Para detener a una comisión del Congreso de Oriente de las provincias artiguistas, que habían bajado a Buenos Aires para establecer la paz, envió a Santa Fe al general Juan José Viamonte al mando del Ejército de Observación formado por 3000 hombres el que logró restablecer la dependencia del gobierno de Buenos Aires luego que Juan Francisco Tarragona fue designado por el cabildo santafesino como teniente de gobernador, el 2 de septiembre de 1815.
Esta solución propuesta por Álvarez Thomas de tener en Santa Fé un teniente de gobernador subordinado a Buenos Aires duro poco ya que el 2 de marzo de 1816, los caudillos Mariano Vera y Estanislao López se sublevaron en Añapiré y pusieron sitio a Santa Fe. El 21 de marzo Viamonte debió capitular, Tarragona fue depuesto y se proclamó la soberanía de la provincia y su ingreso a la Liga de los Pueblos Libres, bajo la protección de Artigas.
Para contrarrestar esto Álvarez Thomas envió una nueva invasión contra Santa Fe pero el 9 de abril de 1816 el general Eustoquio Díaz Vélez, con el apoyo de los oficiales y de las tropas, acordó con los federales el Pacto de Santo Tomé.
Pacto celebrado entre el Coronel Mayor Eustoquio Díaz Vélez y D. Cosme Maciel, Comandante de la fuerza de mar de Santa Fe, el 9 de Abril de 1816.
Nos, don Eustoquio Díaz Vélez, Coronel Mayor de húsares de la Unión, dependiente de las tropas de Buenos Aires y D. Cosme Maciel, Comandante de las fuerzas de mar de Santa Fe y autorizado por el Jefe de las fuerzas orientales D. José Francisco Rodríguez, reunidos en la capital del paso de Santo Tomé y animados de los más sinceros deseos de la paz y verdadera unión, para cortar de raíz la guerra civil, en que por el despotismo y arbitrariedad del Director, D. Ignacio Álvarez, se ha envuelto esta provincia hasta el extremo de haber sido preciso el uso de armas en el espacio de 31 días, para rendir la división del mando del Coronel Mayor D. Juan José Viamont, en cuyo caso ha sufrido el pacífico pueblo de Santa Fe, los daños y horrores indispensables en estos lances, ha acordado lo siguiente:
— 1. Se separa del mando del ejército de Buenos Aires, que se halla en el Rosario, al Brigadier General D. Manuel Belgrano, y lo tomará en Jefe el Coronel Mayor Díaz Vélez, en cuyo caso todas las tropas orientales y de Santa Fe quedan en verdadera unión y paz con aquel ejército, y á la disposición del Coronel Díaz Vélez para retirarse del Carcarañal para acá, ó auxiliarle siempre que las pida, considerándolas necesarias para separar del mando de Buenos Aires al señor Director y Coronel Mayor D. Ignacio Alvarez, auxiliar aquel gran pueblo, hasta que en el uso libre de sus derechos nombre nuevo gobernante.
— 2. Luego que el Coronel Mayor Díaz Vélez haya separado á Belgrano, pasarán á su campo los señores D. José Francisco Rodríguez, Jefe de los orientales por sus tropas, D. Cosme Maciel y D. Mariano Espeleta, Comandante General de esta campaña, ambos por el territorio de Santa Fé, y reunidos con aquél en uso de los santos deseos que les animan por el bien general de estas provincias, ajustarán tratados de paz y unión verdadera, que deberán ser cuando las circunstancias lo permitan, ratificados por el Gobierno de Buenos Aires, y de D. José Artigas por el Gobierno de Santa Fe; y unánimemente conformes firmamos dos de un tenor para su más exacto cumplimiento, y verdadera alianza, comprometiendo ambos nuestra palabra de honor y haciendo garante de este tratado á los Jefes de que dependemos.
— Capilla de Santo Tomé y Abril 9 de 1816. —Eustaquio Díaz Vélez, Cosme Maciel.