El gobernador Las Heras ofició al día siguiente al Congreso para que le autorizase a ratificarlo, el pedido se trató en sesión secreta el 12 de febrero y el artículo 12 del tratado tenía este texto:
"Los súbditos de Su Majestad Británica residentes en las Provincias Unidas del Río de la Plata no serán inquietados, perseguidos ni molestados por razón de su religión; más, gozarán de una perfecta libertad de conciencia en ellas, celebrando el oficio divino ya dentro de sus propias casas o en sus propias y particulares iglesias o capillas; las que estarán facultados para edificar y mantener en los sitios convenientes que sean aprobados por el gobierno de dichas Provincias Unidas; también será permitido enterrar a los súbditos de Su Majestad Británica que murieren en los territorios de las dichas Provincias Unidas en sus propios cementerios, que podrán del mismo modo libremente establecer y mantener. Así mismo los ciudadanos de las dichas Provincias Unidas gozarán en todos los dominios de Su Majestad Británica de una perfecta e ilimitada libertad de conciencia, y del ejercicio de su religión, pública o privadamente, en las casas de su morada, o en las capillas y sitios de culto destinados para dicho fin; en conformidad con el sistema de tolerancia establecido en los dominios de Su Majestad".
Esta cláusula significaba el reconocimiento, la introducción de cultos no católicos en el país, con lo cual se rompía una tradición secular en materia de creencias, que excluía toda práctica que no se ajustase a la católica apostólica y romana. Hasta la reforma de Rivadavia, cuando era ministro de Martín Rodríguez, que secularizó los cementerios, el entierro se hacía en sagrado y por tanto no había lugar para el entierro de los protestantes.
El Congreso aceptó con reservas el artículo 12 del tratado con Gran Bretaña; pero las provincias quedaban en plena libertad para adoptar o no la tolerancia en materia religiosa.
La libertad de cultos se estableció francamente poco después en la Carta de Mayo para la provincia de San Juan: "Ningún ciudadano o extranjero, asociación del país o extranjera podrá ser turbada en el ejercicio público de su religión, cualquiera que profesase, con tal que los que la ejerciten paguen y costeen a sus expensas su culto".
Castro Barros se distinguió desde La Rioja y Córdoba en sus ataques iracundos contra la libertad de cultos y contra la Carta de Mayo.
José Amenábar, diputado por Santa Fe, tenía instrucciones para no permitir en todo el terri-torio nacional otro culto público y privado, ni doctrina contraria a la de Jesucristo, siendo la religión católica la única y exclusiva de los habitantes de esta América. También la provincia de Córdoba objetó la libertad de culto que se había concedido a los ingleses. Pero el Congreso aceptó el tratado con esa cláusula, y, con los votos en contra de Zegada y de Gorriti, se autorizó la ratificación.
La Junta de representantes de la provincia de Buenos Aires autorizó también la ratificación, lo que así se hizo por Las Heras el 19 de febrero y por Jorge IV el 19 de mayo de 1825.
En los mandatos de algunas provincias figuraba la adhesión a la religión católica, apostólica romana como religión del Estado, entre ellas La Rioja, donde Quiroga, lector de la Biblia, influido por Castro Barros, inscribió en su bandera la fórmula
"Religión o muerte". También los diputados por Tarja, según acta del 24 de junio de 1826, debían sostener la religión católica como única del Estado,
"por la que toda esta provincia está dispuesta a derramar su sangre".Manuel Dorrego aprovechó la discusión para presentar la solución federalista:
"Buenos Aires tiene ilustración y una experiencia práctica con el roce y el trato que le proporciona su posición con los extranjeros, ha adoptado la tolerancia de cultos, como cosa ventajosa al país; ¿pero la admitiría Córdoba? Y he aquí cómo en esta provincia el sistema federal obra según su ilustración, y las ventajas que consiga serán en proporción a su ilustración, y para que cada provincia conozca las ventajas y se ilustre, es que se debe dejar que cada una en su órbita se coloque en la situación y capacidad que tiene, sin que a ninguna se la obligue, poniéndole las trabas, a contramarchar ni a depender de otra".
