Illia mantuvo la proscripción política del expresidente Juan Domingo Perón, líder del principal partido opositor, que se encontraba exiliado en España. En 1964 impidió el ingreso a la Argentina del expresidente Perón, solicitando a la dictadura militar brasileña que detuvieran el avión en el viajaba hacia Buenos Aires.
En 1963 no aceptó el reclamo de la Confederación General del Trabajo (CGT) de investigar la desaparición del militante sindical metalúrgico Felipe Vallese.
En 1964 el gobierno sancionó al artista Hugo del Carril excluyéndolo de la delegación argentina al Festival de Cine de Acapulco, por haberle exhibido el filme Buenas noches, Buenos Aires a Perón, que se hallaba exiliado en España.
El Ministerio de Trabajo impuso multas y solicitó embargos sobre los bienes de varios dirigentes sindicales debido a haber aprobado el Plan de Lucha contra el gobierno.
En 1965 prohibió que se realizaran actos de homenaje a las personas asesinadas en los fusilamientos de 1956 y a Felipe Vallese, y reprimió con la policía el intento de la oposición de realizar los actos, con numerosos heridos y detenidos.
Ese mismo año suspendió la personería gremial de los sindicatos del Calzado, la Construcción, Sanidad y del Caucho.
En 1966, sin consulta previa con las organizaciones sindicales, como lo sugería la recomendación nº 113 de 1960 de la Organización Internacional del Trabajo, Illia estableció mediante el decreto 969/1963, una reglamentación sindical prohibiendo las actividades políticas de los sindicatos, la ley establecía además que los presupuestos de los sindicatos debían ser aprobados desde el Poder Ejecutivo, alterando la independencia sindical y visto como herramienta para dificultar el accionar de los sindicatos opositores.
La deuda externa constituía otro problema serio. El 56.2% de ella vencía en los próximos tres años, es decir, en 1966 por lo cual se decidió renegociar la misma con el Club de París.Mientras el Poder Ejecutivo enviaba al Congreso un proyecto de ley de abastecimiento, con el propósito de controlar el aumento del costo de vida, los empresarios y gremialistas coincidían en su crítica, al considerar que las medidas adoptadas no eran suficientes para solucionar la desocupación y la parálisis económica del país. Entre el 21 de mayo y el 24 de junio los obreros ocuparon más de 11.000 establecimientos industriales.