Desaparición de Oesterheld

Oesterheld pasó a la clandestinidad, desde donde finalizó el guion de El Eternauta II. El 27 de abril de 1977 fue secuestrado por las fuerzas armadas en La Plata, habiendo ya sido desaparecidas y asesinadas sus cuatro hijas; Diana (24), Beatriz (19), Estela (25) y Marina (18).

Dos de ellas estaban embarazadas y Hector se convirtió en uno de los miles de desaparecidos durante la dictadura autodenominada Proceso de Reorganización Nacional.​ También desaparecieron tres de sus yernos. Suele asegurarse que su desaparición se debió al malestar que producía a los militares la crítica social presente en toda su obra, y su biografía del Che Guevara, al alto compromiso político de la última parte de El Eternauta a su militancia en Montoneros o a una combinación de todos estos motivos,​ pero las causas reales se desconocen, ya que la dictadura militar no celebraba juicios ni guardaba registros de tales operaciones. De su paso por centros clandestinos de detención como el llamado «El Vesubio» entre noviembre de 1977 y enero de 1978 han quedado testimonios:

"Su estado era terrible. Permanecimos juntos mucho tiempo. [...] Uno de los recuerdos más inolvidables que conservo de Héctor se refiere a la Nochebuena del '77. Los guardianes nos dieron permiso para sacarnos las capuchas y para fumar un cigarrillo. Y nos permitieron hablar entre nosotros cinco minutos. Entonces Héctor dijo que por ser el más viejo de todos los presos, quería saludar uno por uno a todos los presos que estábamos allí. Nunca olvidaré aquel último apretón de manos. Héctor Oesterheld tenía sesenta años cuando sucedieron estos hechos. Su estado físico era muy, muy penoso". Eduardo Arias​

También estuvo detenido en los centros clandestinos El Vesubio y El Sheraton.No se conocen a ciencia cierta las circunstancias ni la fecha precisa de la muerte de Oesterheld, aunque se supone que tuvo lugar en 1978.

La Fiscalía de Núremberg, Alemania, también investigó el secuestro y desaparición forzada de Héctor Oesterheld. Su caso fue presentado por la Coalición contra la Impunidad en Argentina, que en 2004 recibió el Premio de Solidaridad de Bremen, otorgado por el Senado de esa ciudad hanseática.

El premio fue recibido por el pastor Kuno Hauck y por Elsa Sánchez(su esposa) en representación de la Comisión de Familiares de los Desaparecidos y asesinados alemanes o descendientes de alemanes en la Argentina.

En 2016 se publicó el libro Los Oesterheld de las periodistas Fernanda Nicolini y Alicia Beltrami, una biografía de la familia de Oesterheld, sus cuatro hijas y su esposa, desde la época de los “años felices en la casa de Beccar”19​ hasta la de los secuestros y desapariciones. El mismo año, también se colocó una baldosa con su nombre en la esquina de su casa en Beccar, frente a la estación de ferrocarril.