La fauna en estos desiertos andinos es escasa. Los principales exponentes de la zona son los roedores, como el chinchillón y el tucutuco. Los camélidos están representados por los guanacos y las vicuñas. Entre las aves se destaca el cóndor, habitante característico de las alturas.
Entre las especies más representativas de la fauna de las sierras subandinas se encuentran llamas, vicuñas, guanacos, alpacas, huemules, pumas, comadrejas, quirquinchos, chinchillas, lagartos, boas de las vizcacheras, zorros grises, gatos del monte, búhos, lechuzas y perdices del cerro.