Dos días después de las elecciones, fue asesinado por un comando el secretario general de la CGT José Ignacio Rucci, en un hecho confuso, que ninguna organización se atribuyó, que no fue judicialmente investigado y que ha sido informalmente atribuido tanto a las FAR como a la Triple A. Los análisis del crimen concuerdan en que se trató de un hecho histórico decisivo, que perjudicó tanto a Perón -que perdió a su hombre de confianza dentro de un movimiento sindical con el que no tenía una buena relación-, como a la Tendencia -enfrentándola con Perón y aislándola del resto del peronismo.
A principios de septiembre de 1973 la organización Montoneros comenzó a analizar la posibilidad de matar a Rucci. Por casualidad las FAR habían descubierto a Rucci en el momento de salir de una casa en la calle Avellaneda 2953, del barrio de Flores, en la Capital Federal.
Juan Julio Roqué se habría instalado en un departamento de barrio de Floresta, Juan B. Justo 5781, a diez cuadras del domicilio de Rucci y habría mandado a traer al departamento las armas necesarias para el operativo: las habría llevado Gustavo Laffleur, camufladas como máquinas de coser Knittax y en un auto oficial del gobierno de la provincia de Buenos Aires, aunque esto no implica que dicho gobierno participara o estuviera en conocimiento de la acción o del uso del automóvil. Ha sido señalado que en Juan B. Justo 5781 no existía ni existe actualmente ningún edificio y en la nueva edición del libro Reato da su explicación al respecto
Roqué convocó al equipo operativo, nueve combatientes, la mayoría provenientes de las FAR, si bien no había acuerdo general sobre la oportunidad ni la necesidad política del operativo. El "gordo" Fernando Saavedra había sido designado inicialmente como jefe del mismo, las versiones mencionan que se oponía por razones políticas y una semana antes durante un entrenamiento se rompió un tobillo (supuestamente adrede para no participar).
Según otras fuentes, el atentado fue ejecutado por siete "oficiales" de la organización armada, entre los que se encontraban Eduardo Tomás Miguel Molinete (alias el “Gallego Guillermo”), Horacio Antonio Arrúe (“Pablo Cristiano”), hijo de un legislador justicialista, y Marcelo Daniel Kurlat, (“Monra”).
Entre los participantes se encontraría también Mario Lorenzo Koncurat, casado con una hija de Paco Urondo, que más adelante participaría en la toma del Regimiento 29 de infantería en la provincia de Formosa. En los años siguientes, Roqué y Molinete murieron en enfrentamientos y Arrúe (que llegó a ser uno de los principales dirigentes montoneros en el país, hacia fines de 1976), Kurlat y Koncurat continúan desaparecidos.
José Ignacio Rucci militó en el justicialismo desde los comienzos del movimiento. Delegado del Union Obrera Metalúrgica , fue desplazado por Augusto T- Vandor . En 1970, fue electo como secretario general de la CGT, fue uno de los organizadores del retorno de Perón.
A principios de septiembre de 1973 la organización Montoneros comenzó a analizar la posibilidad de matar a Rucci. Por casualidad las FAR habían descubierto a Rucci en el momento de salir de una casa en la calle Avellaneda 2953, del barrio de Flores, en la Capital Federal y aprovecho la ocasión para realizar el atentado,
En la imagen del diario de La Razón se ven a Perón y a su esposa cuando ingresan al velorio de José I Rucci