Tras el quiebre institucional de septiembre de 1955 se inició un proceso de militarización de los organismos de seguridad y de información e inteligencia del Estado por medio del cuales las Fuerzas Armadas, en forma institucional, fueron controlando y ocupando estos organismos.
En 1955, Pedro Aramburu y la Revolución Libertadora cambiaron su nombre por el de Secretaría de Informaciones del Estado (SIDE) y dispuso que sus gastos pasaran a ser secretos. Peronistas y comunistas pasaron a ser los objetivos de la SIDE, con la lógica de convertir en blancos de la inteligencia civil a los rivales.
En enero de 1956, durante la dictadura de Pedro Eugenio Aramburu tras una restructuración que incluyó la purga de varios funcionarios de la secretaria, la SIDE se orientó de lleno al cumplimiento de la consigna de “desperonizar”, convirtiendo a la Resistencia Peronista en el principal blanco de persecución y espionaje de la agencia.
En 1956 a través del decreto 776/1956, la SIDE pasó a alternar sus actividades con el espionaje amparada en la potestad para realizar operaciones encubiertas y manejar fondos reservados.
En junio de 1956, un grupo de la SIDE ingresó por la fuerza en la residencia del embajador haitiano en Vicente López, con el objeto de apresar al general Raúl Tanco y a otros siete activistas asilados en el lugar. Gracias a la intervención de la esposa del embajador, que se interpuso entre los asilados y los hombres de Quaranta, que se disponían a fusilarlos en plena calle, el gobierno finalmente debió dar marcha atrás.
La conducción del organismo fue asumida por el general Juan Constantino Quaranta, un ferviente antiperonista, su nombre cobró notoria publicidad al ser señalado como instigador del asesinato del abogado Marcos Satanowsky, cometido el 13 de junio de 1957 por miembros de la SIDE a pedido del presidente de facto Pedro Eugenio Aramburu.
El general Raul Tanco durante el transcurso del golpe de estado de septiembre de 1955 se mantuvo leal al presidente Perón, y formó parte de la junta militar presidida por el teniente general José Domingo Molina tras la renuncia de éste. Los líderes golpistas lo pasaron forzosamente a retiro militar pocos días después y lo confinaron en un campo de su propiedad, en el partido de General Guido. Participó de las conspiraciones para derrocar al dictador Pedro Eugenio Aramburu, y acompañó como segundo jefe a Juan José Valle en el alzamiento militar del 9 de junio de 1956. Tras el fracaso del mismo, el día 14 obtuvo asilo en la embajada de Haití en Buenos Aires; fuerzas militares violaron la inmunidad diplomática y secuestraron a los asilados en esa embajada e incluso golpearon a la esposa del embajador, a la que un oficial calificó de «negra de mierda». No obstante, la firme actitud del embajador obligó al dictador a devolver a los asilados a la embajada.