El presidente decidió adaptar el Ejército y la Armada a las necesidades de las únicas hipótesis de conflicto internacionales posibles. Los cinco años de la crisis habían causado un notable retraso en la actualización del armamento de ambas fuerzas armadas, por lo que Uriburu decidió iniciar un rearme masivo, con la compra de armamento moderno y de varios buques. También ordenó la creación de la base naval de puerto Belgrano, cerca de Bahía Blanca.
Se reavivó la cuestión de límites con Chile y dio la sensación de que la disputa podría culminar en un estado de guerra. Los peritos argentino-chilenos realizaban sobre el terreno la tarea de la demarcación fronteriza, de conformidad con el tratado de 1881 y en el desarrollo de esa misión hubo instantes en que parecía peligrar la paz; la discusión asumió formas apasionadas y cada cual interpretaba las cláusulas del tratado en su beneficio. Se supo en Buenos Aires que, mientras las negociaciones para resolver las dificultades se mantenían, Chile se preparaba para la guerra, y el gobierno argentino no tuvo otro remedio que prepararse para la eventualidad de un desenlace bélico. El general Roca, que fue presidente interino de la República por enfermedad del titular Uriburu, desde el 28 de octubre de 1895 al 8 de febrero de 1896, escribió a Enrique García Merou en febrero de 1896:
"Parece que vamos totalmente en el camino de la guerra. Chile se arma a gran prisa y quiere estar listo para la primavera próxima. Dado su orgullo, su codicia de territorio y aspiración conquistadora, aguzada por el éxito, es muy difícil que retroceda del mojón de San Francisco y de Pastos Grandes. Ahí está el quid de la cuestión. Toda la política, pues, por ahora es prepararnos seria y sólidamente para una guerra próxima, sin tantos gritos ni algazaras y sin hacerles caso a esos mariscales que exigen nos convirtamos en una potencia militar a la europea del día a la noche".
El ARA Garibaldi fue un crucero acorazado de la Clase Giuseppe Garibaldi que navegó bajo la bandera de la Armada Argentina. Botado el 27 de mayo de 1895, sirvió en esa armada hasta su baja el 20 de marzo de 1934. Iniciado como crucero acorazado Giuseppe Garibaldi para la Regia Marina italiana, fue vendido a Argentina, junto a su gemelo Varese, recibiendo los nombres de ARA Garibaldi y ARA San Martín, respectivamente. La venta se produjo tras presiones del financiero genovés Ferdinando Maria Perrone, en aquel tiempo representante de Ansaldo en Buenos Aires, provocadas por una crisis fronteriza entre Argentina y Chile. El buque partió de Génova el 13 de octubre de 1896, rumbo a Argentina, llegando a Buenos Aires el 10 de diciembre, donde entró en servicio en la Armada de este país.
Se invirtieron sumas importantes en la reorganización del ejército y la armada y en la movilización de tropas. En 1895 se requerían más de 10 millones de pesos papel y nueve y medio millones de pesos oro para erogaciones militares. Se calculaba un costo por lo menos de 40 a 50 millones de pesos oro para renovar el armamento y formar una escuadra en el menor tiempo posible. Y el peso oro se cotizaba en junio de 1894 a 436 pesos papel. Para responder a las exigencias del armamento, hubo que aumentar los impuestos; el impuesto al alcohol que era de 15 centavos el litro en 1895, subió a 30 centavos en 1896, a 35 en 1897, a 60 dos meses después, y a 1 peso en 1898. Lo mismo ocurrió con otros artículos de consumo.
El déficit anual del presupuesto fue en crecimiento; el de 1896 pasó de 52 millones, el de 1897 de 40 millones.
En medio del desborde de los gastos públicos por causa del peligro de guerra, lo único que dio signos de prosperidad fue la riqueza agrícola y ganadera, que ofreció saldos favorables importantes.
El ARA San Martín, fue un crucero acorazado perteneciente a la Clase italiana Giuseppe Garibaldi, cuando se inició su construcción iba a ser destinado a la Regia Marina con el nombre "Varese",pero antes de ser finalizado fue adquirido por la Armada Argentina.Fue botado el 25 de mayo de 1895 y entró en servicio el 25 de abril de 1898, año en que finaliza su alistamiento. Bajo el mando del Capitán de Navío Manuel José García Mansilla, realizó las pruebas de mar y de artillería en la localidad de La Spezia. El 25 de abril de ese mismo año se afirma el pabellón argentino en el buque y zarpa rumbo al país. Luego de hacer escala en el Estrecho de Gibraltar y la ciudad brasileñá de Bahía arriba el 13 de junio a Punta Piedras, con lo que pasa a incorporarse a la Escuadra de mar.
En diversos puntos del país se instalaron campos de adiestramiento y concentración y la juventud de Buenos Aires fue llamada a las armas por convocatorias sucesivas que constituyeron las concentraciones de Curumalán y Tandil. En su mensaje de 1898 al Congreso, el presidente Uriburu expresaba con orgullo que habían bastado 48 horas para concentrar en los puntos señalados 32.000 soldados con su equipo, armamento, 250 cañones, tren de movilidad, caballos, mulas, servicios auxiliares, sin haber alterado los horarios y servicios de los trenes ordinarios.
A comienzos de 1897 fue adquirido, el acorazado Garibaldi y se encargó a los astilleros italianos la construcción de los cruceros acorazados San Martín y Belgrano, que eran en su género unidades poderosas y que se hallaron listas en 1898. El mismo año se incorporó a la escuadra la fragata-escuela Presidente Sarmiento y se formó una escuadrilla de torpederas.
Pero una armada importante necesitaba grandes diques de carena y el ingeniero Luigi Luiggi, italiano, fue contratado para proceder a la construcción del puerto militar de Bahía Blanca, obra cuya iniciación fue inmediata.
Los preparativos hechos habrían dado a un conflicto eventual una extraordinaria violencia; en cambio sirvieron para allanar el camino a un arreglo pacífico y definitivo, que tuvo lugar pocos años después, en la segunda presidencia de Roca.
El crucero-acorazado Belgrano fue botado en 1896 en los astilleros de Cantieri Orlando en Livorno, Italia en un contrato entre el Gobierno argentino y el Astillero Orlando, motivado por el conflicto con la República de Chile . Entre 1896 y 1898 se lo completa, artilla y cumple las pruebas de máquinas y tiro de artillería, bajo el control del personal del astillero y de la comisión inspectora argentina, bajo el comando del Capitán de Navio D. Manuel J. García Mansilla. Terminado su alistamiento y efectuadas las pruebas de máquinas y artillería, zarpa de Genova el 8 de octubre bajo el comando del Capitán de Fragata D. Manuel García Mansilla, llegando el 6 de noviembre a Samborombón, fondeando junto al "Garibaldi". De inmediato se lo asigna a la División "Bahía Blanca" y se le designa su comandante al Capitán de Fragata D. Emilio Barilari. Su incorporación a la escuadra completa la División de cruceros acorazados, que ahora tendrán su fondeadero en el recién trazado Puerto Militar, luego, Base Naval de Puerto Belgrano.
El poder naval de la Argentina y Chile en 1895 era el siguiente:
Argentina: 24.946 toneladas; Chile: 33.610. Los buques acorazados eran tres por cada una de las partes, pero los chilenos sumaban 12.200 toneladas y los argentinos 8.800.
Los cruceros modernos de la Argentina eran tres; los de Chile, cuatro. Los torpederos eran también tres en cada país y se equivalían en tonelaje.
En 1898, al terminar la presidencia de Uriburu, la Argentina disponía de cinco acorazados con 27.000 toneladas y Chile tenía cuatro, con un total de 20.700 toneladas; en cambio los chilenos habían llevado a cinco el número de sus cruceros modernos, con un total de 19.660 toneladas, y la Argentina mantuvo su número anterior; también aumentó Chile a nueve sus torpederos y superaba a la Argentina.
El 7 de mayo de 1898 llegó a Santiago el perito Francisco P. Moreno, sobre el cual se había desatado una fuerte animosidad por su defensa de la tesis argentina.
Fue recibido en la estación ferroviaria por el ministro argentino Norberto Piñero, que lo condujo en su coche hasta el alojamiento. Al abandonar la estación, una muchedumbre enardecida hizo objeto al perito Moreno de demostraciones hostiles, de gritos injuriosos contra él y contra la Argentina.
Interpuso su protesta Norberto Piñero y llegó con su reclamación hasta el presidente chileno, que condenó los hechos ocurridos y dio las explicaciones más satisfactorias, dando por terminado el incidente, que habría podido tener consecuencias deplorables.
La diplomacia argentina logró encauzar el entredicho por la vía pacífica de la conciliación y finalmente se convino en octubre de 1896 en someterse al fallo de la corona británica, después de estudiar el terreno por una comisión que enviaría al efecto un árbitro.
El presidente Uriburu decía en su mensaje de mayo de 1898:
"No hay motivo para dejar de tomar en cuenta el acuerdo posible de los peritos sobre puntos importantes de la misión que les está confiada, ni para dudar, en su caso, de la eficacia de la intervención de los gobiernos que siempre se ha ejercitado con resultados satisfactorios en este mismo litigio sobre límites; pero, si a pesar de todo, llegase a fallar también este recurso, queda aún el del llamamiento oportuno del árbitro designado, cuyo fallo pondrá fin a toda controversia y asignará a cada uno lo que le pertenece".
En octubre de 1898, cuando las disputas habían llegado a su punto más ardiente y peligroso y cuando la ruptura parecía inevitable, acordaron las partes recurrir al árbitro nombrado en 1896.