El 26 de julio de 1952 murió la primera dama Eva Perón, lo que produjo una crisis en Perón que empezó a tomar ciertas medidas que deterioraron la relación entre la Iglesia católica y el gobierno peronista que se fue agravando con el tiempo.
Eva fue designada desde entonces como «jefa espiritual de la nación», título honorífico que había recibido días antes. A partir de entonces, cada día al llegar las 20:25 hs. todas la emisoras de radio debieron informar que esa a esa hora Evita «pasó a la inmortalidad».
El 17 de marzo de 1954 la prensa cubrió ampliamente la entrevista en la cual Perón recibió en su despacho a los pastores pentecostales Hicks y Arvizu, provocando la irritación de la Iglesia que aumentó todavía más cuando los mismos realizaron -autorización oficial mediante- una serie de actos en el estadio de Atlanta a los que asistían multitudes para ver los "milagros" que producían. Las versiones sobre curaciones de enfermos, los inválidos que abandonaban sus muletas, los ciegos que comenzaban a ver, etc. comenzaron a difundirse con lo cual aumentaba la popularidad de los pastores y la ira de la Iglesia.
En los últimos meses de 1954 se produjeron algunos hechos que mostraban un cambio en las relaciones, hasta ese momento aparentemente normales, entre la Iglesia católica y el gobierno peronista y un proceso de deterioro de las mismas que se fue agravando con el tiempo. En su discurso del 17 de octubre de 1954 Perón hizo una enumeración de los que consideraba enemigos emboscados del gobierno, integrados por una parte por los apolíticos y por la otra por los disfrazados de peronistas, expresión esta última que al parecer aludía al clero. Algunos sacerdotes se consideraron aludidos por esas manifestaciones y comenzaron a criticar al gobierno desde el púlpito.
El 1 de noviembre la Iglesia hizo leer en los templos una carta pastoral criticando al espiritismo. El 6 de noviembre el diario La Prensa que había sido confiscado por el gobierno y entregado a la C.G.T. publicó una nota con el título de Inquisición no es cristianismo en el que denunciaba lo que consideraba infiltración clerical en el gobierno de la provincia de Córdoba.
El 10 de noviembre en una reunión de funcionarios, gobernadores, legisladores y sindicalistas convocada en la quinta de Olivos, Perón pronunció un discurso trasmitido por cadena radial y reproducido al día siguiente por la prensa. Refirió su preocupación por "ciertas acciones que desarrollan organizaciones católicas" y aludiendo a una reunión que había mantenido con autoridades eclesiásticas el 22 de octubre afirmó que ellas se había comprometido a tomar las sanciones que correspondieran contra aquellos sacerdotes que "han dejado de cumplir con su deber de argentinos y su deber de sacerdotes", lo cual era incierto porque no habían asumido compromiso alguno. No paró allí el discurso sino que además mencionó con sus cargos y nombres a curas y obispos "perturbadores".
Félix Luna da importancia singular a este discurso al que califica de "trágico error político" para el que no encuentra explicación razonable. A partir de allí el conflicto va subiendo en intensidad: desde el peronismo, incluyendo detención de sacerdotes, y los periódicos controlados por el gobierno se emiten declaraciones y comentarios adversos al clero que eran respondidos con ataques desde algunos púlpitos en tanto la jerarquía católica representada por el cardenal Copello buscaba contemporizar con el gobierno. Por otra parte muchos simpatizantes de partidos opositores al gobierno, que desde años atrás carecían de acceso a las radios y eran apenas mencionados en la prensa, advirtieron que se abría una nueva vía de protesta contra el gobierno y comenzaron a llenarse las iglesias donde se pronunciaban los sermones más críticos.
El 22 de noviembre la Iglesia dio a conocer una carta pastoral y una carta abierta dirigida a Perón suscriptas por todos los obispos; en ella decían que los sacerdotes no debían participar en actividades políticas pero que si actuaban en defensa de los principios de la doctrina católica no realizaban oposición política sino defensa del Altar. Agregaban que solicitaban ser informados de los cargos concretos que existieran contra sacerdotes.
El 25 de noviembre Perón habló en un acto convocado en el Luna Park. Tanto el vicepresidente Tessaire como la presidente del Partido Peronista Femenino que hablaron previamente tuvieron fuertes expresiones contra el clero que se correspondían con las leyendas de las pancartas del público. Perón, por el contrario, dio un discurso conciliador, pidió que se fueran tranquilos a sus casas y consideró que el problema estaba terminado. Así lo creyeron muchos en Argentina.
El cardenal Copello mantuvo su apoyo al gobierno del presidente Perón3 hasta que el conflicto entre el gobierno y la Iglesia iniciado en 1954 hizo insostenible su posición. Después de participar de la primera reunión del Consejo Episcopal Latinoamericano (CELAM) de Río de Janeiro en 1955. Las relaciones que había tenido Copello con el gobierno peronista hizo que luego del derrocamiento de Perón por el golpe de Estado del 16 de septiembre de 1955 debiera retirarse de Argentina y pasar sus últimos años en la Curia Romana.
Una semana después del acto del Luna Park el gobierno comenzó a realizar modificaciones relativas a cuestiones a las cuales la Iglesia era particularmente sensible. El 2 de diciembre eliminó por decreto la Dirección de Enseñanza Religiosa en el Ministerio de Educación, y se dejó cesante a todos los profesores de esa materia. El 8 de diciembre negó el permiso para que el acto de clausura del Año mariano se realizase en la Plaza de Mayo, dejándolo confinado a la Catedral Metropolitana; asistió, sin embargo, público en tal cantidad que debió seguir la ceremonia desde la calle. Al día siguiente los diarios oficialistas titularon con la llegada del púgil Pascual Pérez a la Argentina. El periódico de orientación católica El Pueblo publicó grandes fotografías de la multitud frente a la Catedral y fue clausurado tres días después, tras la detención de su director.
Los católicos reclamaron ante el Ministerio de Educación por la supresión de la enseñanza de la religión argumentando que si la mayoría de los alumnos puesta a optar entre la materia "Religión" y la materia "Moral" elegía la primera, debía interpretarse como un signo de que eran partidarios de la enseñanza religiosa. Sobre la reforma constitucional la Comisión Permanente del Episcopado argentino emitió una declaración en la que distinguía tres tipos de separación entre la Iglesia y el Estado: la de poderes, la económica y la moral. Sobre este último aspecto afirmaba que en los pueblos católicos existen deberes mutuos entre la soberanía temporal y la espiritual y alertaba sobre la posibilidad de que los ciudadanos católicos pudieran encontrarse en la situación de optar entre la posición de la Iglesia y la del Estado.
En la Carta pastoral de Cuaresma que fue leída en las iglesias los obispos criticaban que:
En tanto en muchas iglesias se pronunciaban vigorosas arengas políticas desde el púlpito, se producían detenciones de sacerdotes con diferentes imputaciones. Así el cura Egidio Esparza de la iglesia de Santa Fe y Uriarte -frente a Plaza Italia- fue imputado de desacato al Presidente de la Nación, Miguel F. Fox de la localidad de Alberti lo fue por delitos contra la seguridad pública y al cura Carmelo Bruno le imputaron distribuir panfletos subversivos.
En Buenos Aires hubo choques entre una manifestación católica y conductores de tranvías y en Córdoba también hubo manifestaciones y reparto de volantes. Al mismo tiempo en un reportaje Perón decía que el conflicto era entre una parte del clero que quería formar asociaciones de profesionales católicos y las asociaciones ya existentes.
Paralelamente empezaron a aparecer en los diarios, especialmente en Democracia y Crítica que eran propiedad del Estado, noticias acerca de fraudes cometidos en instituciones religiosas, así como notas sobre la Iglesia, algunas de ellas con críticas y otras citando nombres de curas que no compartían el pensamiento adverso al peronismo. Tres sacerdotes de la Iglesia de la Medalla Milagrosa y diez civiles fueron detenidos acusados de distribuir un panfleto denominado "Carta abierta al Gral. Perón y al pueblo" que imprimían en un mimeógrafo escondido en la Iglesia en tanto otros sacerdotes fueron detenidos en distintas provincias.
Es posible que algunas de esas medidas legislativas como el divorcio, la supresión de la enseñanza religiosa en las escuelas públicas o la separación de la Iglesia y el Estado fueran opinables pero, en todo caso, podían verse simplemente como una política liberal que ya se aplicaba en otros países, sin embargo, al ser tomadas con apresuramiento sin permitir su debate público y en el contexto del conflicto, era imposible dejar de interpretarlas con una intencionalidad de atacar a la Iglesia y, por extensión, a los católicos.
Por iniciativa de José Leopoldo Pérez Gaudio, director de la revista Polémica, se realizó un encuentro al que fueron convocados personalidades con ideología democristiana; para despistar a la policía la revista indicó la localidad de Santa Rosa de Calamuchita en la provincia de Córdoba como sede de la reunión pero avisó a los concurrentes que se haría en Rosario los días 8, 9 y 10 de julio de 1954. De esa reunión surgió la "Junta Promotora Nacional de Partidos Políticos Provinciales de Inspiración Demócrata Cristiana", el paso más decisivo para la fundación del Partido Demócrata Cristiano, y esta Junta desde el momento que empieza a ejercer sus funciones toma el carácter de cuerpo directivo de una agrupación política. Cabe aclarar que para esta decisión los democristianos no solamente no recibieron ayuda alguna de la Iglesia sino que además la jerarquía, con excepción de monseñor Miguel de Andrea -a quien se tenía por opositor al gobierno-, miraba con desconfianza y recelo a este grupo muy minoritario entre los católicos. La formación del partido irritó a Perón, ya que podía causarle la pérdida del apoyo de sectores católicos.
En forma paralela a estos sucesos se estaba desarrollando un conflicto universitario que se había iniciado cuando el 5 de octubre de 1954 la policía había disuelto a bastonazos la ceremonia de entrega de diplomas a los egresados de Ingeniería. Hubo numerosas detenciones y comenzó una huelga general universitaria que unió a todos los sectores opositores al gobierno -que allí eran mayoría- e incluso a algunos que habían abandonado el peronismo por su conflicto con la Iglesia y solo terminó al liberarse los presos en marzo de 1955.
Por la misma épocas se multiplicaba el reparto de panfletos en los cuales la oposición al gobierno había encontrado una vía para expresarse al estarle vedado el acceso a la prensa y a la radio.
Las entrevistas de Perón y Copello del 22 y el 24 de febrero no solucionaron el enfrentamiento. El 22 de marzo de 1955 se suprimieron los feriados con fundamento religioso con excepción de Navidad y Viernes Santo, quedando este último como día no laborable. En mayo el Senado dejó sin efecto la exención de impuestos a las instituciones religiosas y en ese mismo mes en menos de una semana el Congreso aprobó convocar a una convención constituyente que tratara la reforma de la Constitución para separar la Iglesia del Estado.
Perón logró la sanción de la Ley n.º 14394, cuyo artículo 31 incluía el divorcio, y esto provocó el enfrentamiento con la Iglesia Católica que había apoyado activamente al peronismo hasta ese año.
La oposición radical quedó desubicada porque estaba de acuerdo con la ley -de hecho en 1949 había presentado un proyecto similar- pero no concordaba con el procedimiento de hacer la modificación sin anuncio previo, por lo que se retiró del recinto. El proyecto se aprobó ese día y poco después lo sancionaba el Senado convirtiéndolo en ley. El 20 de diciembre Perón firmó un decreto autorizando la apertura de establecimientos donde se ejercía la prostitución, que habían estado prohibidos desde 1936, y al día siguiente la Cámara de Diputados reglamentó el derecho de reunión y prohibió las manifestaciones religiosas en los lugares públicos.
Además, la municipalidad de Buenos Aires, entonces controlada por el Presidente de forma directa, prohibió a los comerciantes exponer pesebres u otras figuras religiosas en conmemoración de la navidad.
Ninguna autoridad nacional concurrió al Tedeum oficiado en la Catedral el 25 de mayo a pesar de que la asistencia del Presidente de la Nación y altas autoridades era una tradición que había sido observada por el propio Perón hasta el año anterior, lo que da idea del clima de tensión que se vivía. El 29 de mayo se leyó en todas las iglesias de Buenos Aires una declaración señalando la obligación de todo católico de creer que la Iglesia es una institución de inspiración divina y de acatar la autoridad del Papa.
Como se acercaba el jueves 9 de junio en que se celebraba la fiesta de Corpus Christi, la Iglesia en la esperanza de conseguir mayor número de concurrentes resolvió postergar la celebración para el sábado 11. Inmediatamente el gobierno dio un comunicado señalando que las autorizaciones para hacer las procesiones habían sido concedidas para el día 9 lo que no impidió que la concurrencia al acto religioso, estimada en unas 200.000 personas colmara la Catedral y ocupara la Plaza de Mayo adyacente.
El vicario general y obispo auxiliar monseñor Manuel Tato, se dirigió a la concurrencia desde el púlpito y monseñor Antonio Rocca estuvo presente en ausencia del cardenal Santiago Luis Copello. Posteriormente los dos sacerdotes aparecieron en el balcón y fueron aclamados por la multitud que a continuación formó una manifestación que se encaminó por la Avenida de Mayo hacia el Congreso Nacional. Desde ella hubo pedrea contra los diarios oficialistas La Prensa, Época, Democracia y El Laborista ubicados en su camino. Al llegar al Congreso arriaron la bandera nacional y la reemplazaron por la enseña de la Ciudad del Vaticano, apedrearon el edificio y arrancaron al grito de ¡Muera Eva Perón! dos placas de bronce colocadas en el frente.
El 14 de junio un decreto exoneró a Tato de sus cargos de Provisor y Vicario General, Obispo Auxiliar y Canónigo dignidad y a monseñor Ramón Pablo Novoa, que había estado presente cuando el gobierno prohibió la manifestación del 11 de junio, del cargo de Canónigo diácono y el 15 de junio se los puso en un vuelo hacia Roma obligados a dejar el país a pesar de ser argentinos. En el aeropuerto se los fotografió al lado de varias valijas para dar la impresión de que su viaje era voluntario pese a que se iban con lo puesto.62 En forma inmediata la Santa Sede dispuso la excomunión de los responsables del hecho -sin indicar sus nombres- pero la noticia no se publicó en la prensa argentina.
El mismo día 11 el gobierno acusó a los manifestantes, además de por los daños, de haber quemado una bandera argentina y se abrió una investigación judicial. Al día siguiente se repitieron los disturbios en la zona céntrica y en las cercanías de la Catedral, registrándose muchas detenciones. Una investigación en el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas obtuvo el testimonio de integrantes de la Policía Federal que imputaban del hecho a sus propios compañeros por lo cual el organismo solicitó a Perón la separación del jefe de policía y la detención del ministro del Interior Ángel Borlenghi pero al día siguiente de esa comunicación Borlenghi salió del país.