Tras la caída de Rivadavia fue suprimida la Presidencia de la Nación y clausurado el Congreso Nacional. La provincia de Buenos Aires reasumió su autonomía y para gobernarla fue elegido el líder de la oposición y miembro del partido federal porteño, Manuel Dorrego, que asumió el 13 de agosto de 1827. Desde el principio, éste declaró que estaba dispuesto a continuar la guerra contra el Imperio del Brasil.
El triunfo de la facción federal en Buenos Aires, que además estuvo acompañado de la victoria federal en varias provincias del interior que hasta entonces habían sido bastiones del partido unitario ―como Tucumán, Catamarca, San Juan y Mendoza― tuvo su correlato en la Provincia Oriental. Allí, el gobernador Lavalleja se había visto obligado a ceder el gobierno a la legislatura provincial, controlada por orientales aliados de los unitarios ―como una concesión del propio Lavalleja para obtener la ayuda del gobierno unitario― y esta había nombrado gobernador provisorio a Joaquín Suárez, partidario de Rivadavia.
Viéndose apoyado por Dorrego, que lo nombró comandante del Ejército Republicano, Lavalleja regresó del frente de combate y exigió la devolución del cargo; por pedido de los comandantes de la mayor parte de los departamentos de la Provincia, y ante la negativa de la legislatura y del propio Suárez, el 12 de octubre, Lavalleja disolvió la sala y asumió la gobernación.
La economía de Buenos Aires estaba cada vez en peor estado, lo mismo que las finanzas de esa provincia, que cargaba con todo el costo de la guerra. Si bien en menor medida, también la economía del Brasil estaba pasando por un mal momento, debido a la crisis económica británica de los años 1827-1828, que redundó en la caída de los precios de los productos exportables brasileños. Por otro lado, una escuadra francesa bloqueó brevemente el puerto de Recife, exigiendo el cese del bloqueo a Buenos Aires, que perjudicaba sus negocios en esa plaza.
Pese a la intención de Dorrego de enviar recursos al ejército en operaciones, no podía adquirir armas suficientes para que este tomara nuevamente la ofensiva, y los sueldos impagos se acumulaban. De modo que Dorrego prefirió apoyarse en milicias, más económicas, ya que se sostenían en la misma campaña y prácticamente no exigían sueldos. Apoyó entonces el proyecto del gobernador de la provincia de Santa Fe, Estanislao López, de invadir las Misiones Orientales. El plan fue muy exitoso en lo militar, pero como quien lo llevó adelante fue Fructuoso Rivera, enemigo personal de Lavalleja, la alianza de este con Dorrego se debilitó. Los orientales, tanto partidarios de Lavalleja como de Rivera, terminaron por creer que cualquier cosa que hicieran los gobiernos porteños era para someterlos a su dominio.
Ponsonby comenzó entonces a influir sobre Lavalleja a través de su amigo Pedro Trápani, quien lo convenció de que el único resultado posible era la independencia nacional de la Banda Oriental.
Ponsonby también presionó económicamente a Dorrego: faltándole los ingresos de la aduana, la única otra fuente de financiación disponible para el gobierno eran los préstamos del Banco Nacional; a pesar de su nombre, este era un banco privado, cuyo directorio estaba formado casi exclusivamente por comerciantes británicos.
Ponsonby pidió a estos comerciantes «no facilitarle crédito sino por pequeñas sumas para pagos mensuales» a fin de «hacerlo trabajar para la paz»
En carta a Lord Dudley el 2 de diciembre de 1827, le decía que «mi propósito es conseguir medios de impugnar al coronel Dorrego si llega a la temeridad de insistir sobre la continuación de la guerra»; y el 1 de enero siguiente, que «veré su caída con placer».
Un último recurso fue intentado por Dorrego, tratando con los caudillos gaúchos Bento Gonçalves da Silva y Bento Manuel Ribeiro, con el objetivo de crear la República de San Pedro del Río Grande ―antecedente de la República Riograndense― e incluso logró que dos de los jefes ―Friedrich Bauer y Anton Martin Thym― de las tropas mercenarias alemanas que servían al Brasil intentaran la creación de una república en Santa Catarina. Las derivaciones de estos hechos son conocidas en Brasil como la Revuelta de los Mercenarios.