Carlos Pellegrini procuró sostener una política de respeto a la autonomía de las provincias y no quiso establecer el mecanismo de su influencia en ellas; su paso por el poder era de duración demasiado limitada como para andamiar el mecanismo electoral que habían montado los presidentes anteriores; además, la presencia de Roca, en el ministerio del interior, con el cual compartía ideas y aspiraciones respecto al futuro, le ahorraba ese esfuerzo.
La Unión Cívica se mantenía en conspiración constante, acusando al gobierno de parcialidad y de falta de libertad electoral en el país, menos en la capital federal; Alem había reclamado al presidente el derrocamiento de las autoridades provinciales, a lo que Pellegrini reaccionó con una enérgica repulsa.
La Unión Cívica unida se había reunido en enero de 1891 en convención nacional en Rosario y eligió las candidaturas de Mitre y de Bernardo de Irigoyen. En las provincias los gobernadores opusieron todos los obstáculos a la propaganda y a la difusión de esas candidaturas.
Pellegrini no quiso intervenir en las provincias a raíz de las denuncias de Alem y eso hizo que en ellas se mantuviese la paz mientras en Buenos Aires hervían las conspiraciones y se propalaban amenazas.
En su mensaje de mayo de 1891, reconocía el presidente que bajo su gobierno "no ha habido en las provincias, a pesar de las agitaciones porque han pasado, ningún suceso anárquico o sedicioso que afectase la estabilidad de sus leyes o de sus autoridades". Y como se recriminase la presencia de batallones de guarnición en algunas localidades del interior, agregaba:
"La presencia ocasional de las tropas de línea de la Nación en una u otra provincia ha servido para evitar o prevenir conflictos estériles o funestos, sin que ninguna libertad haya sido menoscabada a consecuencia de esa disposición, cuya oportunidad sólo corresponde apreciar al presidente de la República".
En una reunión de notables convocada en marzo de 1891, para requerir su concurso en aquellos momentos de perturbaciones económicas y políticas, en respuesta a una requisitoria de Aristóbulo del Valle, dijo que "si en algunas provincias el régimen oficial ahoga la libre expansión del sufragio, nadie lo deplora más que yo; pero no atentaré jamás contra las autonomías provinciales, ni aun en obsequio de los principios".
Su presidencia, pues, no recurrió al arma de las intervenciones federales sino muy escasamente. Hubo en su período de gobierno tres, dos en 1891.
Francisco Uriburu en 1892 se desempeñó como interventor federal de la provincia de Mendoza, durante aproximadamente un mes, convocando a elecciones para diputados y electores de gobernador y entregando el mando al gobernador electo por las mismas, Deoclecio García.
Se destinaron a restablecer el orden y normalizar la situación en Catamarca, donde había estallado una revuelta en junio que depuso al gobernador Gustavo Ferrary, que había asumido el mando en abril de 1891, después de una contienda electoral muy reñida entre la Unión Cívica y el partido autonomista nacional. Ferrary había sido varios años director de la escuela normal de Paraná. Depuestos los tres poderes, asumió el gobierno un triunvirato presidido por el doctor Guillermo Leguizamón. Refugiado Ferrary en Frías, reclamó telegráficamente al gobierno nacional la intervención y pocos días después el interventor general Amaro L. Arias lo repuso en el mando.
Desde la estación Recreo, el interventor Arias se declaró a cargo del gobierno de la provincia y continuó el viaje a la capital lentamente, pues los rebeldes habían levantado las vías ferroviarias, cortado telégrafos, quemado puentes y destruido depósitos de agua. Llegado a destino, intimó al triunvirato, el cual puso en libertad a los diputados, y senadores presos. Ferrary recuperó su cargo y la legislatura anuló la ley que declaraba su elección ilegítima. El Senado excluyó de su seno a Ramón Recalde, y Arias detuvo a los cabecillas del movimiento subversivo y entregó a las unidades de línea algunos forasteros en calidad de voluntarios.
En un mensaje al Congreso, pocos días después, se informaba:
"La facultad que corresponde a los poderes nacionales de averiguar el origen y legalidad de la autoridad que invoca el que solicita la intervención nacional es al solo objeto de acordar o negar la intervención. Una vez acordada, sólo puede ser a efecto de reponer, pues toda otra ingerencia en el régimen interno de la provincia, en lo que se relaciona con la designación de sus autoridades locales, sería violatoria de lo dispuesto por el artículo n° 5 que es el que garantiza la autonomía de las provincias".
La oposición de los adversarios y su hostigamiento, llevó a Ferrary a declarar cesantes a la mayoría de los senadores de la provincia y a miembros de la Corte de justicia; el ejecutivo nacional tuvo que intervenir y designó interventor a Juan Carballido, el 27 de noviembre. Carballido llegó a Catamarca a comienzos de diciembre acompañado de su secretario Gabriel Cantilo, decretó la reposición del Senado y la Corte de justicia y Ferrary prosiguió su gobierno.
El Faro Punta Mogotes se ubica al sur de Punta Cantera, en la costa de la ciudad de Mar del Plata promontorio que se desliza dentro del Mar Argentino, del sistema orográfico de las Sierras de Tandilia, que desde el centro sur de la provincia de Buenos Aires, avanza hacia el este ingresando al Mar Argentino, a la altura de la mencionada ciudad.
Volvió Catamarca a crear dificultades por un conflicto entre el poder ejecutivo, el legislativo y el judicial. A él dio motivo la elección de un senador nacional, para cuyo cargo surgieron Francisco C. Figueroa, cuñado de Ferrary, y José Dulce, antiguo gobernador. Ferrary contaba con la mayoría de la Cámara de diputados, pero no con la del Senado. Pellegrini decidió intervenir, con la aprobación de sus ministros, y Juan Carballido fue despachado a Catamarca para resolver los conflictos planteados. El comisionado respetó al gobernador y a la Cámara de diputados, restituyó a los jueces destituidos, anuló la reincorporación de Recalde y el 22 de diciembre dio término a sus tareas.
La situación inestable de Catamarca continuó todavía un tiempo; la Cámara de diputados exoneró a la minoría opositora y el Senado se opuso al reconocimiento de esa medida y se negó a constituir la legislatura, reclamando otra intervención. Por fin el 13 de abril de 1892 los senadores fueron llevados al recinto de sesiones por la fuerza pública y Francisco C. Figueroa, juez federal en Catamarca, fue electo senador nacional.
En enero de 1892, hallándose en el ejercicio de la presidencia provisoriamente el senador por Tucumán, Miguel M. Nougués, por haberse ausentado Pellegrini unos días a Mar del Plata, decretó la intervención a Mendoza para hallar solución al conflicto entre el gobernador Pedro N. Ortiz y la legislatura; el 20 de enero, al allanar la policía el domicilio de uno de los legisladores, hubo un choque en el que resultó muerto el secretario de la legislatura y el dueño de la casa en que habitaba, siendo esos hechos los que provocaron la intervención.
Francisco Uriburu declaró el estado de sitio en la provincia y ordenó el traslado a Mendoza del general Luis María Campos en calidad de comandante en jefe de las fuerzas nacionales. Se organizó así una verdadera expedición militar desde Zárate y el interventor se hizo cargo del gobierno de la provincia; procuró que los radicales, que predominaban en la municipalidad, quedasen fuera de acción. Se convocó a elecciones el 14 de febrero y fue instalada una nueva legislatura anulando leyes provinciales como la que disponía que las elecciones fuesen juzgadas por la legislatura aunque los diputados hubiesen concluido su mandato.
Con el apoyo de esa intervención federal fue electo gobernador Diocleciano García y terminó la misión de Uriburu en Mendoza; pero el mismo día en que el presidente aprobaba su conducta, la legislatura mendocina invalidaba el nombramiento de Oseas Guiriazú como senador nacional y poco después eligió para ese cargo al ministro del interior, Zapata; sin embargo, el Senado aprobó el diploma de Guiñazú por quince votos contra seis.