Existía una situación tirante entre Buenos Aires y La Rioja con motivo de las minas del Famatina, en las que estaba interesado Braulio Costa, del núcleo financiero de Rosas, en Buenos Aires, y Facundo Quiroga, en La Rioja, por un lado, y por otro el gobierno de Rivadavia, que deseaba la explotación de sus yacimientos por una empresa inglesa con recursos adecuados para ello
Se agregó a la oposición el factor religioso, de que se hizo intérprete el caudillo de los Llanos, que se levantó contra los herejes porteños y derrocó al gobernador Dávila, a cuyas tropas derrotó el 28 de marzo de 1823 en El Puesto.
Poco antes había tenido lugar en Buenos Aires la conspiración de Tagle al grito de ¡Viva la religión! ¡Mueran los herejes! Quiroga quedó dueño de la provincia natal y gravitó en lo sucesivo en sus destinos.
El movimiento de resistencia a Buenos Aires repercutió en San Juan donde, por renuncia del gobernador Pérez de Urdininea, fue electo a comienzos de 1823 Salvador María del Carril, que aplicó las leyes nacionales de reforma religiosa; los clérigos, encabezados por José Manuel Astorga, José Oro, Juan José Robledo, Manuel Torres, fray Roque Mallea, promovieron una revuelta con ayuda de los presos de la cárcel contra la llamada Carta de Mayo, sancionada poco antes. Se apoyaron en los comandantes de las tropas y el 26 de julio la Sala de representantes sancionó un proyecto de ley presentado a la misma por los comandantes de armas y del Carril fue depuesto.
José Félix Aldao, con la división auxiliar de los Andes, salió de Mendoza, en apoyo del gobernador legítimo de San Juan y batió en Las Leñas el 9 de setiembre a los apostólicos, que habían sustituido la bandera nacional por la bandera de las Cruzadas. Los vencidos huyeron a Chile; y los presbíteros Oro, Robledo, Torres y Rodríguez fueron expulsados y Astorga expelido para siempre del territorio de la provincia. Salvador Maria del Carril volvió a asumir el mando y renunció el 12 de setiembre ante la legislatura, siendo elegido en su reemplazo José Navarro, que prohibió por decreto del 6 de mayo de 1826 la entrada en la provincia de todo eclesiástico secular o regular sin previa licencia del gobierno, para tratar así de cortar la conspiración clerical. Sin embargo, cuando Quiroga apareció en San Juan en 1827, llevaba como consejeros a los clérigos Astorga y Castro Barros.
En julio de 1825, al estallar en San Juan una revuelta que derrocó al gobernador Salvador MarÃa del Carril, fue enviado por el gobierno mendocino, con una fuerza que comandaba su hermano José Aldao, para reponer a las autoridades sanjuaninas depuestas. Logrado este objeto, las fuerzas mendocinas regresaron a su provincia.