El virrey Sobremonte le encargó la formación de una milicia en previsión de algún ataque inglés, pero no tomó el encargo muy en serio. Esto lo llevó a su primera participación en un conflicto armado, cuando el 25 de junio de 1806 desembarcó una expedición de 1600 soldados ingleses al mando de William Carr Beresford, lo cual inició las Invasiones Inglesas. Belgrano marchó al fuerte de Buenos Aires apenas escuchó la alarma general, donde reunió a numerosos hombres para enfrentar la invasión. Sin conocimientos de milicia, marcharon desordenadamente hacia el Riachuelo. Tras un único cañonazo inglés, debió obedecer las indicaciones de su jefe de mando y ordenar la retirada.
Manuel Belgrano, secretario del Consulado de Buenos Aires (y de todo el virreinato) y Capitán Honorario de Milicias Urbanas, manifestó la necesidad de reubicar el Consulado en el lugar en donde el virrey estuviese y se dirigió ante Beresford a presentar la solicitud. Mientras tanto, los demás miembros del Consulado juraron el reconocimiento a la dominación británica. Belgrano prefirió retirarse «casi fugado», según sus propias palabras, a la Banda Oriental del Río de la Plata, a vivir en la capilla de Mercedes, dejando en claro su postura al pronunciar su célebre frase: «Queremos al viejo amo o a ninguno»
Frente a la posibilidad de una nueva invasión, los vecinos se movilizaron para la defensa formando las milicias ante el fracaso de la tropa regular española.
Todos los habitantes de la capital se transformaron en milicianos. Liniers permitió que cada hombre llevara las armas a su casa y puso a cargo de cada jefe las municiones de cada unidad de combate.
Los nacidos en Buenos Aires formaron el cuerpo de Patricios, en su mayoría eran jornaleros y artesanos pobres; los del interior, el de Arribeños, porque pertenecían a las provincias «de arriba», compuesto por peones y jornaleros; los esclavos e indios, el de pardos y morenos. Por su parte los españoles se integraron en los cuerpos de gallegos, catalanes, cántabros, montañeses y andaluces. En cada milicia los jefes y oficiales fueron elegidos por sus integrantes democráticamente.
Entre los jefes electos se destacaban algunos jóvenes criollos que accedían por primera vez a una posición de poder y popularidad.
Allí estaban Cornelio Saavedra, Manuel Belgrano, Martín Rodríguez, Hipólito Vieytes, Domingo French, Juan Martín de Pueyrredón y Antonio Luis Beruti.
Belgrano en las invasiones inglesas
Primera invasión inglesa al Río de la Plata comandada por William Carr Beresford. Belgrano participa activamente en la defensa. Tras la ocupación de Buenos Aires por las tropas británicas, se retira a la Banda Oriental para no jurar obediencia a los invasores.