Se dio orden de suspender la excavación de la zanja Alsina, que ya tenía 374 km de extensión; se ampliaron las líneas telegráficas; las tropas se prepararon para una guerra de gran movilidad, para eso se eliminó la artillería, y se libró a la tropa de las corazas, se acumuló gran cantidad de ganado para uso militar, se prepararon equipos, abastecimientos, servicios, etc.; primero se intentó el sometimiento pacífico de los caciques, con ofertas de tierras, animales y útiles de trabajo, pero las gestiones pacíficas fracasaron. Los fondos de la campaña fueron reunidos por alguna familias tradicionales, aunque no se contaba con el crédito exterior y amenazaba el conflicto con Chile.
Antes de la ofensiva general, se realizaron diversas operaciones de desgaste y de sorpresa. El coronel Levalle, en enero de 1878, con fuerzas de Carhué, Pun y Guaminí, se dirigió a las tolderías de Namuncurá, que se trasladaron unos 100 km al oeste, después de perder 200 indios. El mayor Camilo García, en julio del mismo ario, partiendo del sector de Bahía Blanca, avanzó hasta Guatraché, dispersó a 300 indios, tomándoles prisioneros y ganado. Teodoro García partió de Puán el 4 de octubre con 250 hombres para sorprender a la tribu de Gariumil, a 60 km al oeste de Guatraché; allí sorprendió al enemigo, lo dispersó y tomó un centenar de prisioneros. El teniente coronel Freyre se dirigió al norte de Chiloé con 300 hombres, dio muerte a enemigos, tomó prisioneros y liberó cautivos. En el mismo mes, el coronel Racedo cayó sobre los toldos de Epumer Rosas, causó estragos en ellos y tomó unos 370 prisioneros. En el mismo período el coronel Winter, desde el sector de Bahía Blanca, hizo una exploración por ambas orillas del Colorado hsata Leuvú (Salado) , destacando grupos de reconocimiento. Al regreso se informó sobre las tolderías de Cat-riel y decidió avanzar sobre ellas, pero el cacique eludió el encuentro; no obstante, logró capturar 120 indios de chusma y lanza. El 2 de noviembre salió el coronel Villegas de Trenque Lauquen con 300 hombres, entre ellos 100 infantes y varios baqueanos, en busca de Pincén, y consiguió capturarlo en Malal, con otros 33 indios, aparte del rescate de cautivos y de hacienda.
El 8 de noviembre el teniente coronel Rudecindo Roca salió de Villa Mercedes, San Luis, con un batallón, un regimiento de caballería y algunos indios amigos, en busca del cacique Lucho; llegó el 14 a. Leuvucó y el 18 a Poitahué, donde capturó 300 indios. Se detuvo allí a descansar y fue atacado el 21 por contingentes de Epumer y Baigorrita, a los cuales rechazó, regresando luego a su punto de partida.
Rudecindo Roca el hermano menor Julio A. Roca, tambien participo de Conquista del Desierto en noviembre de 1878 tomó como prisioneros en Villa Mercedes a una nutrida delegación que había sido enviada por los loncos Baigorrita y Namuncurá para parlamentar al amparo del tratado de paz firmado pocos meses atrás. Pocos días después repite la acción con respecto a los delegados enviados por el cacique Epugner Rozas. En total los ranqueles capturados sumaron cincuenta, todos las cuales fueron fusilados. El hecho fue muy criticado en la época y por historiadores posteriores y denunciado en su momento como "crimen de lesa humanidad"
El 10 de noviembre, el coronel L. Nelson se dirigió a la laguna de Trenel en busca de tolderías y no halló indios. A fines de noviembre, el sargento mayor Germán Sosa salió hacia Toay, sorprendió tolderías, tomó prisioneros y dio muerte a algunos indígenas.
El 25 de noviembre, inició Nicolás Levalle una nueva expedición contra Namuncurá en Salinas Grandes, donde, según se decía, este cacique preparaba una invasión.
Los indios huyeron, los persiguió, pero no pudo dar con Namuncurá, que se retiró hacia el Colorado.
El 11 de diciembre el coronel Eduardo Racedo volvió a expedicionar contra los ranqueles desde la frontera sur de Córdoba en busca de Epumer y Baigorrita; adelantó dos fracciones, una a las órdenes del capitán Ambrosio, que tomó prisionero a Epumer y a algunos indios más, y la otra a las del mayor Sócrates Anaya, desde Catriló hacia Curru Mahuída. La columna de Racedo estuvo de regreso en enero de 1879 después de recorrer 400 km de norte a sur y 150 de este a oeste en su hostigamiento incesante contra los ranqueles.
El teniente coronel Rufino Ortega, desde la frontera de Mendoza, hizo un reconocimiento ofensivo con unos 100 hombres hacia el sur del río Curuleuvú o Curileo.
Otra expedición fue la emprendida por el teniente coronel Benito Herrero desde el 15 de enero de 1879 en el sector sur de Buenos Aires hacia los toldos de los ranqueles restantes.
En esas operaciones preliminares de la campaña al desierto, murieron o fueron capturados varios caciques principales, como Pincen y Epumer, pero quedaban todavía Namuncurá y Baigorrita con fuerzas respetables, aunque ya relativamente ablandadas. En total se hicieron
23 expediciones menores desde mayo a diciembre de 1878; los indios tuvieron unas 5.000 bajas entre muertos y prisioneros —entre ellos 68 caciques y capitanejos— y perdieron 14.000 cabezas de ganado. Las bajas de las tropas nacionales fueron escasas; por otra parte, se hizo un reconocimiento del terreno en el que haría pronto su ofensiva general el ejército.
Eduardo Racedo el 1º de julio de 1877 año fue nombrado por el Superior Gobierno, Jefe de la Frontera Sud del Interior, con asiento en la zona Sur de Córdoba, en este puesto dirigió varias expediciones contra los indios de esa parte de la Pampa, entre ellas la realizada contra la tribu del cacique Ramón Cabral, el 18 de setiembre e 1877, y que terminó con el sometimiento de este cacique y de su tribu; otras fueron la de octubre de 1878, y la de diciembre del mismo año, contra las tribus de los caciques Baigorrita y Epumer, que dieron por resultado, entre otros, la captura de este último y de un número grande de salvajes. Racedo, que había partido el 11 del mes de diciembre con 300 hombres, después de llegar a Poitagüe, continuó batiendo el terreno hasta sobrepasar Nahuel-Mapú , hasta la travesía de Chadi-Leuvú desde donde inició lentamente el regreso, llegando el 24 de enero a Sarmiento Nuevo.