En lugar de disponer San Martín la persecución inmediata de los fugitivos hasta aniquilarlos, tres días después de la batalla de Maipo ordenó a Zapiola que saliese en Pos de los vencidos. Zapiola llegó el 15 de abril a Talca y se mantuvo en observación sobre el río Maule.
En lugar de disponer San Martín la persecución inmediata de los fugitivos hasta aniquilarlos, tres días después de En lugar de disponer San Martín la persecución inmediata de los fugitivos hasta aniquilarlos, tres días después de la batalla de Maipo ordenó a Zapiola que saliese en Pos de los vencidos. Zapiola llegó el 15 de abril a Talca y se mantuvo en observación sobre el río Maule.
El 12 de abril emprendió San Martín un nuevo viaje a Buenos Aires a fin de obtener recursos para la expedición libertadora al Perú. Fue en ese viaje cuando quemó las cartas halladas en el equipaje de Osorio y que comprometían a muchos personajes que debían ventajas a la revolución y que después de Cancharrayada se ponían al servicio de los realistas. La conservación de esas pruebas de traición y de defección habría significado una serie de escarmientos y de venganzas. O'Brien fue el único testigo de la decisión de San Martín de destruir las pruebas comprometedoras.
Al pasar por Mendoza fue informado de la ejecución de los hermanos Luis y Juan José Carrera, el 8 de abril de 1818, por delito de conspiración, aunque él había pedido se les perdonase.
Juan O'Brien se unió al Ejército de los Andes. Fue ayudante de campo de San Martín en las batallas de Chacabuco y Maipú. Enviado a perseguir al general Mariano Osorio, perdió el tiempo en capturar prisioneros, de modo que no logró alcanzarlo. Fue el único testigo – otros historiadores creen que la inventó – de la conocida anécdota del momento en que San Martín destruyó la correspondencia de Osorio después de Maipú, perdonando la debilidad de los chilenos que habían entrado en tratos con el jefe realista después de la Sorpresa de Cancha Rayada.
A pedido de Ana María Cotapos, esposa de Juan José Carrera, San Martín escribió a O'Higgins:
"Si los cortos servicios que tengo rendidos a Chile merecen alguna consideración, los interpongo para suplicar se sobresea. en la causa que se sigue a los señores Carrera". Y O'Higgins escribió a Luzuriaga: "... este gobierno suplica a V. S. que en favor del citado (San Martín), por lo respectivo al delito perpetrado con la seguridad de este Estado, se aplique toda indulgencia, dando así a él como a su hermano aquel alivio conciliable con los progresos de nuestra causa augusta"...
Las exhortaciones llegaron tarde a destino. Juan José Carrera y su hermano Luis habían sido fusilados cuatro horas antes de la llegada a Mendoza del parte de la jornada de Maipo.
El 11 de marzo entró San Martín en Buenos Aires eludiendo los homenajes que se habían preparado para recibirlo. Se reunió en los primeros días de julio con Pueyrredón en su quinta de San Isidro; asistieron también algunos ministros y miembros principales de la logia Lautaro. Se acordó contribuir a la preparación de la expedición al Perú con 500.000 pesos que se obtendrían por medio de un empréstito. Con esa promesa volvió a emprender el regreso a Chile, pero al llegar a Mendoza le anunció Pueyrredón que el empréstito había fracasado. San Martín, deprimido, renunció al mando del ejército de los Andes.
Los gobiernos de Chile y Buenos Aires se alarmaron y trabajaron por allanar las dificultades para que San Martín cumpliese su cometido.