Durante el periodo de su licencia médica al frente del Poder Ejecutivo estalló el escándalo por la venta de tierras del Palomar, a partir de la denuncia de una venta de terrenos destinados a la ampliación de la base militar ubicada en esa localidad de la Provincia de Buenos Aires.
En 1940 se realizó una compra de tierras en El Palomar con destino al ejército, operación en cuya tramitación se descubrieron irregularidades que comprometían a legisladores conservadores y radicales y cuyo descubrimiento dio origen a una campaña de escándalo político que consumió muchas sesio-nes del Congreso. Una comisión investigadora, integrada por los senadores Alfredo L. Palacios, Gilberto Suárez Lago y Héctor González Iramain, puso al descubierto los manejos de la operación.
En concreto, se trataba de la compra de unas tierras, 227 hectáreas, en El Palomar, para ensanchar el dominio de un instituto militar. Los ciudadanos contrataron la compra del terreno a 0,65 pesos el metro y lo ofrecieron a la comisión de presupuesto de la Cámara de diputados a 1,10 pesos el metro. Sobre una utilidad neta de 1.167.000 pesos, los iniciadores del negocio distribuyeron unos 900.000, la mitad de los cuales fueron repartidos entre legisladores y ex legisladores, todos ellos miembros de la Comisión de presupuesto, que aceptó e hizo pasar la compra. La operación llegó a conocimiento del periodista José Luis Torres y por él tomó estado parlamentario.
Un diputado radical comprometido en la investigación, Víctor Juan Guillot, puso fin a su vida; otro diputado, conservador, Juan G. Kaiser, y Gregorio Raúl Godoy, fueron condenados a seis años de prisión e inhabilitación perpetua; José Guillermo Bertotto y Miguel Aguirrezabala, a cinco años e inhabilitación perpetua; otros más fueron también procesados y penados.
Como la Comisión investigadora aludiese a la responsabilidad del general Márquez, ministro de guerra, se sintió en la obligación de dimitir el cargo, y el propio presidente Ortiz, disgustado por las conclusiones de la comisión investigadora, elevó el 23 de agosto de 1940 al Congreso la renuncia a su investidura.
El general Carlos Márquez fue uno de los responsables del escándalo de las tierras del Palomar ignorando varias tasaciones oficiales a $ 2.000 y 1.900 la hectárea, ordenó comprarlas por $ 1,10 el metro cuadrado ($ 11.000 la hectárea), aceptando la oferta del vendedor. El escándalo golpeó al presidente, que defendió la honestidad de su gobierno; apenas sobreseídos, los ministros acusados presentaron sus renuncias. El último en ser sobreseído fue el general Márquez, el 6 de septiembre, que inmediatamente presentó su renuncia.
Reunido el Congreso bajo la presidencia de Robustiano Patrón Costas, rechazó la renuncia de Ortiz, a quien oficialistas y opositores defendieron contra toda sospecha. El único voto en disidencia fue el de Matías G. Sánchez Sorondo.
El asunto de El Palomar dio origen a un primer enfrentamiento de los altos mandos del ejército con el vicepresidente Castillo.
Al prolongarse la enfermedad de Ortiz, que le impedía ejercer sus funciones, en una entrevista con el vicepresidente le pidió que asumiera provisionalmente el mando, y así comenzó éste a ejercer las funciones presidenciales. Ante tal situación, en la que todo indicaba que el carácter provisional del ejercicio de la presidencia duraría bastante tiempo, los ministros de Ortiz, con su conformidad, elevaron sus renuncias para dejar a Ramón S. Castillo en libertad de acción para constituir su propio ministerio. Las renuncias fueron aceptadas,, menos la del ministro de guerra, general Márquez. Una incidencia en la que intervinieron el almirante León Scasso y el ministro del interior renunciante Diógenes Taboada, ocurrió así:
El almirante Scasso fue convocado por los altos mandos del ejército al ministerio de guerra y le pidieron que solicitase del doctor Castillo su conformidad para que no aceptase la renuncia del general Márquez hasta que se pronunciase la Cámara de senadores sobre la acusación que se le había hecho con motivo del escándalo de El Palomar, con el compromiso de honor de que inmediatamente después del fallo del Senado el presidente provisional tendría en sus manos la renuncia. El almirante Scasso pidió entonces al ministro Taboada que le acompañase a la Casa de gobierno a entrevistar al vicepresidente y transmitirle la decisión de los altos mandos del ejército. El asunto adquiría una gravedad excepcional La entrevista de Scasso y Taboada con Castillo se realizó en el despacho presidencial y fueron vanos los esfuerzos hechos para convencerle de la aceptación del temperamento que se le proponía; su negativa fue cerrada.
En conocimiento de la actitud del presidente, media hora más tarde se presentó en la Casa de gobierno el jefe del estado mayor del ejército, general Mohr, y solicitó una audiencia inmediata con Castillo. La entrevista fue breve; el alto jefe expuso la resolución del ejército y las consecuencias que acarrearía la negativa del presidente. El general Mohr hizo saber que la acción militar no tardaría en poner fin a la situación creada. Entonces Castillo vaciló un momento y respondió que. aceptaba el pedido formulado. Aquello fue el prólogo del epílogo que ocurrió dos años después con su derrocamiento.
Carlos Ibarguren describe este panorama:
"El ámbito político y administrativo estaba desprestigiado por episodios que tuvieron repercusión en la opinión pública y mostraron la corrupción difundida; sobre compras de tierras en El Palomar para el ejército, en el que se defraudaron al Estado importantes sumas de dinero, en cuya operación aparecieron complicados legisladores radicales y conservadores, como las trapisondas denunciadas en la lotería nacional, y otros hechos que mostraban la crisis moral dominante en las esferas políticas".
Por entonces reconoció Gilberto Suárez Lago, presidente del partido demócrata nacional:
"Grandes errores tenemos, señores senadores, grandes faltas, grandes culpas. No es todo limpio en materia electoral desde el año 1930 hasta aquí. Porque no es fácil salir de un estado revolucionario motivado —recuérdelo el país— por una corrupción que abarcaba todas las esferas de la vida oficial de la Nación".
La Comisión Investigadora del Senado de la Nación dictaminó que eran inválidas las 3 escrituras suscriptas el 24 de abril de 1939, por diversos vicios de procedimiento y falsos testimonios y que habían incurrido en violación de los deberes de funcionario público las siguientes personas:
Ninguno de ellos fue sancionado.
Se señala que el escribano Fernández Madero incurrió en falso testimonio. Identificó asimismo a las personas que hicieron cobros de cupones, pagos y otras operaciones con los títulos numerados del gobierno nacional entregados por la compra de los terrenos. A continuación se da la nómina de las personas que se comprobó se beneficiaron con la operación (se presume hubo varias más), y el monto recibido por cada uno:
Las pruebas recolectadas bastaron para condenar a 7 de ellos, con penas que alcanzaron hasta 6 años de cárcel. El único no condenado fue el diputado Víctor Guillot porque se suicidó antes de que comenzara el juicio.
El diputado Víctor Juan Guillot comparece ante la Comisión Investigadora donde le toman declaración los diputados Vicente Solano Lima y Alfredo Palacios, Solano Lima dice según nuestras pruebas, diputado Guillot, usted se benefició con una coima de 15.000 pesos, a medias con el diputado Bertotto a lo que Guillot responde que ni un solo centavo ha entrado en mi bolsillo.
Palacios conesta que hay testimonios de que ese soborno en títulos de la deuda pública le fue destinado y que hay pruebas de que esa suma la cobró una tal Ana López.
El 23 de Agosto de 1940 el diputado Víctor Juan Guillot ha pasado la noche en vela en su estudio del octavo piso de Cangallo 2630. En el primer piso, vive con su mujer y sus hijos. A las 10:50, tras hablar por teléfono con Castagno Vivanco, Guillot se pegó un tiro. Su amigo, que llegó veinte minutos después, lo encontró aún con vida. Murió camino al hospital.
La mujer que cobró la comisión Ana López tenía una relación secreta con Guillot y el accedió a autorizar la venta de las tierras para que ella cobrara tenían hijos en comun.