A lo largo de su período presidencial, con los altibajos impuestos por las circunstancias y las pasiones desatadas, que avivaba la prensa de uno y otro sector, pero principalmente la porteña, se mantuvo vivo el deseo de negociar la reincorporación de Buenos Aires.
Hubo levantamiento contra el gobierno provisional, como el de la campaña, en noviembre de 1854; y para hallar soluciones pacíficas Urquiza designó a José María Cullen y a Daniel Gowland, representantes suyos ante el gobernador Pastor Obligado; la provincia disidente nombró con igual carácter a Irineo Portela. De esas negociaciones surgió el convenio del 20 de diciembre, cuyo artículo 39 decía:
"Para acercar cuanto antes la reunión de todos los pueblos de la República Argentina, y que cese la separación política que hoy existe, ambos gobiernos se comprometen del modo más formal y solemne, a no hacer uso de las armas, ni a permitir que otros lo hagan en sus respectivas jurisdicciones, para dirimir cualquiera diferencia y arreglar por medios amistosos sus mutuas relaciones y cuanto puede interesar a su estado político, a la seguridad de las fronteras en las invasiones de los bárbaros, al comercio y a los habitantes de uno y otro territorio; y al efecto, luego de ratificado el presente tratado, adoptarán las medidas de mutua conveniencia".
Para dar cumplimiento a esa cláusula se celebró una nueva convención el 8 de enero de 1855, firmada por Santiago Derqui y Juan del Campillo, en nombre de la Confederación, y J. B. Peña, en el de la provincia de Buenos Aires. Su artículo 19 establecía:
"Ambos gobiernos se obligan de la manera más formal a no consentir desmembración alguna del territorio nacional, y en el caso de peligro exterior que comprometiese la integridad del territorio de la República o algún otro derecho de la soberanía nacional, se pondrán inmediatamente de acuerdo para la defensa común, y a este fin unirán sus esfuerzos".
Juan Bautista Peña fue el embajador del gobierno provincial ante el presidente de la Confederación, Justo José de Urquiza después de la matanza de Villamayor, en 1856. Selló la paz entre ambos gobiernos, que duró hasta los días previos a la batalla de Cepeda.
Se reiteró en el artículo 30:
"Ambos gobiernos declaran igualmente que la separación interina del Estado de Buenos Aires de la Confederación Argentina, en manera alguna altera las leyes generales de la Nación sobre la remisión a las jurisdicciones competentes, por delitos que sean meramente políticos, en la forma que ellos lo prohíban". . .
En noviembre, Buenos Aires envió a Paraná como comisionado a Juan Bautista Peña, que no obtuvo resultados ponderables, porque a través de las instrucciones reservadas, que fueron conocidas por el gobierno de Paraná, se juzgó que su misión era una maniobra hábil destinada a obtener ventajas y supremacías con vistas al futuro enfrentamiento bélico.
Se volvieron más tirantes las relaciones, como se ha visto, a causa de las invasiones de los generales José María Flores y Gerónimo Costa a Buenos Aires, batidas por las tropas porteñas, que apresaron y ejecutaron al último y a la mayor parte de sus compañeros.
En razón de esos acontecimientos, Urquiza denunció el 18 de marzo de 1856 los acuerdos de convivencia de diciembre de 1854 y de enero de 1855.
El ejército a cargo del coronel Emilio Conesa alcanzo y derrotó en la batalla de Villamayor a Gerónimo Costa , si bien sus oficiales se rindieron después de una inútil resistencia, no se tuvo en cuenta la rendición dado que fueron desarmados y Costa y otros oficiales fueron fusilados al día siguiente, Conesa fue premiado con el ascenso a general.
Hubo un proyecto de asesinar al presidente de la Confederación en 1858; en el proceso consiguiente ante el juez Miguel J. Malarin, se vio implicado en alguna forma Valentin Alsina. De los tres complotados como presuntos autores materiales, Lucas Bergara fue condenado a muerte por la Suprema Corte, pero el poder ejecutivo nacional, por decreto firmado por del Carril y refrendado por edro Lucas Funes, le conmutó la pena por la de destierro.
Denunciados los pactos que mantenían principios de conciliación, se puso en perspectiva la solución por las armas, que apoyaban en Buenos Aires los federales opositores y en Paraná los intransigentes. La prensa de uno y otro sector contribuyó a crear el clima propicio a la lucha con su tono combativo.
Pero aunque el recurso a la fuerza se veía como ineludible, Urquiza no desistió de hallar salida por vía pacífica. El 9 de setiembre el ministro Derqui envió un oficio a Buenos Aires pidiendo que invitase al pueblo a pronunciarse en la forma más solemne sobre la Constitución para salvar la integridad y la gloria del país. El ministro de relaciones exteriores de Buenos Aires, José Barros Pazos, respondió el 29 de setiembre proponiendo la discusión por comisionados para convenir lo necesario al asunto de la reconstrucción nacional.
La idea había sido propuesta públicamente por el general Lucio V. Mansilla, lo que motivó un encuentro polémico con Juan Carlos Gómez en Los Debates.
Derqui reiteró su pedido el 27 de octubre, pero protestando porque la provincia enviaba al extranjero representantes diplomáticos. El lenguaje empleado alcanzaba un tono que hizo que Barros Pazos devolviese el oficio. Derqui había escrito:
"El gobierno nacional recibirá en reciprocidad la verdad o las consideraciones que tengan esa experiencia, por mortificante que sea, expuesta lealmente por el Excmo. gobierno de la provincia de Buenos Aires, cuando menos para que Dios, los contemporáneos y la posteridad, al juzgar nuestras contiendas, disciernan entre nuestros errores, pero no acusen nuestra voluntad".
Volvió el gobierno de la Confederación a pedir el 23 de febrero de 1858 que se convocase al pueblo de Buenos Aires y de su campaña para que se pronunciase sobre la aceptación o rechazo de la Constitución de 1853. Con el mismo tenor insistió el 23 de marzo, señalando que el rechazo de ese examen podría importar la expresión firme e irrevocable de formar una nación independiente; entonces el Congreso federal, legislativo, próximo a reunirse, decidiría sobre tan grave negocio.
Barros Pazos respondió el 9 de abril; el lenguaje de la última comunicación de Derqui era más adecuado para un examen leal y sereno de lo que en ella se enuncia y propone; pero rechaza el plebiscito "porque es abiertamente contrario al derecho público del Estado de Buenos Aires, donde el sistema representativo es una feliz realidad". Pone término a la correspondencia, "cuando menos infructuosa", porque entretanto se habían dado a conocer en Buenos Aires las circulares confidenciales a las provincias, de Salvador María del Carril, vicepresidente de la Confederación, y de Derqui, ministro del interior, en las que se representaba como única y última salida del pleito de la segregación la apelación a la fuerza para someter a los disidentes.
y propone; pero rechaza el plebiscito "porque es abiertamente contrario al derecho público del Estado de Buenos Aires, donde el sistema representativo es una feliz realidad". Pone término a la correspondencia, "cuando menos infructuosa", porque entretanto se habían dado a conocer en Buenos Aires las circulares confidenciales a las provincias, de Salvador María del Carril, vicepresidente de la Confederación, y de Derqui, ministro del interior, en las que se representaba como única y última salida del pleito de la segregación la apelación a la fuerza para someter a los disidentes.
La situación se puso más tensa. La mayoría de los hombres del gobierno de Buenos Aires y de parte de los de Paraná eran irreductibles y por ambas partes se aceleraron los preparativos militares.
Se agravó más la crisis cuando el general Nazario Benavídez fue asesinado en la cárcel de San Juan, un hecho que en Buenos Aires se celebró ruidosamente como un triunfo del pueblo, mientras que en Paraná y en el resto de las provincias confederadas se señaló la mano instigadora de los porteños en ese crimen político, que implicaba un retorno a los métodos de la tiranía depuesta. Se dijo, no sin alguna razón, que si después de Caseros se suprimió la mazorca de Rosas, la libertad puso en vigor una nueva mazorca. Los asesinatos por motivos políticos iban a tener una trágica sucesión.
Urquiza decidió consagrarse a la preparación militar y envió plenipotenciarios a Montevideo y a Río de Janeiro para contrarrestar la eventual ayuda o alianza con Buenos Aires, y adquirió buques y otros elementos para la escuadra federal en formación. El gobierno de Buenos Aires hacía lo mismo y su prensa extremaba los ataques a Urquiza y a sus colaboradores.
El 20 de mayo de 1859 se promulgó una ley del Congreso nacional que autorizaba al presidente de la Confederación a "resolver la cuestión de la integridad nacional, respecto de la provincia disidente de Buenos Aires, por medio de negociaciones pacíficas o de la guerra, según lo aconsejaren las circunstancias". Y completando esa decisión se le autorizó también a movilizar la guardia nacional en cualquier punto de la república, a aumentar el ejército de línea y a formar una escuadra.
Aprovechando los festejos del 25 de mayo, Urquiza pasó revista en Paraná a sus tropas, un ejército de 16.000 hombres, cuyo espectáculo tenía por objeto impresionar a Buenos Aires y a las potencias extranjeras. Uno de los que presenciaron el desfile fue el sabio alemán Herman Burmeister, que lo describió en su libro Viajes por los Estados del Plata: "La solemnidad de este ario, marcadamente grandiosa, era al mismo tiempo una demostración política contra Buenos Aires, a fin de enfriar sus apetitos separatistas y voltear el partido allí imperante. El presidente había reunido todas las fuerzas de la provincia de Entre Ríos para una grande parada que debía tener lugar el día siguiente y se hablaba que lo hacía en parte para reconcentrar provisoriamente sus gentes con el objeto de mantener vivos sus influjos, en parte para mostrar a los porteños los elementos de que disponía y cómo le sería fácil obligarlos por la fuerza si no se sometían de buen grado a la Confederación. Sólo he presenciado la segunda parte de la gran revista de la cual puedo hablar. .. . No deja de tener interés la clase de uniformes, armas y número de soldados. Este número alcanzaba a 14000 hombres, cómputo que no conceptúo exagerado como se verá por la siguiente descripción. ."Se había intentado atemorizar a Buenos Aires e inclinaría a la condescendencia por medio de la presentación del poder armado de que se disponía. Pero el medio empleado no correspondió a ese objeto. El poder dominante en Buenos Aires quedó en el poder y la esperanza de saldar las diferencias existentes se desvaneció cada día más"...