A partir de la muerte de Perón la prensa coincidía en que Taiana, médico personal de Perón, tenía los días contados como ministro de Educación.
El ministro de educación Taiana fue reemplazado el 14 de agosto de 1974 por Oscar Ivanissevich, quien se desempeñó prácticamente un año, hasta el 11 de agosto de 1975 cuando fue a su vez reemplazado por Pedro Arrighi, hasta el golpe del 24 de marzo de 1976.
La "Misión Ivanissevich", como fue conocida entonces, tenía como objetivo central explícito "terminar con el caos" y la "infiltración marxista" en el sistema educativo y muy especialmente en las universidades nacionales. La Misión Ivanissevich se encuadraba escrupulosamente en el Documento Reservado del Consejo Superior Peronista del 1 de octubre de 1973, que había declarado el "estado de guerra" interna contra "el marxismo" y en varias ocasiones se relacionó con la acción estatal terrorista de la Triple A o de las Fuerzas Armadas.
El movimiento estudiantil tomó las universidades para resistir las intervenciones, pero el gobierno las recuperó decretando el cierre de las mismas y reprimiendo violentamente a los estudiantes, llegando a simular fusilamientos, como sucedió en el Colegio Nacional Buenos Aires, donde la policía gritó a voz en cuello que les iba a pasar lo mismo que en la Masacre de Trelew.
Simultáneamente, el 7 de septiembre, la Triple A dinamitó la casa del rector de la Universidad de Buenos Aires Raúl Laguzzi, asesinando a su hijo de cuatro meses y causándole graves heridas.
Un mes después, el 8 de octubre, la CNU asesinó a Rodolfo Achem y a Carlos Miguel, quienes eran respectivamente secretario administrativo y jefe del Departamento de Planificación de la Universidad Nacional de La Plata. En 1975 sería asesinada también María del Carmen Maggi, decana de la Facultad de Humanidades de la Universidad Católica de Mar del Plata, cercana a monseñor Eduardo Pironio y fuertemente enfrentada con el ministro Arrighi.
La "depuración ideológica" de las universidades incluyó la cesantía de cerca de la mitad de los profesores universitarios, gran cantidad de no docentes, cierre de universidades, represión y prohibición de los centros de estudiantes y sindicatos docentes y no docentes, bibliografías expurgadas, listas negras de estudiosos no citables, cancelación de cátedras libres, censura de los contenidos de las materias, separación de las carreras de Psicología (cerrada durante un año), Sociología y Ciencias de la Educación de la Facultad de Filosofía y Letras (con el fin de aislar a los estudiantes de las mismas), exigencia a los estudiantes de certificados policiales de buena conducta, etc.
Los nuevos rectores interventores expresaron por sí mismos el cambio completo de orientación en la política educativa y universitaria en particular. En la Universidad de Buenos Aires fue nombrado Alberto Ottalagano, quien se jactaba públicamente de ser "fascista".
En las universidad del Comahue y del Sur fue nombrado interventor a propuesta de la Marina, Remus Dionisio Tetu, un fascista rumano que había integrado grupos de extrema derecha de su país durante la Segunda Guerra Mundial y que como rector nombró a miembros de la Triple A, como José Oscar Argibay y el agente de inteligencia nazi Raúl Guglielminetti (mayor Guastavino), para hacerse cargo de la seguridad universitaria.
En la Universidad Nacional de La Plata fue nombrado Pedro Arrighi -luego ministro de Educación-, que mantenía estrechas relaciones con la CNU, organización parapolicial ligada a la Triple A que cometió decenas de asesinatos en las universidades de Mar del Plata y La Plata.
Durante el gobierno de Isabel Perón se crearon cinco universidades: la Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires, la Universidad de la Marina Mercante (UdeMM) de carácter privado, la Universidad Nacional de Mar del Plata, la Universidad Provincial de La Rioja (UR) y la Universidad Sindical Bancaria, que no llegó a funcionar.
Las nuevas gestiones universitarias terminaron con el ingreso irrestricto y en varios casos se establecieron mecanismos de limitación para el ingreso universitario, como cupos, exámenes o cursos previos.
El gobierno de María Estela Martínez de Perón reinstaló la estricta política de censura que existía durante la dictadura. Entre otras medidas fueron clausurados el diario Noticias y el semanario El Descamisado, pertenecientes a la Tendencia, la película La Patagonia rebelde y el programa Tiempo Nuevo, del periodista conservador Bernardo Neustadt.