El gobierno delegado de Buenos Aires propuso al vencedor de Pavón que declarase caducas las autoridades federales e invitase a una convención general para decidir su suerte, quedando entretanto los pueblos en estado constituyente; eso equivalía a ignorar el pacto del 11 de noviembre, el del 6 de junio y la misma Constitución nacional.
Mitre comprendió que no podía admitir esa ruptura violenta con aspiraciones por las que se venía luchando y con los compromisos adquiridos.
En el orden militar Mitre persiguió a las tropas dispersas de la Confederación para afianzar la victoria, y ocupó militarmente Rosario y después respondió al gobierno delegado de Buenos Aires exponiendo su criterio y recordándole que la legislatura había autorizado al gobierno a resolver la cuestión de la incorporación de los diputados al Congreso nacional por la razón o por la fuerza, sin excluir el camino de una nueva elección.
La ruptura de los vínculos constitucionales volvería a un estado de guerra civil entre los partidarios de la Constitución y los que la rechazasen.
Retrato del Coronel Bartolomé Mitre, realizado por Ignacio Manzoni en la epoca de la batalla de Pavon.
Mitre muestra en esa correspondencia con sus colaboradores un aplomo, una ponderación y una serenidad que no mantenían muchos de aquellos que, aun sin haber estado en Pavón, habían caído en extremos inesperados.
Antes de la batalla de Pavón, Mitre se había ocupado de extender la política liberal a las provincias y tenía en casi todas ellas núcleos que respondían a su inspiración; esa fuerza habría sido un apoyo para Derqui en el caso de un desarrollo pacífico del proceso constitucional, o contra él en el caso extremo de tener que recurrir, a la guerra.
Después de Pavón, Mitre avanzó hacia Rosario y Derqui abandonó esa ciudad e intentó hacerse fuerte en Santa Fe con ayuda del gobernador Pascual Rosas. Mientras tanto Urquiza inició negociaciones de paz con Mitre, valiéndose de Juan C. Ocampo, ya a mediados de octubre. El vencedor reconocía que Urquiza era el único que podía prolongar la guerra y su decisión de apartarse de la misma fue un gran servicio prestado al país.
Marcha dedicada a los vencedores de Pavón, por Augusto Nannetti
Cuando Derqui propuso a Urquiza, en razón de ciertas esperanzas que le habían hecho concebir algunas provincias, que se pusiera al frente de la lucha, Urquiza y Mitre se hallaban en relaciones con vistas a la pacificación mediante el alejamiento de Entre Ríos de toda acción bélica. Pero la carta en que Mitre responde a Urquiza fue enviada al gobierno delegado de Buenos Aires para que tomase conocimiento de ella y le diese curso; sus colaboradores la retuvieron, en discrepancia, partidarios como eran de una nueva Constitución. Mitre discutió serena y objetivamente las objeciones de sus amigos de Buenos Aires en el gobierno, a las cuales se sumaron Valentín Alsina, Sarmiento y Vélez Sarsfield.
Urquiza había propuesto las siguientes bases de acuerdo: desconocimiento por Entre Ríos de las autoridades nacionales que habían caducado de hecho y derecho y retiro de los diputados de la provincia al Congreso, con la disolución de la capital y del territorio federal, que reasumiría su soberanía provincial y se apartaría de la lucha; las baterías de Diamante serían desarmadas así como la escuadra de la Confederación, quedando sus pertenencias a disposición del gobierno nacional que se organizare.
El plan de Mitre, al aprobar esas bases, consistía en restablecer en Córdoba las autoridades depuestas por Derqui, y eliminar a Sáa de San Luis, pues con él no quería trato alguno; también creía necesario regularizar la situación en otras provincias sobre la base del reconocimiento de la Constitución nacional reformada, la terminación de la guerra civil y la eliminación del caudillaje.
Cuando Derqui comprendió que Urquiza se entendía con el vencedor de Pavón, puso fin a su resistencia y embarcó para Montevideo. Pero al alejarse Derqui de la presidencia, Urquiza, bajo la presión de sus adictos, modificó su actitud en las negociaciones con Buenos Aires. Envió a Martín Ruiz Moreno y a Juan Cruz Ocampo a tratar con Mitre. Exponía ahora que se le pidió que se pusiera al frente del poder nacional para reunir todos los elementos que ofrecías las provincias y que fuesen enviados a ellas, como en tiempo de Rosas, ejércitos porteños. En fin, proponía al vencedor de Pavón que dejase en manos del vencido la regularización de la vida constitucional del país y de su pacificación.
Mitre se opuso categóricamente a esas proposiciones y elaboró una contrapropuesta razonada a cuya lógica tuvo que rendirse finalmente Urquiza. En el desarrollo de su argumentación, Mitre completó el triunfo militar de Pavón con un triunfo político de la máxima trascendencia. Urquiza acabó por dejar en manos de Mitre la tarea de la organización nacional.