El nombre oficial de la ciudad ―La Muy Noble y Leal Ciudad de Nuestra Señora Santa María de la Asunción ― es el que recibió en su acta de fundación, fechada el 16 de septiembre de 1541, momento en que su Cabildo fue instituido por el teniente gobernador Domingo Martínez de Irala, acto que elevó a la categoría de ciudad lo que era un fuerte militar, erigido con el mismo nombre el 15 de agosto de 1537 por Juan de Salazar de Espinosa (natural de Medina de Pomar, España). La fundación del fuerte que daría vida a la ciudad de Asunción se llevó a cabo en el territorio de los guaraníes-cario, pueblo con el que los conquistadores hispanos hicieron alianza. Asunción tuvo su auge en la segunda mitad del siglo XVI, para luego decaer a causa de su aislamiento geográfico y el olvido en que cayó la provincia paraguaya para la metrópoli.
El sitio donde hoy se ubica la ciudad, habitado en un principio por indios carios, fue probablemente visitado por Juan de Ayolas en la expedición que ordenó Pedro de Mendoza desde la primera Buenos Aires, y es por esta razón que a Ayolas se le atribuía antes su fundación; pero luego se comprobó que el fuerte llamado Nuestra Señora de la Asunción fue fundado el 15 de agosto de 1537 por Juan de Salazar de Espinosa, quien justamente había ido en búsqueda de Ayolas. Dicho fuerte se convirtió en ciudad con la creación del Cabildo el 16 de septiembre de 1541, puesto que hasta ese entonces sólo existía un gobierno de carácter militar.
La fundación de Asunción por parte de Domingo Martínez de Irala fue fruto de su partida de Buenos Aires en busca del oro que según los aborígenes del lugar decían que se encontraba en dirección al norte. La fundación de Asunción acelero la despoblación de Buenos Aires