Al producirse el golpe militar del 28 de junio de 1966, Alonso expreso: nos congratulamos de haber asistido a la caída del último gobierno liberal burgués, porque jamás podrá volver implantarse nada así. Los principales dirigentes sindicales de la época: Vandor, Prado, Juan José Taccone, de Luz y Fuerza y Alonso concurrieron al acto de asunción del nuevo presidente Juan Carlos Onganía, a partir de septiembre de 1966, cuando Perón condenó públicamente al régimen de Onganía,
El 27 de agosto de 1970, a las 9:15 horas, cuando se dirigía desde su casa, situada en el barrio de Belgrano, hacia la sede del sindicato, en el coche del secretario adjunto del gremio Enrique Mico el cual fue interceptado por dos automóviles en la esquina de las calles con Benjamín Matienzo y Ciudad de la Paz.
Un hombre descendió del vehículo situado detrás del auto de Alonso y le disparó 14 balazos matándolo en el acto, toda la operación duro 55 segundos. El asesinato fue realizado exactamente a una cuadra y media de su casa y a la misma distancia de la Comisaría de Cabildo y Santos Dumont.
El 10 de septiembre, un comunicado de un Comando Montonero Emilio Maza del Ejército Nacional Revolucionario, se adjudicó el hecho al igual que la muerte de Vandor.
Cuatro años después, en octubre de 1974, en una nota aparecida en la revista "La Causa Peronista", sus asesinos, sin identificarse, relataron los detalles y enumeraron los motivos alegados para el asesinato. Hasta el día de hoy, si bien se han vertido numerosas hipótesis, el crimen nunca fue esclarecido. Alonso dejó dos hijos, María Angélica, de diecisiete años y José Luis Francisco, de catorce.
José Alonso fue un sindicalista del Sindicato del Vestido y secretario general de la Confederación General del Trabajo entre 1963 y 1965 murió asesinado por un comando guerrillero de Montoneros el 27 de agosto de 1970.