A principios de 1816 y en medio de los problemas que hemos mencionado los representantes de los pueblos comenzaron a llegar a la Ciudad de Tucumán, elegida por distante de Buenos Aires, a fin de no despertar los recelos del Interior hacia el centralismo porteño. En su mayor parte, los diputados pertenecían al clero o eran hombres de leyes y le seguían en menor cantidad los hacendados y comerciantes.
El Congreso de las Provincias Unidas convocado por Ignacio Alvarez Thomas, inauguró sus Sesiones en Tucumán el 23 de Marzo de 1816. Con la presencia de dos tercios de sus miembros y para no demorar por más tiempo el comienzo de las deliberaciones, el Congreso asistió a una solemne Misa en el templo de San Francisco y, ese mismo día, a las 09:00, declaró abiertas las Sesiones en la casa de Carmen Bazán y Laguna de Zavalía.
El doctor Pedro Medrano fue elegido Presidente -al igual que en la Asamblea del Año XIII se renovaba mensualmente- y Secretarios los doctores Paso y Serrano.
A diferencia de anteriores Asambleas, el Congreso de Tucumán tuvo las siguientes atribuciones:
a) constituyentes, porque redactó el Reglamento de 1817 y la Constitución de 1819;
b) ejecutivas, por cuanto dio Instrucciones y normas de gobierno al Director Supremo;
c) legislativas, debido a que dictó diversas leyes; y
d) judiciales, porque también se ocupó de rever sentencias.
Varios eran los asuntos fundamentales que debía resolver el Congreso, entre ellos la Declaración de la Independencia, la unión del país, el dictado de una Constitución y la forma de gobierno a adoptarse.
Pedro Medrano fue elegido por Buenos Aires para ser diputado en el Congreso de Tucumán, ejerciendo como primer presidente y dando el discurso inaugural. Medrano también propuso agregar al acta de la Independencia, a continuación de la propuesta de emancipación “de los reyes de España, sus sucesores y metrópoli”, la expresión “y de toda otra dominación extranjera”. Su propósito era desvirtuar los rumores de un acuerdo con los portugueses para establecer un protectorado lusitano. La propuesta sería aprobada por unanimidad. Junto a Teodoro Sánchez de Bustamante y José Mariano Serrano integró la comisión redactora del "Manifiesto a las Naciones".
Se reunieron allí representantes de todas las provincias argentinas con excepción de Santa Fe, Corrientes y Entre Ríos y, lógicamente, la Banda Oriental, pues hasta Córdoba -dudosa entre su fidelidad a la unidad y su reconocimiento al Protector- optó al fin por enviar sus diputados sin renegar sus opiniones políticas. También estaban representadas varias provincias del Alto Perú: Charcas, Cochabamba, Tupiza y Mizque.
Una historiografía parcial ha restado méritos a los congresales, presentándolos como hombres mediocres, tal vez porque muchos de ellos no tuvieron puestos de primera fila en las violentas luchas de facciones que ocuparon al país en los siguientes treinta años.
Sin embargo, como reconoce el mismo Mitre -no siempre condescendiente con el Congreso- los diputados eran los hombres más representativos de sus respectivas provincias, valiendo este juicio tanto en relación a su capacidad intelectual como a su prudencia política.
Clérigos y abogados en su gran mayoría, educados casi todos en las universidades de Córdoba, Charcas, Lima o Santiago de Chile eran -en su formación y modo de pensar- decididamente representativos de sus provincias y por ende de la Nación como conjunto.
Tal vez sus dos figuras más notables hayan sido los doctores José Mariano Serrano y José Darregueira, diputados por Charcas y Buenos Aires respectivamente y, enseguida, por sus méritos y actividad, el riojano Pedro Ignacio de Castro Barros; los porteños Juan José Paso, Antonio Sáenz y Tomás de Anchorena; y el chuquisaqueño José Severo Feliciano Malabia, futuro ministro de la Corte Suprema de Justicia de Bolivia.
De allí el juicio de Joaquín V. González: “Es justo decir que el Congreso de Tucumán ha sido la Asamblea más nacional, más argentina y más representativa que haya existido jamás en nuestra historia”
Se hallaron presentes en el acto de apertura de las sesiones, los representantes de:
Posteriormente se incorporaron los diputados de Santiago del Estero y Salta.
Después de constituido, el Congreso declaró sus atribuciones y alcances: sostuvo "que los señores representantes son los mismos pueblos reunidos en Congreso que depositan en sus manos los sagrados intereses que son dignamente representados por ellos y con poderes bastantes para formar la Constitución fundamental del Estado, que es una de las principales atribuciones de equidad y conveniencia públicas, dejando a los pueblos en el pleno goce de la que les corresponde y del ejercicio de ella en los casos que deban y puedan ejercer por sí mismos".
Las provincias respondían con mucha lentitud a causa de las divergencias internas que se manifestaban cada día más graves. Además comenzaron a llegar los dispersos de Sipe-Sipe y los desertores constituían una amenaza de disgregación del impulso revolucionario, a raíz de los sucesos del litoral se produjo la renuncia de Manuel Belgrano y la caída del director supremo.
El 3 de mayo el Congreso tuvo que designar un nuevo director supremo del Estado; por 23 de los 25 votos resultó electo Juan Martín de Pueyrredón, un acierto en aquellos momentos críticos, como habrían de probarlo los hechos futuros.
Una vez designado para el alto cargo, Pueyrredón se trasladó al norte a fin de remediar en lo posible la situación creada por el desastre de Sipe-Sipe.
A retaguardia del ejército en derrota había surgido una fuerza autónoma que combatía con audacia y con independencia: las milicias de los gauchos salteños que respondían a la dirección de Martín Giiemes. El enemigo ocupaba Tarja y amenazaba continuar la ofensiva por la quebrada de Humahuaca.
Hallándose en el norte, recibió Pueyrredón un oficio de San Martín en el que exponía a grandes rasgos su plan de reconquista de Chile y le sugería la conveniencia de trasladar el Congreso a Buenos Aires. El asunto atrajo su atención y comunicó a San Martín el deseo de celebrar una entrevista a su paso por Córdoba.