Las aves es el grupo más numeroso dentro de los vertebrados. Se comprobó la presencia del coludito de los pinos, pequeña ave que se encuentra asociada a los bosques naturales de pino Paraná, además de perdices, martinetas, garzas, flamencos, patos, palomas, teros, catas, carpinteros, loros, horneros, golondrinas, urracas, cardenales, entre otros. En la provincia de Misiones se han registrado unas 500 especies y en la Argentina cerca de mil, cifras que marcan la enorme biodiversidad que sostiene este ecosistema. Existe todo un grupo de especies de hábitos especialmente terrícolas, con poca capacidad de vuelo, que recorren el suelo de la selva. Ejemplo de ello son los inuambúes, el mayor de los cuales es el macuco.
En el dosel o techo selvático, en cambio, se mueven aves principalmente frugívoras, como los tucanes toco o grande, rojo y amarillo, arasaríes y una enorme variedad de pequeñas aves multicolores como los tangaráes y fruteros. Por encima del techo vegetal las grandes rapaces como el águila harpía, águila monera, y las águilas crestudas utilizan como atalayas las gigantescas copas de los árboles emergentes, vigilando los movimientos de monos y otras especies arborícolas que constituyen su alimento.
Entre esas especies podemos nombrar, entre otras, a las siguientes aves:
- Yacutinga (Pipile jacutinga) (especie en peligro) Es un ave endémica del sur de Brasil y regiones adyacentes de Argentina y Paraguay que está en peligro de extinción, por su caza y destrucción de hábitat. Es grande, 63 a 75 cm de longitud, con delgado cogote y cabeza pequeña. Es básicamente negro con un satinado azulado; tiene conspicuas manchas blancas en alas en 3 filas con puntitos negros. Su gran cresta es blancuzca, y el buche rojizo. Tiene ojos desnudos con bordes blancuzcos y cara negra, que lo hace único en su género. Extremidades rojas.
- Muitú (Crax fasciolata) (especie vulnerable) Es un ave que se encuentra en los bosques del noreste de Argentina, este de Bolivia, centro de Brasil y Paraguay, se alimentan en parejas o solos en el suelo, de frutos semillas, flores y hojas. Anidan en las ramas de los árboles a unos 4 m de altura; la hembra pone 2 huevos que incuban por 30 días.3
- Yacú poí (Penelope superciliaris)(especie vulnerable) Es un ave que se encuentra en el este de Paraguay con el extremo noreste de Argentina y el este de Bolivia sus hábitats naturales son bosques de tierras bajas húmedas subtropicales o tropicales y matorrales secos subtropicales o tropicales. Si no se caza, tolera bien la proximidad humana y se puede encontrar incluso en las ciudades
- Pava de monte (Penelope obscura) (especie vulnerable) Es un ave propia de Argentina, Brasil, Paraguay y Uruguay, esta especie está clasificada como "común" según la UICN, sin embargo su población se encuentra en disminución debido a la destrucción de su hábitat y a la caza insostenible. Su hábitat son los montes templados y subtropicales o selvas tropicales húmedas de bajas altitudes, y la montaña subtropical o tropical húmeda. Habitan en bosques serranos y generalmente se encuentran sobre los árboles. No presentan dimorfismo sexual y se caracterizan por emitir un potente grito. Se alimenta de invertebrados, semillas y frutos. Contribuye en la dispersión de semillas.
- Harpía (Harpia harpyja) (especie en peligro) es un ave que vive en la zona neotropical, es el águila más grande del Hemisferio Occidental y del Hemisferio Austral, y la única especie del género Harpia, su hábitat es el bosque lluvioso. No se reconocen subespecies.
- Guacamayo rojo (Ara chloropterus) (especie en peligro) Es un ave de la familia de los loros los grandes guacamayos que atraen la atención por su vívido y espectacular colorido, y su llamado estridente con el que se comunican durante el vuelo, los ejemplares jóvenes se parecen a los adultos, pero tienen la cola más corta. Esta especie se distribuye en amplio rango por toda Sudamérica, desde el este de Panamá, noroeste y este de Colombia, este del Perú y Ecuador, toda Venezuela, las tres Guayanas, Brasil, nordeste y este de Bolivia, Paraguay hacia Concepción y el noreste de Argentina. Por lo general, se encuentran en parejas o en grupos pequeños, tal vez familiares; a veces se asocian con otros guacamayos, especialmente en tierra, donde se reúnen en grandes grupos para consumir arenas minerales expuestas. Se alimentan de semillas, frutas y nueces.
- Águila morena (Morphnus guianensis) (En peligro crítico) Es un ave en donde la hembra es de mayor envergadura que el macho. La hembra puede llegar a los 78 centímetros de altura y el macho sólo a los 65. Lo que las convierte en las rapaces más grandes del mundo. Su longevidad es de 30 a 60 años y más en los animales que se tienen en cautividad.Esta especie es más chica que la Harpía y más esbelta. Sus patas son más largas y delgadas. Tiene el pecho gris, no negruzco. Posee un copete eréctil de color blanco, no dividido. El dorso es negruzco, algo moteado de pardo y blanco. Posee una cola larga adornada con barras. Central blanco, con suaves barras de color canela o negro.
- Pato serrucho (Mergus octosetaceus) (En peligro crítico) El largo y dentado pico presenta un elevado número de “dientes” origen de su nombre común. Se restringe a arroyos selváticos de aguas transparentes y límpidas flanqueados por bosquecillos marginales de mataojos y sarandíes, donde no exista presencia humana permanente. Es el único representante de este singular género en Sudamérica. Ha sido citado en nuestro país solo para los ríos y arroyos afluentes del Alto Paraná en la provincia de Misiones. Se trata de un animal sumamente tímido y desconfiado. Habita arroyos de aguas transparentes con abundante vegetación costera con correderas, donde nada y bucea sin dificultad. En el invierno, época de cría de la especie, se alimenta de pequeños peces como mojarras, morenas y anguilas, además de insectos acuáticos y moluscos que capturan sin dificultad.
- Chorao (Sporophila leucoptera) (En peligro crítico) Es un ave que mide entre 12 y 12.5 centímetros de largo´ y pesa entre 15 y 16 gramos, el macho es gris en la parte superior y blanco en la parte inferior y la hembra es marrón oliva en la parte superior y marrón amarillento en la parte inferior; Los jóvenes son marrones. Es una especie común que habita en áreas de césped con arbustos y enredos de vegetación, casi siempre cerca del agua, en áreas pantanosas y bancos de ríos y lagos. Vive solo o en parejas dispersas, es un ave discreta y rara vez se asocia con otras especies.Habita la selva paranaense en el estrato arbóreo, especialmente en los bosques de pino Paraná. Se alimenta de frutos silvestres. Se desplaza en bandadas no muy numerosas o parejas, especialmente en los meses de verano, concentrándose en el invierno en la zona donde crece el pino Paraná. Se reproduce en la primavera y ubica su nido en troncos de árboles a una altura entre los diez y quince metros, donde deposita dos o tres huevos. La destrucción de la selva y la desaparición de los bosques de Pino Paraná, lo sitúan en una posición desfavorable para su supervivencia.
- Tucán grande (Ramphastos toco) (En peligro crítico) Es un ave de la familia Ramphastidae, siendo su representante de mayor tamaño y uno de los más conocidos. Su hábitat natural es América del Sur se alimenta principalmente de fruta, pero ocasionalmente también come insectos, reptiles y huevos de otras aves. La época de cría del tucán varía según la región, aunque su ciclo de reproducción es anual. Para anidar buscan cavidades en los árboles que frecuentemente suelen usar año tras año. Suelen poner de 2 a 4 huevos que eclosionan a los 16-20 días. Las crías nacen desnudas y ciegas y su crecimiento es bastante lento e inicialmente no se asemejan a un tucán adulto, dado que su pico tarda varios meses en desarrollarse completamente. Abren los ojos a las 3 semanas.
- Macuco (Tinamus solitarius) (En peligro crítico) Es un ave que vive en bosques húmedos de hasta 1.200 msnm; de bosques atlánticos del este de Brasil cerca de Pernambuco a Río Grande del Sur, sur de Mato Grosso, sudeste de Paraguay y extremo nordeste de Argentina