Mientras se desarrollaba la lucha contra los unitarios, los indios avanzaron sus fronteras e invadieron y causaron depredaciones en las provincias de Cuyo y en Buenos Aires, y surgió la idea de una operación ofensiva contra ese peligro que intranquilizaba a la campaña. Quiroga fue el principal promotor de esa iniciativa. La legislatura de Mendoza propuso a la de San Juan a mediados de diciembre de 1831 reaccionar contra la amenaza a las fronteras y se señaló en esa oportunidad la presencia de Quiroga para el mando de una expedición al desierto.
La zona de la frontera entre las tierras ubicadas bajo el dominio efectivo de las nuevas autoridades patrias posteriores a la Revolución de Mayo de 1810 y los indios se desvirtuó principalmente como consecuencia del envío de tropas y armas por parte de las primeras para sostener los diversos frentes durante la Guerra de la Independencia y por los distintos posicionamientos, alianzas y enfrentamientos que las diversas tribus aborígenes tuvieron a lo largo de las luchas revolucionarias.
Durante esta etapa tanto los sucesivos gobiernos del Río de la Plata como los indios, a pesar de fracasados esfuerzos por mantener una relativa paz en los distintos y despoblados pagos, continuaron con la política de permanente hostilidad.
Muy lentamente y con grandes esfuerzos, la débil frontera fue extendiéndose hacia el desierto cobrando notoriedad las tres Campañas de Martín Rodríguez contra los indígenas que el exgobernador de la provincia de Buenos Aires efectuó entre 1820 y 1824.