Luego del bombardeo de la Plaza de Mayo en el intento de un golpe de Estado, aviones de la Marina de Guerra Argentina pintados con el signo de Cristo Vence . El bombardeo de la Plaza de Mayo duró varias horas con la intención de derrocar al presidente Juan D. Perón, en el hecho fueron asesinadas a más de 300 personas y dejando más de 800 heridos, mientras comandos civiles antiperonistas atacaban por tierra contra la Casa Rosada y centros peronistas. Al finalizar los bombardeos, grupos de adherentes peronistas atacaron e incendiaron templos católicos, atribuyéndoles haber instigado y participado en el golpe de Estado.
En los últimos meses de 1954 comenzaron a producirse algunos hechos que mostraban un cambio en las relaciones, hasta ese momento aparentemente normales, entre la Iglesia católica y el gobierno peronista y un proceso de deterioro de las mismas que se fue agravando con el tiempo. Desde el Partido Peronista y la prensa oficialista se dirigían críticas a la Iglesia y sus integrantes y a su vez tanto desde el púlpito como en diversos documentos se hacían manifestaciones adversas al gobierno que, paralelamente, ocasionaron que se produjeran detenciones de sacerdotes acusados de desacato y de atentar contra la seguridad pública.
El peronismo tomó varias medidas que afectaban a la Iglesia Católica. Primero el gobierno nacional dispuso eliminar la enseñanza religiosa en las escuelas públicas. Por su parte el Congreso de la Nación aprobó la ley de ley de divorcio, derogó varios feriados nacionales correspondientes a celebraciones de la religión católica y dejó sin efecto la exención de impuestos a las instituciones religiosas. El Congreso Nacional resolvió también convocar a una convención constituyente para tratar la separación de la Iglesia del Estado.6
Por otra parte, el intendente de Buenos Aires rechazó el pedido de autorización realizar el acto de clausura del Año Mariano Universal en la Plaza de Mayo, que fue entonces realizado en la Catedral Metropolitana de Buenos Aires y el decreto del Poder Ejecutivo Nacional 4.633/55 publicado el 31 de diciembre de 1954 autorizó la apertura de establecimientos donde se ejercía la prostitución.
La celebración de la fiesta de Corpus Christi que correspondía al jueves 9 de junio fue postergada por la Iglesia para el sábado 11 de junio y tuvo una concurrencia estimada en unas 200.000 personas, que colmó la Catedral y ocupó la Plaza de Mayo adyacente. Al fin de la celebración, cuando los sacerdotes Manuel Tato, Vicario general y obispo auxiliar -quien se había dirigido a la concurrencia desde el púlpito-, y Antonio Rocca, que estaba presente en ausencia del cardenal Santiago Luis Copello, aparecieron en el balcón, fueron aclamados por la multitud, que a continuación formó una manifestación que se encaminó por la Avenida de Mayo hacia el Congreso Nacional. Asistentes a la manifestación agredieron a pedradas varios periódicos oficialistas: La Prensa -que había sido expropiada luego de un juicio por evasión de impuestos y entregada a la Confederación General del Trabajo-, Época, Democracia y El Laborista, ubicados en su camino. Al llegar al Congreso arriaron la bandera nacional y la reemplazaron por la bandera pontificia, apedrearon el edificio y arrancaron al grito de "¡Muera Eva Perón!" dos placas de bronce colocadas en el frente.
El mismo día el gobierno en un comunicado acusó a los manifestantes de haber quemado una bandera argentina, lo que inició una investigación judicial. El subinspector Héctor Giliberti le confesó a su hermano, el capitán de corbeta José Mateo Giliberti, que la bandera había sido quemada por compañeros de la propia Policía Federal. Por ello tanto el subinspector como los policías Juan Laperchia e Isidoro Ferrari fueron citados por el presidente del Consejo Superior de las Fuerzas Armadas y declararon confirmando ese hecho, por lo cual el organismo solicitó a Perón la separación del jefe de policía y la detención del Ministro del Interior Ángel Borlenghi. Sin embargo, al día siguiente de esa comunicación Borlenghi hizo sellar su pasaporte y salió del país hacia Montevideo.
El 16 de junio de 1955, en el marco de una rebelión cívico-militar que se proponía derrocar al gobierno, aviones con pintadas de «Cristo vence» arrojaron bombas sobre la Casa Rosada y la Plaza de Mayo, matando a 308 personas identificadas más un número de personas no identificadas, y más de 700 heridos.
La quema de iglesias tuvo como antecedentes la marcha de corpus cristi de unos dias atras y el bombardeo de Plaza de Mayo sucedido unas horas antes del 16 de junio de 1955
Durante la tarde, antes de que terminaran los combates callejeros en torno al Edificio Guardacostas -entonces Ministerio de Marina-, se produjo el primer asalto al palacio arzobispal. El resto de los ataques a edificios eclesiásticos se produjo a partir de las seis de la tarde.
El presidente Perón estaba reunido junto al alto mando militar en la sede del Ejército. Desde las ventanas se percataron del resplandor de los templos y Perón se enojó:
Tomen medidas, porque éstas son bandas comunistas que están quemando las iglesias, y después me lo van a atribuir a mí. Juan Domingo Perón, 16 de junio de 1955.
El general José Embrioni, subsecretario del Ministerio de Ejército, antes de llamar al jefe de la policía, le preguntó a Perón si debía hacer el pedido en su nombre.
¡Sí, Embrioni; es una barbaridad, cómo no! Hágalo y dígale a Gamboa que se preocupe al máximo de la seguridad de los templos. Juan Domingo Perón, 16 de junio de 1955.
Pero el jefe de la policía, Miguel Gamboa, obedeció otras instrucciones que posteriormente le hiciera llegar el ministro del interior Ángel Borlenghi: contra el deseo de Perón, Borlenghi mandó a la policía permanecer acuartelada y liberar la zona para la llegada de los grupos vandálicos.
La curia y el palacio arzobispal fueron asaltados cerca de la 16:30. Se quemó todo el edificio, con la consiguiente pérdida arquitectónica. Se quemó el Archivo Histórico con las partidas de nacimiento, matrimonio y muerte que se remontaban hasta fines del siglo XVI. Se quemaron también numerosas obras de arte antiguo: cerámicas, tallas, trabajos en metal, pinturas al óleo, y demás. Una vez finalizado el palacio arzobispal, el grupo incendiario se dividió prolijamente en dos columnas. Una marchó hacia el sur, hacia el convento de Santo Domingo, y otra hacia el norte en busca de la Basílica de La Merced.
Si bien el solar de Belgrano y Defensa fue adquirido por la Orden Dominica en el año 1606, el edificio actual fue construido entre 1762 y 1779. Fray Luis Alberto Montes de Oca, prior del convento, observó los camiones de militantes que se congregaban en las cercanías y mandó cerrar las rejas para impedir su entrada. Cerca de las 17:30 vio que se comenzaban a forzar los barrotes, y abandonó el lugar por una puerta lateral.
Una situación similar sucedió en el convento de San Francisco (construido entre 1731 y 1754) y su anexa capilla San Roque (construida entre 1751 y 1762). El prior de ese convento era Cecilio Heredia y, al igual que Montes de Oca, abandonó el edificio por una puerta lateral al momento en que los primeros militantes peronistas hacía su aparición.
A una cuadra de distancia se halla la iglesia de San Ignacio de Loyola, que es el edificio más antiguo de la ciudad. Si bien el gobernador Hernandarias había cedido el terreno en 1606 para la construcción de una iglesia de adobe, el edificio actual de ladrillos no comenzó a levantarse sino hasta 1675. El párroco, Alberto Lattauda, se acercó a dos camiones del ejército, pidiendo su intervención ante los actos de vandalismo, pero los efectivos se negaron.
Cerca de las 18:30 el cuartel de Bomberos y el Departamento de Policía comenzaron a recibir llamados de auxilio ante la proliferación de focos incendiarios en el centro de la ciudad. De esto refiere el jefe de la policía:
Pensé que tenía que salir a la calle, pero el Ministro [Borlenghi] me decía que no. Miguel Gamboa, jefe de la policía federal, 16 de junio de 1955.
Oscar Benzi, el Jefe de Bomberos, impartió la orden de acudir a los focos y tratar de evitar la propagación a las casas vecinas. Una dotación se dirigió a Santo Domingo, liderada por Rómulo Pérez Algaba. En sus declaracionas ante la Comisión Investigadora, Algaba explicó los hechos:
Llegué a Santo Domingo y ví que se encontraba agobiada de gente impidiéndole al personal, a la dotación, que desarrollara sus tareas. Lo llamé al oficial Juárez y al mismo tiempo que hablé con los cabecillas de esa gente, que era una cantidad grandísima, ví que había un camión con un tanque sistema playero y atracado con la culata sobre la iglesia. De ahí sacaban nafta con jarras de aluminio. Rómulo Pérez Algaba, 26 de diciembre de 1955.
Hubo ciertos momentos de desesperación cuando tres delegados de la CGT se percataron de que al fondo de la iglesia se guardaban valiosos trofeos de guerra: las banderas de los regimientos británicos rendidos durante la reconquista de la ciudad en 1806. Gracias a la valentía de los bomberos éstas reliquias pudieron salvarse.15 Distinta suerte corrió la urna funeraria que guardaba los restos del general José Matías Zapiola, héroe del Cruce de los Andes: quedó tirada a lo lejos, fuera del edificio.
Los lugares atacados fueron:
Bernardo Rabinovich afirma que quienes atacaron la iglesia de Las Victorias agredieron al padre Jacobo Wagner, causándole fracturas en las piernas. Agrega que este sacerdote octagenario falleció poco después. Según otra versión la agresión habría consistido en un golpe en la cabeza dado con una barreta.
El 18 de junio Perón en un discurso en la CGT dijo: “Yo sé muy bien que no son trabajadores los que han producido los actos de violencia en las iglesias ni en ninguna de esas partes”. “En estos días, indudablemente, han aprovechado los comunistas. Los vimos ya y tuve noticias durante el mismo movimiento.” Tiempo después, en declaraciones a tres periodistas que fueron grabadas y publicadas, Perón afirmó: “Las iglesias habían sido quemadas desde adentro.” “A la mañana siguiente me dan la noticia de que se habían quemado cuatro iglesias de Buenos Aires”; “eso fue un acto de provocación para mí. Quemaron las iglesias para hacer las campañas en mi contra. Mi impresión personal es que todo esto fue dirigido por Tato y Novoa. Y ellos no pudieron probar a nadie cómo se habían quemado las iglesias.” Por su parte los diarios El Líder y Democracia de los días 17, 18 y 19 de junio reiteraron informaciones sobre descubrimiento de “incendiarios comunistas”, por parte de la Policía así como de vastos planes de agitación y agresión contra templos católicos.
Según el informe entregado al gobierno, esa noche hubo tres grupos organizados que partieron del Ministerio de Salud Pública, del Servicio de Informaciones y de un local del Partido Peronista, y se dirigieron separadamente a las iglesias atacadas. Este último grupo, integrado por unas 65 personas, fue el que inició el ataque a la Curia y la Catedral y habría estado bajo la responsabilidad del vicepresidente Tessaire. El grupo que salió del Ministerio de Salud Pública atacó las iglesias de Santo Domingo, San Ignacio, San Francisco y La Merced y el proveniente del Servicio de Informaciones se dirigió a San Nicolás y el Socorro.
Daniel Cichero opinó que "el ataque a los templos católicos sin dudas formó parte de la dinámica de la jornada. Y se constituyó, por sí mismo, en un argumento (casi en un símbolo) que sirvió decididamente a la construcción de la legitimidad del antiperonismo y en justificación para la continuidad de la acción violenta contra el gobierno" agregando que "toda la secuencia previa había estado envuelta en el conflicto con la Iglesia. Y aunque la organización del bombardeo corrió por otros carriles y fue protagonizado por oficiales ajenos a la formación católica, la reacción se dirigió directamente contra ella".
Por su parte el historiador estadounidense Joseph A. Page señaló que "el impacto psicológico de las iglesias carbonizadas fue tremendo para aquellos católicos que aún tenían memoria de las atrocidades de la Guerra Civil española".
De acuerdo con el historiadior Isidoro Ruiz Moreno cita la quema de iglesias como causa detonante para el salto de peronismo a antiperonismo de los generales Dalmiro Videla Balaguer y Julio Lagos, quienes tres meses más tarde participarían activamente en el derrocamiento del presidente constitucional.