Sin contar con el apoyo efectivo de las provincias, sin el cual no era posible gobernar y sostener al mismo tiempo una guerra costosa contra una potencia como el Imperio del Brasil, Rivadavia envió el 27 de junio de 1827 un mensaje al Congreso resignando al mando como presidente de la República.
Ya se había discutido en sesión secreta la situación internacional y se había rechazado fa convención preliminar de paz. El 28 de junio se dio entrada al mensaje del presidente; asistían a las deliberaciones 58 diputados. Se discutió la respuesta que se daría al renunciante; los unitarios tenían esperanza de salvar la crisis e impedir que la renuncia se hiciese efectiva; pero en las sesiones del 30 de junio y del 3 de julio se perdieron las últimas perspectivas. Los federales propusieron que se admitiese primero la renuncia presidencial y que luego se debatiese sobre la respuesta.
En esos debates, Dorrego desempeñó el papel decisivo con sus intervenciones. La renuncia fue aceptada por 48 votos contra 2. Acto seguido se trató de la respuesta al mensaje presidencial y se hizo constar en ella que Rivadavia bajó del poder conducido “por la mano de la ley, y esto no sólo es honorable a su persona, sino benéfico a la república misma".
El presidente Avellaneda, a quien tocó resolver en 1880 el problema de la capital de la República, en términos equivalentes a los que había propuesto Rivadavia, escribió: "La renuncia de Rivadavia no llevaba a los consejos de la Nación un régimen diverso de gobierno, ni siquiera un cambio de política, sino que traía pura, simple y exclusivamente la disolución nacional".
Aceptada la renuncia, los federales presentaron proyectos en que se declaraba que el Congreso no representaba la voluntad de la Nación. Se convino en nombrar presidente de la República con carácter provisional, limitando sus funciones a lo concerniente a la guerra y a la paz, a las relaciones exteriores y a la hacienda nacional. Fueron restablecidas las instituciones de la provincia de Buenos Aires. El poder ejecutivo provisional convocaría a las provincias a una convención para nombrar presidente de la república, disponer lo que estime conveniente en las circunstancias por las cuales atravesaba la Nación y recibir los votos de las provincias sobre aceptación o rechazo de la Constitución, o bien sobre diferir el pronunciamiento en esta materia hasta mejor ocasión.
Los generales y jefes presentaron el 12 de julio de 1827, en el campamento de Cerro Largo, la siguiente nota a Alvear:
"Los generales y jefes abajo suscritos han resuelto manifestar por sí y a nombre del ejército de operaciones los sentimientos de que han sido animados al ver la magnánima resolución del gobierno, del 25 de junio anterior, por la que se repele la convención preliminar celebrada por el enviado de la República, señor don Manuel José García, y la corte del Brasil. Aunque la paz haya sido el voto más sagrado de su corazón, de ningún modo la habría deseado el ejército no siendo honorable para la República. Por eso es que al dar la ya citada repulsa, se han congra-tulado y felicitan al gobierno y a la Nación entera, por una resolución tan digna de un pueblo libre. El ejército se prepara a nuevos sacrificios en la convicción de la justicia de la causa que defiende, y con la más decidida confianza de conseguir nuevas victorias"... Encabezan las firmas Juan Lavalle y José María Paz.