Los sucesos de Mayo de 1810 en Buenos Aires repercutieron en Chile el 18 de setiembre, cuando la presión popular obligó a constituir una junta gubernativa provisoria bajo la presidencia del conde de la Conquista, aunque uno de sus vocales, Juan Martínez de Rozas, impulsaba francamente a la independencia. Entre la junta de Santiago y la de Buenos Aires hubo estrecho contacto y en 1811 fue despachado un cuerpo de tropas chilenas en auxilio del gobierno porteño amenazado por la probabilidad de una expedición metropolitana.
Entre los patriotas chilenos surgieron discordancias que polarizaron en dos bandos hostiles; uno, el de los radicales inspirados por Rozas, que querían llegar a la emancipación total, y el otro el de los conservadores, apoyados por el Cabildo, que querían avanzar lentamente, según fuesen las circunstancias. Los españoles reconocían como autoridad suprema a la Real audiencia, hasta que ésta fue disuelta a raíz de un motín restaurador encabezado por Tomás de Figueroa.
La Junta celebró un congreso desde el 4 de julio de 1811, y ese congreso asumió el poder ejecutivo con el nombre de Alto Congreso. Las huestes patriotas entraron en un proceso desintegrador que las debilitó y el 15 de noviembre, aprovechando esas contingencias, José Miguel Carrera asumió el poder apoyado en un amotinamiento militar; Carrera disolvió el congreso el 12 de diciembre e instaló una especie de dictadura militar.
El virrey Abascal preparó en Lima una expedición al mando del brigadier Antonio Pareja, para aprovechar la desavenencia de los patriotas chilenos; desembarcó en las costas de Chiloé, a principios de 1813, y se apoderó luego de Valdivia y de Talcahuano. En las poblaciones del sur chileno predominaban los realistas y contaban a su vez con la adhesión de los indios; todo el territorio sur quedó pronto en poder de los realistas y formaron allí un ejército de cerca de 7.000 hombres, con el que avanzaron hacia el río Nuble. Carrera extremó su inclinación dictatorial y concentró el ejército patriota en Talca, con el cuartel general en la margen norte del Maule.
Ante el peligro, Bernardo O'Higgins, lo mismo que el brigadier Mackenna, adversarios de Carrera y de su sistema de gobierno, se pusieron a sus órdenes. Así se formó una concentración de fuerzas que sumó 5.000 hombres, y Carrera inició la campaña en abril de 1813. Se encontraron las fuerzas en pugna en Yerbas Buenas y San Carlos, sin definir la hegemonía de ninguno de los bandos; pero la dirección militar de Carrera fue cayendo en el desprestigio, mientras aumentaba la notoriedad y el prestigio de O'Higgins y de Mackenna.
Habiendo quedado desguarnecidas Concepción y Talcahuano, Carrera ordenó la ocupación de esas plazas y las de la frontera de Arauco; los realistas, al mando de Juan Francisco Sánchez, que tomó el mando al fallecer por entonces el brigadier Pareja, se refugiaron en Chillán y fueron sitiados allí por Carrera, inútilmente, pues tuvo que admitir un armisticio que obligó al ejército chileno a retroceder hasta Itata.
El gobernador de Cuyo, José de San Martín, quien se encontraba profundamente preocupado e interesado en la suerte de la revolución en Chile, le consultó ―al igual que a Antonio José de Irisarri― sobre los diversos grupos políticos que existían al otro lado de los Andes. Según muchos autores, esto les proporcionó a ambos la oportunidad de influir sobre San Martín en favor de O'Higgins, lo que habría dado sus frutos tras la derrota de Rancagua, cuando aquel se pronunció en contra de José Miguel Carrera. A fines de octubre de 1814, San Martín dio la orden de apresar a los hermanos Carrera para ponerlos a disposición del Director Supremo, de esta manera puso fin a la disputa entre los dos caudillos chilenos.Mackenna se trasladó entonces a Buenos Aires, destino que luego siguieron, por la fuerza, los hermanos Carrera. Allí, Luis Carrera ―motivado por las numerosas rencillas políticas y personales existentes con Mackenna― lo retó a duelo.
El 21 de noviembre de 1814, a orillas del Río de la Plata en el sitio entonces llamado La Residencia (actual Parque Lezama), se encontraron los contendientes y MacKenna resultó muerto. Por el hecho Luis Carrera fue encarcelado y acusado de homicidio pero que no pudo comprobarse nada y así fue puesto rápidamente en libertad.
El padrino de MacKenna en ese fatídico duelo fue su compatriota irlandés Guillermo Brown, nativo del condado de Mayo, fundador de la Armada Argentina.
Sus restos fueron enterrados bajo el altar de la Pasión en la Convento de Santo Domingo, en Buenos Aires. La placa conmemorativa en aquel lugar fue instalada por su nieto, el político e historiador chileno Benjamín Vicuña MacKenna.
Carrera volvió a concentrar fuerzas y quiso encerrar otra vez a Sánchez en Chillán, sin tener en cuenta las advertencias de O'Higgins, y acampó en el paso El Roble sin tomar precauciones ante cualquier decisión del enemigo, cuya situación ignoraba. Sánchez aprovechó el descuido y cayó sorpresivamente sobre los patriotas el 19 de octubre; éstos habrían sido totalmente destrozados sin la intervención oportuna de O'Higgins, que transformó el inminente desastre en una victoria.
En Santiago se formó una junta para reemplazar a Carrera en vista de sus desaciertos en la conducción militar. El contingente chileno que había sido enviado a Buenos Aires fue reclamado y, además, se despachó en ayuda de la revolución chilena una división auxiliar al mando de Juan Gregorio Las Heras. Contando con ese apoyo, la junta dispuso quitar el mando de las tropas a Carrera y reemplazarlo por O'Higgins:
El ejército chileno había quedado reducido a unos 2.500 hombres dispersos en el sur, mal armados, mal disciplinados y mal equipados. Un mes antes había desembarcado en las costas de Arauco un refuerzo realista al mando de Gabino Gainza, que se hizo cargo del ejército de operaciones de Chile como general en jefe.
Desde entonces, y a pesar de algunos pequeños contrastes en Membrillar, Cucha-Cucha y Quilo, los realistas fueron avanzando en dirección a Santiago hasta que el fracaso de Gainza en Quechereguas hizo posible el llamado convenio de Lircay, concertado por mediación del almirante inglés Hillyar, según el cual el gobierno chileno perdía su carácter independiente y volvía a convertirse en provisional. Incluía también la evacuación de Chile por las tropas españolas y el envío de diputados a la península para el arreglo de los conflictos surgidos y para la ayuda a la monarquía española.
Los convenios de Lircay fueron desaprobados por el virrey del Perú, y envió refuerzos a las órdenes de Mariano Osorio, quien desembarcó en Talcahuano, reunió las fuerzas que operaban en el sur contra los independientes y formó un ejército de 5.000 hombres, con los que se puso en marcha hacia el norte sin que el enemigo advirtiese sus movimientos.
Los acuerdos de Lircay produjeron descontento entre los patriotas y Carrera encabezó un movimiento militar que lo llevó nuevamente al gobierno, con una junta provisional de la que se hizo nombrar presidente. El Cabildo resistió y pidió auxilios a O'Higgins; las fuerzas en pugna chocaron en los llanos de Maipo y O'Higgins fue derrotado.
Reunidas por O'Higgins las fuerzas dispersas después de la derrota que sufrieron en Maipo y cuando se aprestaba a reanudar la lucha contra sú rival, se presentó un parlamentario realista que intimó la rendición; Osorio se había aproximado sin ser advertido. Considerando el peligro, Carrera y O'Higgins depusieron su animosidad e hicieron frente al enemigo común. Pero no pudieron ponerse de acuerdo sobre las operaciones a realizar y el resultado fue el desastre de Rancagua, el 2 de octubre 1814, que puso fin a la primera etapa de la independencia de Chile.
Restos del ejército chileno se salvaron del desastre con la protección de la división auxiliar de Las Heras y transpusieron la cordillera buscando asilo en Mendoza, donde San Martín había asumido las funciones de gobernador dos meses antes.