La configuración ministerial respondía al reciente triunfo de la coalición política dirigida por Carlos Pellegrini, y se apartó de la influencia política de Roca.
Pero al morir Pellegrini, la base de apoyo del poder ejecutivo sufrió y las exigencias de los otros partidos que presionaron con todos los medios.
Figueroa Alcorta supo desvincularse de esas presiones y encauzar una política de renovación que le aseguró al comienzo, un margen de simpatía en las esferas que se disputaban el poder. Pero poco a poco cayó bajo la influencia de la fracción oligárquica y antipopular.
En su mensaje al Congreso, en mayo de 1906, hizo una exposición de los puntos básicos de su orientación:
"Llegado a regir desde la primera magistratura los des-'tinos de la República en la situación excepcional originada por un hecho que, no obstante la previsión constitucional afecta hondamente primordiales resortes de gobierno, debo al país, ante su más alta asamblea representativa, la expresión sincera y leal de las ideas y propósitos que aspiro a realizar en el gobierno ... Aspiro a realizar un gobierno de opinión, libre de reatos banderizos, con propósitos políticos y administrativos netamente definidos, sin prejuicios ni exclusiones disolventes, inflexible en su deber, ecuánime en su derecho, francamente reaccionario hacia el régimen de las instituciones mismas. Las bases de este programa son múltiples en su aplicación y desarrollo, pero pueden condensarse en una sola: el imperio de la verdad institucional".
En las Cámaras maniobraban los roquistas y los antirroquistas; entre estos últimos figuraban Marco Avenaneda, Estanislao S. Zeballos y Manuel M. de Iriondo, pero la mayoría no favorecía la orientación del poder ejecutivo.
No brilló Figueroa Alcorta por su tacto diplomático para atraer a los opositores, en la sesión del 9 de mayo de 1906 de la Cámara de diputados, tuvo palabras hirientes para la mayoría de la misma: "Hemos visto en la capital un partido que se llamó Unión electoral, en la provincia de Buenos Aires Partidos unidos, allá en Corrientes un partido liberal, en Santa Fe un partido provincial o independiente, denominaciones diversas de pequeñas oligarquías o banderías ; tal vez lo que se pretende es levantar una bandera de enganche sobre la carpa abandonada de un jefe prestigioso, para reunir en torno de ella a todas las montoneras políticas sin bandera y a todos los desertores de viejas banderas tradicionales ... ; aquí no veo un interés político en el alto concepto de la palabra; esta mayoría no está vinculada ni por tradiciones ni por ideales ni por anhelos ni siquiera por un sentimiento común; apenas lo está por un instinto de la propia defensa; y al congregarse así, ellos mismos se acusan y se condenan: contra quién se defienden? Contra el programa de reacción institucional y de libertad de sufragio".
La muerte de Pellegrini, el 18 de julio de 1906, había dejado sin doctrina y sin abanderado a un conglomerado circunstancial de intereses renovadores. Sin él, el partido autonomista, con grupos adictos en las provincias, no podía lograr la necesaria consagración.
Carlos Pellegrini tuvo durante sus últimos años de vida una salud muy deteriorada por una enfermedad que Miguel Cané en su correspondencia privada llamó neurastenia. Regresó de Europa y ocupó la banca de legislador que acababa de ganar. En la sesión del 9 de mayo de 1906, pronunció encendidas palabras en oportunidad de impugnar los diplomas de los diputados electos del oficialismo bonaerense
Pellegrini y Figueroa Alcorta habían tomado nota de las enseñanzas de la Revolución radical de 1905, e impulsaron una Ley del Olvido, para amnistiar a los radicales desterrados en Montevideo y Santiago, que se hallaban ocultos o presos. El 11 de junio, en su último discurso, denunció los errores y excesos de un régimen político en decadencia.
Durante sus últimos años de vida intento adecuar al PAN a los cambios políticos que se estaban produciendo en el país. Para lograrlo se mostró convencido que era necesario llevar a cabo una reforma en las prácticas electorales. Pero su temprana muerte, en Buenos Aires, el 17 de julio de 1906 a los 59 años de edad, no sorprendió a sus amigos y colegas, debido al deterioro de su salud, pero produjo un profundo impacto nacional por las expectativas generadas en torno a la necesidad de una reforma electoral, y generó un vacío político que luego iba a ocupar Roque Sáenz Peña, considerado su heredero político, proyecto la reforma electoral de voto secreto que llevaría a la presidencia Hipólito Yrigoyen en 1916. Sin embargo, Sáenz Peña murió en 1914.