Mientras circulaban rumores de la preparación en Cádiz de una fuerza expedicionaria para auxiliar a Montevideo, continuaban las incursiones a las poblaciones costeras en busca de abastecimientos.
En junio se supo que se preparaba en Montevideo una expedición de 24 barcos y se tomaron medidas para la defensa de la capital, presumiendo que ésta podía ser el objetivo de la misma. Se designó a San Martín comandante en jefe de las fuerzas disponibles; Holmberg y Mo-nasterio fueron dedicados a la preparación de las' defensas; Toribio Luzuriaga fue nombrado jefe del batallón 7 de infantería; Alvear fue ascendido a coronel y puesto al frente del regimiento número 2. San Martín, en respuesta a esa decisión, declinó el mando, pero no se le aceptó la renuncia y durante tres meses estuvo en comisión al frente de los preparativos militares, en cuyo período dio pruebas de su competencia como organizador.
El 3 de junio salió de Montevideo una nueva expedición al mando de Ramos para reunir ganado y llevarlo a Montevideo y al Cerro; el 28 del mismo mes hubo desembarcos en pueblos entre Rosario y puerto del Sauce, en Cufré, en las Víboras; pero la expedición regresó sin carne.
A comienzos de agosto salió otra expedición de 17 embarcaciones con 400 hombres de desembarco a las órdenes de Chain; el 9 hubo un desembarco en Punta Piedras, a nueve leguas de Magdalena, y en las Conchas entraron un falucho y dos lanchones al mando de Zabala.
El 22 de agosto el teniente Ángel Pacheco, con 54 granaderos a caballo, atacó y alejó a una partida de 80 marinos que habían desembarcado en Zárate; el 25 hubo un saqueo en las pro-ximidades de Baradero.
Las fuerzas llegadas desde la península a Montevideo sumaron hasta octubre 2.600 hombres.
En setiembre hubo alarma en la capital ante los rumores de nuevos contingentes llegados a Montevideo y el temor de una ofensiva; el gobierno dividió la responsabilidad de la organización defensiva; nombró a San Martín comandante general de la caballería y a Alvear comandante general de la infantería.
El primero debía obrar ofensivamente en la campaña y proteger las costas y el segundo atender a la protección directa de la ciudad. El temido ataque no se produjo. Pero continuaron los actos de piratería. El 8 de septiembre hubo tres desembarcos en Punta Piedras, el 19 se proveyeron los realistas de carne en la estancia de Obligado y el 24 el comandante militar de Chascomús informó sobre la llegada de gente armada a la estancia de Francisco Piñero.
El 13 de noviembre zarpó de Montevideo una escuadra de 19 buques, a las órdenes del coronel Loaces, destinada a obtener víveres en las zonas costeras y a instalar un hospital en Martín García para albergar a la numerosa tropa enferma; también debía recoger caballada para una eventual salida general cuando llegasen los refuerzos esperados de España. El 14 de noviembre llegaron al Ibicuy y a la estancia de San Julián 22 embarcaciones y desembarcaron 500 hombres, que pudieron reunir 150 caballos; el día 22 del mismo mes, Hilarión de la Quintana, con milicianos de Gualeguay y Gualeguaychú y un piquete de granaderos a caballo hizo frente a 600 realistas en las proximidades de Landa y les obligó a volver a sus buques, tomándoles algunos prisioneros.
Mientras Buenos Aires se hallaba en la dura tarea de contener esas incursiones y de mantener el sitio de Montevideo, preparándose, además, para un ataque eventual desde la otra orilla del Plata, Belgrano experimentaba en el norte las graves derrotas de Vilcapugio (19 de octubre) y Ayohuma (14 de noviembre) .
Para acelerar el desenlace en la Banda Oriental, el gobierno decidió enviar una expedición auxiliar a las órdenes del coronel Alvear, pero al conocerse el desastre de Ayohuma hubo que alterar el plan.
El cambio de planes fue el de enviar a San Martín como mayor general del ejército auxiliar al Perú, para suplantar a Belgrano.
La salida de San Martín de Buenos Aires, entre el 18 y el 20 de diciembre de 1813, dejó el campo libre a las ambiciones de Alvear, el cual fue designado el 27 de diciembre, con 24 años de edad, general en jefe de las fuerzas de la capital y comandante de armas, el cargo que se había venido rehusando a San Martín, que tenía en su haber un cuarto de siglo de experiencia militar.