Desde hacía algún tiempo se habían manifestado en Santa Fe signos de descontento; circulaban pasquines subversivos de muy variado origen, unos procedentes de los patriotas de Buenos Aires, otros de los adeptos del partido de Alzaga y de Elío. Rumores de subversión o de preparativos llegaron de Buenos Aires y el virrey Liniers ordenó que remontase el río Paraná una expedición hacia Santa Fe para evitar acontecimientos o para aclarar la situación. No hubo, sin embargo, desembarco y los jefes de la expedición regresaron a Buenos Aires persuadidos de la lealtad santafesina.
El teniente de gobernador Prudencio M. de Castariaduy, que ejercía la comandancia militar de la ciudad desde 1793, elevada en 1795 a tenencia de gobierno, denunció la circulación de papeles revolucionarios que justificaban la instalación de una junta gubernativa; en uno de ellos se habla del derecho de los pueblos a elegir, nombrar y poner quien los gobierne, porque son los pueblos los que hacen al rey, y no el rey a los pueblos.
Máxima que se contraponía al criterio de Castariaduy, según el cual "los reyes son sobre los hombres y Dios es sobre los reyes, para darles el premio o castigo según el buen o mal uso que hubieran hecho de la autoridad que les ha confiado"...
El 5 de junio llegó a Santa Fe, en tránsito para Asunción el coronel José Espínola y Peña y entregó al teniente de gobernador los pliegos e impresos que anunciaban el cambio de gobierno que se había producido en la capital del virreinato.
Entre esos documentos estaban los bandos de la Junta provisional gubernativa, una circular de Hidalgo de Cisneros, un bando del cabildo de Buenos Aires, una circular de la Junta con fecha 27 de mayo, todo ello invitando a la designación de diputados para integrar el congreso de los pueblos del virreinato, según unos, y para integrar la Junta, según otros.
El teniente de gobernador adhirió de inmediato al gobierno revolucionario; días después escribió a la Junta el vecino Francisco Antonio Candioti lleno de gusto y complacencia por el entusiasmo con que el pueblo santafesino había recibido la instalación de la misma.
En Rosario de los Arroyos, el cura Julián Navarro también felicitó a la Junta.
Reunido el cabildo abierto el 9 de junio, se produjo una disputa en torno a prioridades para la votación, por la presencia de varios jóvenes, como José Elías Galisteo, que ocuparon asientos reservados a antiguos capitulares.
Consultada la Junta al respecto, Mariano Moreno respondió al cabildo el 19 de junio diciendo que "para la elección de diputado deben citarse todos los vecinos existentes en la ciudad, sin distinción de casados o solteros y que la asistencia debe verificarse sin etiqueta ni orden de asientos para evitar toda competencia y dilación".. .
El mismo día fue suspendido en el mando Castariaduy con un pretexto cualquiera, pero en verdad era porque su antigua condición de funcionario español no inspiraba confianza a las nuevas autoridades; fue sustituido por el coronel Manuel Ruiz.
De acuerdo con las indicaciones de la Junta, fue convocado el cabildo abierto el 9 de julio para elegir diputado por Santa Fe, recayendo el nombramiento en Juan Francisco Tarragona, diputado del comercio.
El acta correspondiente es respaldada por más de 60 firmas, comenzando por la del doctor Pedro de Aldao, que había sido compañero de Moreno en Chuquisaca.
Figuran también los nombres de los jóvenes que habían sido objetados por Tarragona y otros vecinos: Gregorio Echagüe, Manuel Pardo y Francisco Antonio Maciel.
Los santafesinos manifestaron ya entonces el deseo de ser gobernados por uno de los suyos, y treinta y tres vecinos propusieron una terna de personas en la que figuraban Francisco Echagüe y Andía, Juan Antonio de Echagüe y Pedro Pablo Morcillo.
Otro grupo de vecinos, el 25 de julio, se opuso a esa terna y dio como candidato único a Francisco Antonio Candioti, solicitud apoyada por el alcalde de primer voto Pedro Tomás de Larrechea.
Pero la Junta insistió en su nombramiento a favor del coronel Manuel Ruiz, con instrucciones para interceptar las comunicaciones entre Montevideo, Córdoba y Asunción.
Temiendo un ataque de los realistas de Montevideo a Santa Fe o a la Bajada (Paraná), se organizó una compañía de pardos libres que sumó unos cien hombres.
Cuando pasó por la provincia rumbo al Paraguay el improvisado jefe militar Manuel Belgrano, recibió la ayuda en hombres y caballos de Gregorio Cardoso, en Rosario, y de Francisco Antonio Candioti y Gregoria Pérez de Denis en Santa Fe.
La ciudad se desprendió de sus dos compañías de blandengues para incorporarlas a la expedi-ción de Belgrano, pero antes aún de esa decisión, uno de los soldados de esas fuerzas de frontera, Estanislao López, había pedido a Belgrano que se le permitiese marchar con la primera columna de vanguardia.
En medio de las demostraciones de júbilo con que Belgrano fue acogido en su breve paso por la ciudad, observó que la "cárcel de Santa Fe es peor que la más horrenda mazmorra de los africanos"...