Los seguidores de Perón iniciaron la movilización. La C.G.T. convocó a una huelga general para el 18 de octubre, mientras tanto algunos gremios y militantes políticos anticipaban manifestaciones.
El 8 de octubre, el general Eduardo Ávalos le trasladó a Perón el malestar que existía en Campo de Mayo, con motivo de la designación de Nicolini al frente del Correo. Los militares no querían a un hombre ligado a la familia Duarte en esa dependencia y pidieron que el nombramien¬to fuera dejado sin efecto. Perón respondió que estaba cansado de los planteos del Ejército, los que antes también habían cuestionado al interventor en la provincia de Buenos Aires, y dijo que no estaba dispuesto a ceder.
El 9 de octubre el general Eduardo Ávalos, muy cercano al caudillo radical Amadeo Sabattini, recibió la intimación de la Escuela Superior de Guerra de exigir a Farrell la separación de Perón de sus cargos de vi¬cepresidente, ministro de Guerra y secretario de Trabajo y Previsión. El gobierno envió al general Von der Becke a hablar con los rebeldes de Campo de Mayo pero al no haber negociación posible. Perón debió renunciar.
El 10 de octubre debido a la acción de Mercante y cierta complicidad del presidente Farrell se autorizó a Perón a dar un mensaje de despedida a los trabajadores, ese discurso fue clave en los días posteriores. En ese discurso Perón juntó, en un acto improvisado, casi 70 mil trabajadores, en el mensaje habló de aumento de salarios, participación obrera en las ganancias, les dice a los trabajadores que su lucha no ha terminado, les pide que vuelvan a sus casas y que cuando haya que defender las conquistas él se ubicará en el lugar que corresponda. Ese dia mientras Perón se despedía de la Secretaría de Trabajo y Previsión el general Ávalos se transformó en el nuevo ministro de Guerra;
El 11 de octubre el presidente de facto Farrell convoca a elecciones, para el 7 de abril de 1946, también ese día a las 23:00, Perón aceptó la invitación de Román Subiza de ins¬talarse por unos días en su estancia en San Nicolás, con Evita. Pero a último momento, confirmó el cambio de destino al Ministerio de Guerra y decidió ir a una isla en el Delta.
Eduardo Avalos participó de la Revolución del 43 liderando una de las 3 columnas que avanzaron sobre la Capital. En el avance fue protagonista de un suceso que lo marcaría en el futuro: tuvo un altercado con fuerzas de la Armada que habían tomado una posición neutral, al decidir invadir el terreno de la Escuela de Mecánica de la Armada. Del movimiento se desencadenó un tiroteo que causo la pérdida de 70 vidas, entre ellas civiles y militares, y debido únicamente a las reacciones precipitadas de Ávalos y el capitán de navío Fidel Anadón, ya que no estaban en bandos opuestos. Este hecho jamás podría quitárselo de su conciencia Ávalos, y posiblemente podrían haber determinado su falta de reacción ante las manifestaciones a favor de Perón el 17 de octubre de 1945.
El 12 de octubre renunció todo el Gabinete también en la Plaza San Martín, una multitud pidió la entrega del Gobierno a la Corte Suprema de Justicia, que lideraba Roberto Repetto.
El 13 de octubre a la madrugada del sábado, el jefe de policía, Aristóbulo Mittelbach, detuvo en el Tigre al Coronel Perón. El subjefe de la Federal, Mayor D'Andrea, lo llevó a la cañonera Independencia y luego a la isla Martín García.
El 14 de octubre Juan Álvarez, el Procurador General de la Nación, realizó gestiones para tratar de formar un gabinete de conciliación nacional.
El 15 de octubre el gobierno derogación del Estatuto Orgánico de los Partidos Políticos; mientras un recurso de habeas corpus, interpuesto en favor de Perón, fue rechazado.
Para el día 16 de octubre, se dieron dos hechos fundamentales. Por un lado, las Fuerzas Armadas, especialmente la Marina, creían haber resuelto todo el problema con la renuncia de Perón. Creían haber eliminado a un líder de masas, al que realmente le tenían gran temor por la base popular que había reunido en los últimos tiempos mientras en ese momento, Juan Álvarez, dirigente del conservadorismo, estaba intentando armar gabinete para rearmar el gobierno. Pero por abajo, se vivía una situación completamente distinta. El 15, la FOTIA declaró en Tucumán la huelga general por tiempo indeterminado. El 15 y 16 empezaron a producirse manifestaciones importantes en la zona de Berísso y también en el centro porteño.
Esa noche se reunió el Comité Central Confederal de la CGT y, producto de la presión de las bases, establecen un paro general para el 18 de octubre. Tambien en ese misma jornada, el doctor Miguel Ángel Mazza informó al ministro de Guerra que Perón padecía una antigua afección pulmonar, que se estaba agravando por la humedad de la isla y requería atención hospitalaria.
Juan Álvarez como Procurador General de la Nación entre 1935 y 1947 el 13 de octubre de 1945 presento al presidente Edelmiro J. Farrell, en un momento de gran convulsión política, le propuso que formara un gabinete como una suerte de primer ministro, siguiendo así una sugerencia del dirigente radical de Córdoba Amadeo Sabattini. Se trataba de una solución de compromiso, en la cual —sin transferir el poder a la Corte Suprema de Justicia como lo exigían vastos sectores civiles— se encomendaba a un civil de prestigio la conducción del proceso que desembocaría en las elecciones.
Desde su prisión Perón puso en marcha una estrategia destinada a instalar rumores y falsas informaciones, que escondían los verdaderos pasos del plan. Las noticias "oficiales" llegaron a Buenos Aires, a través de la carta que le mandó a Evita desde su encierro en Martín García, con fecha 14 de octubre de 1945:
"Esta inmensa soledad está llena de tu recuerdo. Hoy he escrito a Farrell pidiéndole que me acelere el retiro. En cuanto salgo nos casamos y nos iremos a cualquier parte a vivir tranquilos".
Perón agregó un párrafo, denunciando la traición de un sector de las Fuerzas Armadas:
"Después de haber dedicado mi vida al Ejército, fui entregado a la custodia de una institución que no es la nuestra. Me encuentro incomunicado desde el momento en que fui detenido, sin saber a qué atribuirlo. Hubiera preferido ser fusilado por viejos montañeses, a pasar lo que estoy pasando".
A través de esas líneas que se convirtieron en históricas, Juan también le proponía a Eva descansar unos días en Chubut, acelerar el casamiento que fue realizado el 22 de octubre en Junín y olvidarse de la política y del Ejército.
Sus enemigos creyeron que cuando el Coronel cerró el sobre, había enterrado su pasado para siempre y que junto a ella, comenzaría una nueva vida muy lejos de la política y el poder. La oligarquía soñaba con una década más infame que la última y que los invisibilizados hasta el '43 rápidamente volverían a la oscuridad. El mismo día, se conoció otra carta destinada al teniente coronel Domingo Mercante: "En cuanto me den el retiro, me caso y me voy al diablo".
Los mensajes de despedida, llegaron muy rápido a los enemigos de Perón. Lo imaginaban débil, resignado, entregado. Los integrantes de la Unión Democrática creían que el militar ya no volvería a salir a ningún balcón; mientras miles de trabajadores pensaban que otra vez, como tantas veces, quedarían desamparados.
En la madrugada del 17 de octubre cuando el Coronel fue trasladado al Hospital Militar, producto de un problema respiratorio sobreactuado, que sirvió como excusa perfecta para devolverlo a Buenos Aires, el que preparó su habitación fue un médico con el que había tenido contacto en 1944 se trataba del doctor Ramón Carrillo. Perón valoraba mucho la condición de administrador y estratega de ese neurólogo santiagueño y lo imaginaba en la conducción de una próxima Secretaría de Salud.
Perón le había dado otra carta con las verdaderas instrucciones, a Ramón Carrillo, por entonces jefe de Neurocirugía del Hospital Militar. El mensaje secreto tenía que llegar a manos de los coroneles aliados. El regreso se había puesto en marcha y paralelamente, la carrera de Carrillo empezaba a cambiar para siempre.
En la soledad de Martín García, Perón recordaba sus últimas palabras al frente de la Secretaría de Trabajo y Previsión, el 10 de octubre de 1945 ante miles de manifestantes:
Compañeros trabajadores. En una hora de lucha, me llamasteis el primer trabajador argentino y yo estoy demostrando con mi conducta, que día a día iré honrando esta designación que me disteis. Por eso, con gran orgullo os llamo compañeros a la usanza de nuestros tiempos y no como los antiguos demagogos que llamaron al pueblo compañero para medrar con la función pública, sin haber hecho nada por el pueblo al que ellos se sumaron para despojarlo.
El hombre de los tres cargos reflexionaba, en el penal de la isla, sobre el rol que en los últimos meses habían jugado los diarios y los traidores que lo golpearon desde adentro:
Son esos mismos, que desde periódicos desprestigiados por su propia obra, se están oponiendo a nuestras realizaciones actuales. Por eso, compañeros trabajadores, os recomiendo que vigiléis atentamente, porque se trabaja desde las sombras y hay que vigilar no solo la traición del bando enemigo, sino la traición en el propio bando.
Ese día el líder habló de "nuestro movimiento", un proyecto que para algunos, a esa altura del partido, ya estaba muerto: Debemos llevar a nuestro movimiento, el alma del obrero, que es pura, que es limpia y que no sabe de pequeñas porquerías. Y denunció a todos los que habían vendido su causa: Maldita sea, quien a nuestro lado simula ser compañero, pero a la hora de las decisiones nos clava un puñal por la espalda.
Ramón Carrillo tenia una brillante carrera en el mundo científico y académico. Sin embargo, los sucesos históricos harían cambiar radicalmente su vida de modo que la figura de Carrillo tomara otras dimensiones, fuera de la ciencia biomédica. Grandes cambios se producían en el país: en 1943 es derrocado el régimen del presidente Castillo y asumió otro gobierno militar. En este contexto Carrillo conoció en el Hospital Militar al Coronel Juan Domingo Perón, paciente con quien compartía largas conversaciones. Es precisamente el coronel quien convence a Ramón Carrillo de colaborar en la planificación de la política sanitaria de ese gobierno.
Un dato que demuestra la tranquilidad que se vivía en el lugar, fue la visita del embajador inglés, David Kelly, historia que él contó en sus memorias (El poder detrás del trono). Llegó el auto con las banderas inglesas en los guardabarros del automovil y la gente le facilitó el tránsito para que subiera por la explanada de la Casa de Gobierno.
Kelly llegó para reclamar la rotura de trenes en Ensenada, en la zona de Cípriano Reyes. Cuando se fue, los trabajadores volvieron a cederle el paso, sin problemas esto lo escribió el historiador Oscar Troncoso.
El diario El Mercurio de Santiago de Chile publicó esa mañana que "la crisis argentina ha cerrado una página de su historia y ya no es de temer el porvenir, afianzada definitivamente la democracia".
En su principal título del 17 de octubre de 1945, el diario 'Crítica' señalaba: "Grupos aislados que no representan al auténtico proletariado argentino tratan de intimidar a la población".
Días antes, cuando el general a cargo del entonces régimen militar, Edelmiro Farrell, había ordenado la detención de Perón, secretario de Trabajo y Previsión, ese mismo diario había titulado "Perón ya no constituye un peligro para el país"
En tanto, el 17 de octubre, otros de los títulos de la portada de 'Crítica' rezaban: "A las 19:30 se sabrá la resolución denitiva", "La Policía actuó hoy mansamente" y "Perón está en el Hospital Militar; se entrevistó con delegados obreros".
Esa misma tarde, al tope de su portada, 'La Razón' cuestionaba la movilización y ponía en duda su espontaneidad al asegurar que "numerosos grupos, en abierta rebeldía, paralizaron en la zona sur los transportes y obligaron a cerrar fábricas, uniéndose luego en manifestación en la Capital Federal".
Además, un collage de tres fotos ubicado en el centro de la tapa, exhibía "escenas en los puentes de acceso a la metrópoli", mientras que el título principal de la edición señalaba: "En una reunión decídese hoy el problema del futuro gabinete".
En tanto, en sus páginas interiores, 'La Razón' consignaba ese día que "diversos grupos procedentes de Avellaneda organizaron una manifestación que recorrió las calles de la ciudad. Pasaron por el Ministerio de Guerra y el Hospital Militar".
En otra nota, armaba: "Los diversos grupos que, desde esta mañana, formando a veces columnas, merodeaban por distintos lugares de la ciudad expresando a viva voz su adhesión al coronel Juan D. Perón, comenzaron a dirigirse, alrededor de las 13, hacia el Hospital Militar
"Por distintas calles y obedeciendo a una consigna fueron acercándose al citado lugar, mientras los componentes de los grupos coreaban estribillos alusivos al ex gobernante, cuya libertad reclamaban", destacaba en otro tramo una de las notas de la edición vespertina de 'La Razón'.
Paralelamente, el diario 'Noticias Grácas' daba cuenta de una "agitada reunión frente a la Casa de Gobierno", mientras que 'La Época', el más novato de los vespertinos, señalaba que "Perón fue ungido presidente por un millón de argentinos en Plaza de Mayo".
Según consigna en su libro "Paren las rotativas" el periodista Carlos Ulanovsky, con apenas 70 días en la calle en su haber, 'Clarín' no apareció el 18 de octubre.
Por su parte, el diario 'La Nación' colocaba las renuncias de los ministros de Guerra y Marina, e indicaba que, desde los balcones de la Casa de Gobierno, "hablaron el primer magistrado y el coronel Perón".
En 1960, señala Ulanovsky en su libro, "el propietario del diario La Época había revelado que la mañana del 17 de octubre delegaciones diversas y grupos de trabajadores habían llegado a la redacción del diario dispuestos a todo por el regreso de Perón".
A las 14.30 de ese día, agrega, "La Época llamó a concentrarse en Plaza de Mayo y a no moverse de allí hasta que Perón fuera puesto en libertad".
Por otro lado, la publicación señala que, antes del 17 de octubre de 1945, los matutinos La Prensa, La Nación y El Mundo, y los vespertinos La Razón, Crítica y Noticias Grácas habían mantenido una posición "hostil" hacia el régimen encabezado por el general Edelmiro Farrell y con un ascendente Juan Domingo Perón a cargo de la Secretaría de Trabajo y Previsión.