Desde el 6 de julio de 1816 el Congreso realizó una serie de sesiones cuyas actas consignó en un libro especial, eran las Actas Secretas.
En la primera de esas sesiones se dio cuenta del informe verbal de Belgrano, a requerimiento del Congreso, sobre la situación europea. En otras sesiones se consideraron la situación política interna y las negociaciones entabladas con Carlos IV, la reina Luisa, el ministro Godoy, el gabinete del Brasil y Fernando VII, en las que habían intervenido algunos emisarios especiales, Manuel José García y Bernardino Rivadavia. Varios diputados consideraron esas negociaciones despreciables y pidieron que se les dé a la publicidad.
El 4 de setiembre de 1816 se leyó el proyecto de instrucciones acerca de las relaciones con el Brasil en la oportunidad de la invasión de la Banda Oriental por el general portugués Lecor. Se indica al delegado que se envía y que deberá comunicarse con Nicolás Herrera, que "la base principal de toda negociación será la libertad e independencia de todas las provincias representadas en el Congreso; que éste ha publicado solemnemente y aquéllas han jurado defender a toda costa". Se refiere luego a la situación política interna, que considera apaciguada y el Congreso establece así lo que argumentará el comisionado:
"También les expondrá la grande aceptación del Congreso entre las Provincias y la confianza de éstas en sus deliberaciones; y que a pesar de la exaltación de ideas democráticas que se ha experimentado en toda la revolución, el Congreso, la parte sana e ilustrada de los Pueblos, y aun el común de éstos, están dispuestos a un sistema monárquico constitucional o moderado sobre las bases de la Constitución inglesa acomodadas al estado y circunstancias de estos pueblos de un modo que asegure la tranquilidad y el orden interior, y estreche sus relaciones e intereses con los del Brasil hasta el punto de identificarlos en la mejor forma posible. Procurará persuadirles el interés y la conveniencia que de estas ideas resulta al gabinete del Brasil en declararse protector de la libertad e independencia de estas Provincias restableciendo la casa de los Incas y enlazándola con la de Braganza, sobre el principio por una parte de que unidos ambos Estados se aumentará sobremanera el peso de este continente hasta contrabalancear el del viejo mundo, y cortar los lazos que detendrán los pasos de su política y le embarazarán la marcha natural a sus altos destinos.”
"Si después de los más poderosos esfuerzos que deberá hacer el comisionado para recabar la anterior proposición fuese rechazada, propondrá la coronación de un infante del Brasil en estas Provincias, o la de otro cualquiera infante extranjero, con tal que no sea de España, para que enlazándose con alguna de las infantas del Brasil gobierne este país bajo una Constitución que deberá presentar el Congreso.”
"Si se le exigiera al comisionado que estas provincias se incorporen a las del Brasil se opondrá abiertamente, manifestando que sus instrucciones no se extienden a este caso y exponiendo cuantas razones se presenten para demostrar la imposibilidad de esta idea, y los males que ella produciría al Brasil. Pero si después de apurados todos los recursos de la política y del convencimiento insistiesen en el empeño, les indicará (como una cosa que sale de él y que es lo más a que tal vez podrán prestarse estas Provincias) que, formando un Estado distinto del Brasil, reconocerán por monarca al de aquél, mientras mantenga su corte en este continente, pero bajo una Constitución que le presentará el Congreso.”
“Mas si las armas portuguesas progresasen notablemente, procurará concluir los tratados, o restableciendo la casa del Inca enlazada con la de Braganza, o coronándose en estas provincias un infante de Portugal u otro extranjero que no sea de España, según y con las calidades prevenidas en las instrucciones separadas que se le han dado en esta fecha".
Se hicieron reservas a esas instrucciones para negociar con Lecor, pero finalmente fueron aprobadas y se designó a Juan Florencio Terrada, con carácter privado, para entrevistarse con el jefe portugués. El 17 de diciembre el Congreso consideró dos oficios del director supremo Pueyrredón sobre las relaciones exteriores, en uno de los cuales expresa que considera
"oprobiosa, degradante y ofensiva para el país la ruta que se le indicó para el giro de las negociaciones con la corte del Brasil, e insistiendo en que el rumbo que debe seguirse en ellas debe ser el de exigir de aquélla, como un paso preliminar, el reconocimiento de nuestra independencia de un modo público a los pueblos, para entrar entonces en las negociaciones con el carácter y la dignidad correspondiente a la declaración solemne de nuestra emancipación política; concluye que, en caso de no adoptar éste, el Congreso le releve del empleo y cargo de intervenir en ellas, para no comprometer su seguridad, su conciencia y su reputación, en su proyecto que, ofendiendo los intereses y gloria de aquellos habitantes, excitaría toda la suspicacia de su celo".
Las actas secretas continúan ocupándose de cuestiones políticas internas y a fines de agosto de 1818 se ocupa el Congreso de las relaciones exteriores y de la comisión encomendada a Bernardino Rivadavia para obtener el reconocimiento de la independencia argentina por el gobierno español.
En octubre y noviembre se trató de las relaciones internacionales y especialmente de la proposición hecha por el ministro de negocios extranjeros de Francia al comisionado argentino José Valentín Gómez para colocar en el trono de una monarquía constitucional de las Provincias Unidas al príncipe de Luca, para lo cual el gobierno francés se comprometía a allanar todas las dificultades que se presentan en por parte de las demás potencias extranjeras. Las actas secretas continúan aun después de sancionada la Constitución de 1819.
En la misión de José Valentín Gómez aparece comprometido e interesado el director supremo Pueyrredón, pues si bien se horroriza de las concesiones que el Congreso hacía a Lecor en la Banda Oriental, es porque siente vivo deseo de secundar los planes del coronel Le Moyne, que llegó a Buenos Aires como comisario del marqués d'Osmond en 1818. Además de Pueyrredón, estuvo interesado en la misión de Gómez el general San Martín, que interesó en ella a O'Higgins desde Mendoza. En consecuencia, el director supremo de Chile destacó a Londres a un comisionado, José de Irisarri.