Alsina respondió al ataque, forzándolos a retroceder y dejando fortines en su camino hacia el sur para proteger los territorios conquistados y para evitar el transporte del ganado robado construyó la llamada Zanja de Alsina de 3,50 metros de ancho por 2,60 metros de profundidad, que sirvió como límite para los territorios sin conquistar de 374 km entre Italó (en el sur de Córdoba) y Nueva Roma (al norte de Bahía Blanca).
Fuertes contingentes indígenas seguían amenazando la línea de la frontera, que defendía los sectores de Córdoba, San Luis y Mendoza al mando del coronel Racedo, con los tenientes coroneles Ruiz Moreno y Tejedor, y todo al mando del general Julio A. Roca, en total unos 1.100 hombres.
Para 1876 disponían los indios del sur de la confederación pampa de Namuncurá, de 2.200 hombres de pelea y 6.600 de chusma de Renque Curá, hermano de Calfucurá, en los valles de los ríos Negro y Colorado; de 760 lanzas y 3.000 de chusma de Catriel, al oeste de Guatraché; contingentes de Pincén en la parte de Toay; otras fuerzas de los caciques Grande y Tripalao, en las Salinas Grandes; unos 600 ranqueles de pelea de los caciques Ramón, Mariano y Baigorrita, distribuidos entre Catriló, Leuvuc6 y Nahuel Mapú, al sur de San Luis; además indios pehuenches y muluches en la zona de río Grande y en las mesetas de los Andes, con caciques menores, a los que se adherían blancos chilenos en sus correrías al sur de Mendoza.
Namuncurá y Catriel, con 1.600 hombres, realizaron una invasión de represalia, cruzaron Olavarría, pasaron al este de la segunda línea y llegaron a Azul saqueando estancias y poblaciones y regresando con el botín. Antonio Donovan salió en busca de los invasores, que fueron alcanzados con su arreo y batidos, rescatando unos 50.000 vacunos, aunque el arreo era mucho mayor, y matando unos 100 indios.
Juan José Catriel era un cacique de la dinastía de los Catriel, fue un cacique Pampa, hijo de Juan "el joven" Catriel y hermano de Cipriano Catriel y de Marcelino Catriel. Este jefe tuvo actuación entre los años 1865-1878, luego de la muerte del asesinato a su propio hermano Cipriano, quedó al frente de la tribu y continúo viviendo en el mismo lugar, cercano a Azul, hábitat tradicional de los catrieleros. Juan José no quiso tener tratos con las autoridades, pues tenía el convencimiento de su plena libertad y de ser propietario nato y sin restricciones de la tierra que pisaba. Consideraba a su hermano Cipriano como un traidor a la estirpe, y se aprovechaba de los criollos argentinos para robarles su hacienda o hacerse entregar harina, carye, yerba, tabaco y ropas
Namuncurá y Renque Curá, con 2.000 lanzas, penetran, a comienzos de octubre, por el sector centro sin ser advertidos, porque los indios amigos encargados de la vigilancia se pasaron a los invasores. Garmendia se dirigió al suroeste en busca de los indígenas con tropas de los alrededores de Chivilcoy y las de su mando, y les quitó 9.000 animales después de causarles algunas bajas. Al día siguiente fue sorprendida la retaguardia de los invasores en la laguna del Cardón, a 35 km de Quemú Quemú.
El 11 de octubre, otra invasión encabezada por el cacique Coliqueo, que regresaba con su arreo y su botín desde las cercanías de Bragado, fue batida en el mismo lugar, recuperando 10.000 animales.
El 2 de diciembre volvió Pincén a invadir el sector norte de Buenos Aires y regresó con hacienda de las orillas del Salado. Se reunieron las tropas de Junín y las de fuerte Lavalle, al mando del coronel Manuel Sanabria, persiguieron a los invasores en dirección a fortín Triunfo, 70 km al suroeste de Junín, los atacaron, causándoles muertos, y recuperaron yeguarizos y otros ganados. En el sur de Mendoza hubo en noviembre una invasión indígena que arreó 5.000 animales.
Las invasiones y depredaciones indígenas querían neutralizar los planes de Alsina que proyectaban un nuevo avance de la frontera. La primera de ellas con una gran masa de indios de lanza y otras con núcleos de menor cuantía. Produjeron grandes daños, pérdidas de vidas, de hacienda y destrucciones.
El cacique Pincen no heredó su cacicazgo, sino que formando parte de la plebe, lo logró a fuerza de coraje. Nació en Carhué y adoptó el nombre de Pincén, tomándolo de la palabra pinhen, que significa amante de sus antepasados. Conocía el desierto como nadie y entraba en batalla como si tuviera siete vidas. Tenía el sentido de orientación de los pájaros. Era un jinete incomparable, podía soportar hasta el extremo el frío, el cansancio y el hambre y entraba a la batalla como si tuviera siete vidas. No pactó jamás con los gobiernos cristianos ni vistió uniforme militar como algunos de sus contemporáneos. Su tribu contaba con más de mil personas y guiaba un ejército de sólo 300 guerreros con los que entre 1873 y 1878 dominnó el noroeste bonaerense y el sur de Santa Fe, atacando poblados, arreando ganado y provocando muchísimas víctimas entre soldados y pobladores.
Las dos líneas fortificadas, que habían costado siete millones de duros, no habían sido obs-táculos para que las cruzasen los indios, pero ya en los primeros meses de 1877 los indígenas, debilitados, no reincidieron en incursiones de magnitud, sino que se contentaron con pequeñas tentativas con fines de saqueo. Namuncurá quiso someterse a cambio de la provisión de víveres y de la devolución de sus tierras de Carhue, pero el gobierno rechazó sus pretensiones y desde mediados de ario, Alsina resolvió iniciar las ofensivas previstas en el plan de 1875.
El 9 de octubre salió Teodoro García de Puán con 400 hombres, incluidos 80 indios amigos, en busca de Juan José Catriel, al oeste de Guatraché. Dos días después sorprendió las tolderías y una parte de los indios se rindió y los otros se dispersaron. Catriel tuvo 160 muertos, 65 prisioneros, 300 cautivos de chusma y varios centenares de animales rescatados.
El coronel Conrado E. Villegas se puso en marcha contra las tolderías de Pincén en Malal el 13 de noviembre con 170 hombres de un regimiento de caballería, y llegó cuatro días después a 40 km de Toay; atacó las tolderías al amanecer del día 18 y los indios huyeron. La columna regresó a Trenque Lauquen, considerando a Pincén enteramente vencido.
Hubo otras pequeñas expediciones de castigo contra los indígenas que se acercaban sigilosamente para robar las caballerías de los fuertes y fortines, incursiones que realizaban los ranqueles de Buenos Aires y otras tribus al sur de Mendoza.
Las penurias comenzaron a hacerse sentir en las tolderías y unos corrían el riesgo de aventuras peligrosas en busca de hacienda y otros se entregaban en grupos a las guarniciones de la frontera como los caciques Ramón y Manuel Grande; o se alejaban hacia lugares menos peligrosos como el valle del río Colorado.
Aunque no parece haber existido nunca un modelo único para todos los fortines, estos solían estar construidos del siguiente modo: emplazados sobre el terreno más elevado, una rústica empalizada de troncos dispuestos verticalmente ("palo a pique") tal empalizada era con frecuencia el único "muro" perimetral, muro de planta rectangular que rodeaba a un recinto de unos 100 a 500 metros², en el interior del recinto se ubicaban ranchos que hacían las veces de cuadras y barracas, tales ranchos generalmente eran la vivienda de la oficialidad o del comandante fortinero, la barraca de las tropas, un arsenal, una rudimentaria prisión o celda, un depósito de alimentos, un establo, más raramente existían una capilla, una enfermería e incluso una pulpería. Dentro del recinto se ubicaba un corral para la caballada y un mangrullo ( torre de vigía de no más de 10 metros de altura, confeccionada casi siempre con leños y recubierta en ocasiones por un techado de "sacate" ), un pequeño cañón era usado con la pretensión de infundir temor a los posibles atacantes aunque la más de las veces se utilizaban sus salvas a modo de "telégrafo" para dar señales a otros fortines.