Cuando Urquiza transmitió la presidencia de la Confederación a su sucesor, la parte más dificultosa de la organización del país estaba casi totalmente realizada mediante el pacto el 5 de enero de 1860 y dio término a sus sesiones el 11 de mayo.
Santiago Derqui se hizo cargo de la presidencia de la Confederación el 5 de marzo. Es probable que. Urquiza hiciese valer su influencia para que resultase electo, pues respondía a la política que él mismo había practicado.
La obra de Urquiza en el gobierno. Cuando Urquiza transmitió la presidencia de la Confederación a su sucesor, la parte más dificultosa de la organización del país estaba casi totalmente realizada mediante el pacto del 11 de noviembre y su conducta anterior y ulterior.
Ningún otro presidente argentino tuvo que vencer tantas dificultades y situaciones tan críticas como él. Alberdi recordó que en los seis años de su gobierno no tenía un desterrado y resumió así su obra y su papel en la historia:
Levantó el sitio de Montevideo después de nueve años de vigencia; derrocó a Rosas y su tiranía de veinte años; abrió los afluentes del Plata al tráfico libre y directo del mismo; abolió las aduanas provinciales que funcionaron desde 1820; reunió en un congreso constituyente a la Nación Argentina dispersa; promulgó la constitución de libertad y progreso sancionada por el congreso; regularizó. las relaciones interrumpidas entre el país y el jefe de la Iglesia católica; negoció el tratado de paz que puso fin a la guerra de la independencia contra España y obtuvo el reconocimiento de la independencia por la antigua metrópoli; inauguró el movimiento de colonización y de empresas ferroviarias, de telégrafos, bancos, etc.; promovió la riqueza y el crédito; fue el gobernante que llegó al poder según la Constitución y lo entregó en el plazo constitucional fijado.
Como gobernante y como hombre de empresa y de iniciativa, fue un organizador eficaz, un regulador de la vida económica, industrial y comercial. El país estaba exhausto después de Caseros; la fuente más importante de ingresos y casi la única para el fisco era la Aduana de Buenos Aires. Se requería una buena dosis de valor y de fe para quedar fiel al objetivo de la organización nacional después de cuarenta años de guerra por la independencia, de guerras civiles y de disgregación, primero de las provincias contra Buenos Aires en nombre de la consigna de la federación, y luego de Buenos Aires contra las provincias, con otras consignas localistas.
Más de una vez tuvo que contribuir Urquiza de su peculio privado a los gastos del Estado y adelantar dineros para la prosecución de servicios públicos y administrativos.
Desde la época de Rivadavia no se vuelve a encontrar una voluntad tan tenaz y con tanta visión del futuro como la que evidenció Urquiza; la organización nacional en manos de Mitre, de Sarmiento, de Avellaneda siguió su curso, pero los cimientos de la obra habían sido ya trazados y cubiertos por el vencedor de Caseros. Llamó a su lado a hombres de antecedentes honrosos y de prestigio, como el sanjuanino Salvador María del Carril, ministro de Rivadavia, y le dio amplia libertad de acción; lo mismo hizo con los otros miembros de su gabinete, hombres notables de la proscripción o independientes y hasta enemigos del rosismo; en general no tuvo en cuenta el origen partidista de sus colaboradores, sino su capacidad y su experiencia en los negocios del Estado.
En lo único que quiso Urquiza gravitar fue en la orientación política, tanto en las relaciones exteriores como en los asuntos de carácter interno; sus ministros debían ajustar en ese punto sus opiniones a las del presidente de la Confederación.