La noticia y el texto del acuerdo de San Nicolás produjeron alarma en Buenos Aires, los hombres de Buenos Aires creyeron ver en sus cláusulas un acta de fundación de la nueva dictadura; Urquiza se les apareció como un monarca con la suma del poder.
Se publicó en El Progreso antes de darlo a conocer oficialmente, la legislatura había concedido a Vicente López permiso para concurrir a la reunión de gobernadores, pero no pidió ni llevó instrucciones para la misma y no estaba autorizado para firmar un pacto, al menos sin que fuese luego sometido ad referendum.
Tadeo Rojo, partidario de la capitalización, había escrito a Vélez Sarsfield que el proyecto sería sancionado y que Buenos Aires tendría que someterse por grado o por fuerza. Esa información causó irritación en los porteños y Vélez Sarsfield presentó a la Sala un proyecto por el que se ordenaba al gobierno que no cumpliese lo dispuesto en San Nicolás.
Todavía no había llegado el gobernador de regreso de San Nicolás y ya se habían iniciado las interpelaciones legislativas en torno a suposiciones, a temores, a peligros imaginarios. Se concluyó sancionando un proyecto que disponía que el poder ejecutivo se abstendría de ejecutar decretos u órdenes que emanasen del acuerdo de San Nicolás. La ley era la voluntad de la legislatura, de carácter imperativo.
La rapidez con que se tomó posición contra el acuerdo y la insistencia con que Vélez Sarsfield presentó proyectos contra él en la legislatura, hacen pensar que había cierta hostilidad preconcebida, y que aun sin el acuerdo habría habido resistencia en Buenos Aires a que la bandera de la unión nacional la tomase un provinciano, Urquiza, contra quien se fueron acumulando recelos y resentimientos personales. Todo ello sumado a la rectitud jurídica y a la lealtad a los principios liberales que formaban la personalidad de algunos hombres prominentes de Buenos Aires, Mitre entre ellos.
Urquiza había jurado su nueva investidura ante los gobernadores y el acuerdo se ponía en vigor antes de su aprobación por la legislatura bonaerense, lo que indicaba que se iba a sostener a cualquier precio.
El gobernador reasumió el mando el 14 de junio y el mismo día remitió a la Sala de representantes un mensaje pidiendo la aprobación del acuerdo y explicando brevemente el sentido de las cláusulas fundamentales del mismo, haciendo hincapié que los poderes otorgados a Urquiza, que eran en realidad el reconocimiento de "un hecho capital y existente que se aprovechaba" con vistas a la buena causa y concluía exhortando a optar por la más sana de las reglas políticas: "marchar sobre los hechos consumados en el orden de la ley y de la razón".
La Sala debía aprobar el acuerdo, pero el impulso dado por la oposición era tal que no cabía la posibilidad de contener sus efectos ya que la desconfianza era la nota dominante y no se creía en la convocatoria del congreso; se temió que el acuerdo fuese una modalidad permanente, el ropaje de una nueva tiranía.
Vélez Sarsfield propuso, en respuesta al mensaje del gobernador, que la Sala se constituyese en comisión y que se fijase la próxima sesión para tratar sobre el acuerdo.
La oposición no estaba en la Sala solamente, sino que había trascendido a la juventud y contaba con el apoyo popular. Urquiza había previsto esa reacción y había querido impedir que se produjese. Vélez Sarsfield desde El Nacional y Mitre desde Los Debates caldeaban el ambiente y orientaban el descontento y coincidían en el repudio del acuerdo, porque creaba un poder irresponsable, más completo que la dictadura de Rosas, y absorbía las facultades privativas del Congreso.
La organización nacional no podía ser fruto del atropello y del abuso del poder; proponían la modificación del pacto sancionando sus mismos compromisos, declaraciones y libertades, pero conservando Buenos Aires el mando inmediato del ejército que costeaba la provincia.
La elección de diputados se haría a razón de uno por cada 15.000 habitantes y se mantendría el control de los asuntos nacionales hasta la instalación del poder federal.
Contra lo que sostenían los dos diarios opositores más influyentes, el diario El Progreso pedía el reconocimiento del acuerdo, elogiaba la conducta de Urquiza y de Vicente López y señalaba los peligros de la disidencia.
Urquiza volvió aquellos días de San Nicolás y su actitud y sus palabras presagiaban el recurso a la fuerza para calmar la agitación y silenciar a los opositores y también a los calumniadores.