea el 1 de Abril de 1820
El 14 de marzo se reunió el Cabildo con la Junta de representantes para tratar un oficio de Francisco Ramírez, en el que recordaba al gobernador los compromisos del tratado secreto del Pilar y según los cuales se entregarían a Entre Ríos, como remuneración por los servicios prestados e indemnización de gastos, 500 fusiles, 500 sables, 25 quintales de pólvora, 50 de plomo, etc. Sarratea había ordenado el cumplimento de lo pactado, pero los enemigos habían impedido que se cumpliese íntegramente el acuerdo y se habían apoderado del mando violentamente; en esas circunstancias emprenderían un ataque a los facciosos para restablecer la autoridad del gobernador Sarratea.
Mientras ocurrían estos sucesos en Buenos Aires, el 18 de marzo se había reunido en Córdoba una asamblea de diputados y declaró caduca la constitución de 1819, ya que, "como provincia soberana y libre, no conocía dependencia, ni debía subordinación a otra; que miraba como uno de sus principales deberes la fraternidad y unión con todos, y las más estrechas relaciones con ellas, entre tanto que, reunidas en Congreso general, se ajustaban los tratados de una verdadera federación en paz y en guerra a que aspiraba de conformidad con los demás pueblos".
En vista de la acción amenazante de los portugueses, reclamaba que se le doblase el número de armas y municiones y que se proporcionase vestuario a la tropa, y una corta gratificación, y que no esperaba más para retirarse. La Junta de representantes no se consideró en condiciones legales para intervenir, pero sus miembros presentes dieron su opinión individual como ciudadanos. Consultado Soler, se acordó que en interés de la provincia se diesen a Ramírez vestuarios y auxilios en dinero; pero las armas y municiones se le entregarían en Santa Fe o Paraná, después que las tropas evacuasen la provincia. El mismo día 14 de marzo, Sarratea mandó formar proceso a los miembros del Congreso y Directorio. El proceso se caratuló así:
"Proceso original justificativo contra los reos acusados de alta traición en el Congreso y Directorio mandados juzgar por el artículo séptimo del Tratado de Paz firmado por este gobierno con los jefes de las fuerzas federales de Santa Fe y la Banda Oriental, en veintitrés de febrero del corriente año 1820" (Buenos Aires, Imprenta Alvarez).
El deán Gregorio Funes, a raíz de este procesamiento, publicó un opúsculo que vio la luz opor-tunamente con el título de El grito de la razón y la ley sobre el proceso formado a los congresales.
Sarratea consultó en su actuación con el Cabildo y los miembros de la Junta de representantes para continuar cumpliendo las cláusulas del tratado secreto del Pilar y doblar la indemnización con motivo del nuevo concurso de las tropas federales para reponer al gobernador depuesto por el motín de Balcarce.
Pero la investidura de Sarratea tenía como obstáculo para su plenitud la presencia de Soler, que le había obligado a poner a sus órdenes inmediatas, y en el carácter de comandante general de armas, todas las tropas y recursos militares de la ciudad. Para destruir la influencia de Soler, que también reclamaba ese mando, hizo saber a Alvear que si disponía de algún medio para oponerse a Soler cumpliría los compromisos adquiridos con él.
Alvear no esperó más, y en la noche del 25 de marzo se dirigió al cuartel de Aguerridos, donde el jefe del cuerpo, Anacleto Martínez, lo esperaba con un grupo de jefes y oficiales, los adictos a Carrera y algunos cívicos. Dueño de aquel cuartel, hizo detener al general Soler en el despacho del gobernador, como asimismo a los coroneles French y Beruti y a otros. Volvieron a rebelarse los cívicos y el Cabildo dirigió al gobernador una nota conminatoria para que obligase a Alvear a salir del territorio de la provincia. Los alvearistas, creyéndose fuertes con algunas compañías sublevadas, se reunieron en el Retiro y proclamaron gobernador a Alvear.
Sarratea se hizo fuerte entonces en la plaza de la Victoria, hizo poner en libertad al general Soler, y Alvear, al comprobar que la resistencia que se le oponía no podría ser dominada, se retiró por la ribera norte perseguido por los cívicos y se refugió en el campamento de Carrera, con quien siguió luego a Santa Fe.
La entrega de armas, municiones y vestuario a los federales se hizo sentir en Buenos Aires, y el gobierno tuvo que emitir un bando el 28 de marzo para recoger las que estuviesen en poder de particulares, seguido de otro el 10 de abril que aplicaba multas al que se encontrase en poder de armas de fuego y sables.
Contra Sarratea se promovió posteriormente la acusación de que había prometido o ayudado a Carrera a formar un ejército para invadir Chile y derrocar a O'Higgins, con lo cual obstruiría la expedición al Perú. Las noticias de esa actitud llegaron a Santiago, y Bernardo O'Higgins dirigió a Buenos Aires una nota protestando: ¿Querría privarse Buenos Aires de la gloria de coadyuvar a la libertad del Perú? ¿Se querrá cubrir de ignominia eterna haciendo la guerra a sus aliados y hermanos?".
El 27 de abril José Miguel Carrera respondió al Cabildo de Buenos Aires, que le acusaba de haber intervenido en los golpes de mano de Alvear, desafiándole como igualmente al "monstruo de San Martín, al traidor O'Higgins y a cuantos serviles componen su séquito para desmentir sus afirmaciones".
En una carta a Sarratea, San Martín, 17 años después, le manifestó que no lo había creído complicado en el asunto de la entrega de un ejército a Carrera, aunque "lo condenaban las apariencias".