Los partidos del acuerdo, principalmente el roquismo, abandonaron a Sáenz Peña y le hicieron obstrucción en el Congreso el presidente estaba virtualmente solo, sin apoyo de Roca ni Mitre y con los radicales al acecho y sin un partido ni apoyo propio fuerte .
El 20 de noviembre de 1894 escribía Miguel Cané, testigo presencial, a Estanislao S. Zeballos, entonces embajador:
"... No creo que esta presidencia pueda sostenerse después de sus repetidos fracasos. Hay relojes que no andan, buques que siempre marchan de lado y autores que no se leen; los artífices más hábiles, los ingenieros más prácticos y los críticos más autorizados, te dirán que la maquinaria de los primeros es perfecta, la construcción de los segundos correctísima y que los terceros tienen talento, ilustración y criterio. El doctor Sáenz Peña es un hombre honorable, recto, lleno de buenas intenciones, capaz de energías que no se le sospechan, pero no anda . . . No ha habido medio de rellenar el gabinete: nadie agarra. En el fondo, Roca quiere que se vaya Sáenz Peña, siempre que quede la opinión persuadida de que él ha hecho cuanto podía para sostenerle. Pellegrini va con cautela; sostiene al presidente. Mitre, que cuando yo caí quería que se fuese Sáenz Peña, hoy le sostiene, porque tiene miedo de lo porvenir; desconfía de Uriburu y, si éste se va, de la influencia de Roca en el Congreso. Nadie quiere ser médico de cabecera del enfermo y el enfermo se va. El Congreso, tironeado por influencias fuertes, pero que no dan palabra de orden, vacila, va de tumbo en tumbo y a coups de bélier inconsciente casi, destruye la autoridad del Presidente"...
Luis Sáenz Peña lanzó un manifiesto explicando que, después de veinte días de convulsión en el país, se había vuelto al orden y a la pacificación y reclamó la colaboración de todos los núcleos de opinión para mantener el orden, sin renunciar al estado de sitio. Bernardo de Irigoyen hizo una interpelación en el Senado que tuvo mucha repercusión y dio origen a un debate político de trascendencia. Quintana renunció a su cargo, en noviembre de 1894, reemplazado por Eduardo Costa, siendo designado' en relaciones exteriores Amancio Alcorta; poco después renunció también Luis María Campos y en su lugar fue llevado nuevamente a guerra y marina el coronel Eudoro Balsa.
Ley de amnistía
La discusión de la ley de amnistía para los revolucionarios de 1893 dio origen a una violenta oposición en el Congreso; Sáenz Peña no quería incluir esa ley entre los asuntos de las sesiones extraordinarias del Congreso; sus cuatro ministros civiles se solidarizaron con los partidarios de la amnistía; el presidente no pudo formar el nuevo ministerio y la Cámara de diputados suspendió sus sesiones hasta que el poder ejecutivo se sometiese a las disposiciones constitucionales, es decir, hasta que se pusiese "en condiciones constitucionales y el Congreso pudiera reanudar sus relaciones con él". No pudiendo constituir el gabinete y teniendo, en frente, decidido a llegar al extremo, el Congreso, el presidente elevó el 22 de enero de 1895 su renuncia al Congreso.