Para el ministerio de guerra y marina, vacante por fallecimiento de Adolfo Alsina, fue designado en enero de 1878 el general Julio A. Roca, que había sido jefe de frontera recientemente y conocía por experiencia propia los territorios del sur, el clima, la posición de las tolderías y la calidad de sus ocupantes, su modo de combatir y el valor de sus combatientes.
Estanislao Zeballos hizo este comentario: "El doctor Alsina daba al indio mayor importancia y temía al desierto más de lo que en realidad era razonable, y de ahí esa negativa constante a marchar al río Negro, como primer y principal objetivo y su resolución de gastar ingentes caudales en preparar líneas paralelas y sucesivas, prosiguiendo el sistema trazado por el conquistador español".
No hay que perder de vista que la historia de las expediciones al desierto desde Martín Rodríguez a Emilio Mitre y otras no había sido más que una sucesión de sufrimientos y de desastres y que al iniciar Roca sus operaciones en 1878 los recursos militares eran mucho más eficaces y los indios habían sido debilitados y diezmados en el curso de la acción de Alsina.
Roca , no concibió una guerra con objetivos defensivos, como la que había hecho Alsina, después de adelantar la línea de la frontera, sino una campaña ofensiva, que juzgaba posible por disponer entonces de 6.000 soldados veteranos con armamento moderno, mientras el indio había sido duramente castigado en la reciente campaña.
Roca propuso al presidente una ofensiva general que partiría de la llamada zanja Alsina, y se proponía eliminar a los indios hasta la línea del río Negro y su prolongación aguas arriba por el río Nequén, conteniendo luego a los aborígenes en esos ríos.
Mientras se preparaba la campaña general continuarían las expediciones de menor alcance que había iniciado su antecesor contra las tolderías, para no dejar en paz a sus habitantes y privados de su ganado.
La línea de los ríos Negro y Neuquén era más corta y más fácilmente defendible que la fijada hasta allí.
La frontera representaba una pérdida continua de vidas y un alto costo financiero que gravitaba sobre el país; solamente las campañas de 1855 a 1858 causaron 2.500 muertos y heridos en las fuerzas nacionales. Se aplacaba transitoriamente la lucha dando víveres, sueldos y grados de coronel y de general a los caciques sometidos después de haberse distinguido en las depredaciones. Calculó Roca que los ganados vendidos a Chile por los indios, producto de los malones, eran unas 40.000 cabezas al año. El alejamiento del indio de la zona de colonización de los blancos daría a éstos una seguridad que hasta allí no habían tenido; además, el país se vería libre de la sangría de sus contingentes de la frontera, retirados del trabajo productivo, en una línea fortificada, pero no infranqueable.