Para aumentar el fervor patriótico del pueblo, y en conmemoración del segundo aniversario de la revolución, el 25 de mayo hizo bendecir la Bandera Argentina en la Catedral, por el canónigo Juan Ignacio Gorriti. Ignoraba que la misma había sido rechazada por el Primer Triunvirato, ya que el uso de una bandera propia era un claro signo de independencia para los triunviros, que aún no deseaban abandonar la ficción de que el nuevo país aún dependía del rey de España.
Belgrano movilizó sus tropas hacia Humahuaca y el 25 de mayo de 1812 realizó una acción que permitió que el pueblo tomara conciencia de lo que representaba la patria: ese día se cumplía el segundo aniversario de la revolución de mayo y entonces mandó a enarbolar la bandera celeste y blanca en los balcones del ayuntamiento, en reemplazo del estandarte real que presidía todas las festividades públicas. Una salva de 15 cañonazos y la bendición del canónigo Gorriti completaron la escena. Al anochecer, Belgrano se puso al frente de la tropa y paseó la bandera por las calles de Jujuy.
Bernardino Rivadavia que era el ministro de guerra del primer triunvirato al acto de jura de la bandera en consecuencia le escribió en el acto amonestándolo en términos severos, y le ordenó que pusiese remedio a tamaño desorden, con prevención que sería la última vez que sacrificaría a tal extremo los respetos de su autoridad.
En 1812, el general Manuel Belgrano que se encontraba en Jujuy reorganizando las tropas del Ejército Auxiliador del Alto Perú, dispuso celebrar el segundo aniversario de la Revolución de Mayo, marco en el cual hizo bendecir y jurar por primera vez la bandera que había enarbolado en febrero de ese año en las barrancas del Rosario. La bendición tuvo lugar en la Iglesia Matriz de Jujuy y estuvo a cargo del presbítero José Ignacio de Gorriti. Posteriormente, ante el pueblo y la tropa, Belgrano hizo jurar la bandera que “ya os distingue de las demás naciones del Globo”, acto que constituyó una clara expresión de soberanía en momentos en que la decisión de la independencia atravesaba por momentos de incertidumbre e indefinición.
Sorprendido y lastimado a la vez, el general contestó disculpándose con dignidad; pero persistió tenazmente en sostener sus ideas de independencia, acabando por decir: "La bandera la he recogido, y la desharé para que no haya ni memoria de ella... y se harán las banderas del regimiento núm. 6, sin necesidad de que su falta se note por persona alguna; pues si acaso me preguntan por ella, responderé que se reserva para el día de una gran victoria por el ejército, y como ésta está lejos, todos la habrán olvidado y se contentaran con la que le presenten. En esta parte V.E. tendrá su sistema: pero diré también con verdad, que como hasta los indios sufren por Fernando VII, y los hacen sufrir con los mismos aparatos que nosotros proclamamos la libertad, ni gustan oír nombre de Rey, ni se complacen con las mismas insignias con que los tiranizan".