Eliminado Artigas de la Banda Oriental por los portugueses, se dirigió a Entre Ríos en febrero de 1820. Censuró a Ramírez por haber firmado el tratado del Pilar sin su consentimiento y exigió obediencia a su autoridad
Ramírez desconoció entonces la autoridad que Artigas invocaba y relegó las pretensiones del caudillo oriental a la reunión del congreso general, intimándole el desalojo de sus fuerzas de la provincia de Entre Ríos. En junio se encontraron los rivales en Las Huachas y Artigas derrotó a Ramírez; éste se replegó al Paraná, donde se presentó pocos días más tarde Artigas con tres mil hombres de caballería que había sacado de Corrientes.
Ramírez contaba únicamente con 1.000 hombres de caballería, 200 de infantería y cuatro piezas de artillería al mando del comandante Lucio Mansilla.
Esta vez la caballería de Artigas fue dispersada y perseguida más de diez leguas. Ramírez persiguió a Artigas hasta cerca de Corrientes y, finalmente, el caudillo oriental pidió asilo a Gaspar Francia en el Paraguay, siendo confinado en la villa de Curuguati. Francisco Ramírez quedó dueño del campo y se hizo proclamar jefe supremo de Entre Ríos.
Los caudillos del litoral, López y Ramírez, tras vencer a las tropas unitarias en Cepeda, en febrero de 1820, habían firmado el Tratado de Pilar, que acordaba, entre otras disposiciones, la unidad nacional y adopción del sistema federal para las provincias. Se acordaba además anoticiar a Artigas de lo acontecido e invitarlo a formar parte del acuerdo. Pero el caudillo oriental se encontraba en retroceso y precisaba de una ayuda contra la invasión luso-portuguesa que nunca llegó. López y Ramírez ya no creían necesario afrontar los peligros de defender el territorio conquistado por el ahora Imperio del Brasil. Esta realidad llevó a Artigas a exigir obediencia de Ramírez, la cual una vez denegada llevó a la guerra del litoral: luego de un éxito inicial que le permitió a Artigas avanzar hacia Concepción del Uruguay, los ejércitos oriental y entrerriano se enfrentaron cerca de la localidad de Las Guachas el 13 de junio de 1820. Ramírez debió retroceder en un comienzo, pero consiguió de inmediato el auxilio de tropas porteñas, con las cuales pudo dispersar hacia fines de junio a los ejércitos artiguistas, compuestos por misioneros, correntinos, indígenas y orientales. Artigas debió exiliarse en el Paraguay y ya no volvería a participar activamente de las luchas en el Río de la Plata.