La integran los departamentos de Yavi, Santa. Catalina, Rinconada, Cochinoca y Susques. Consiste en una extensa meseta de altura de 4.000 m.s.n.m. que ocupa el 60% del territorio provincial, de clima árido y frío. Algunos de sus cerros como Zapaleri (5.653 msnm), punto compartido por Argentina, Bolivia y Chile, Vilama (5.578 msnm) o Branqui (4000 msnm), punto extremo norte de nuestro país, la separan de dichos países. Teniendo en cuenta su estructura geológica, esta vasta planicie se deprime hacia el interior, formando cuencas o cubetas endorreicas amplias y sin desagüe, en cuyo fondo se ubican salares como el de Cauchari-Olaroz, Salinas Grandes del NOA y lagunas salobres como las de Vilama, Jama, Guayatayoc, Pozuelos y Runtuyoc. La vegetación es escasa, rastrera y dura, con manchones de especies comestibles, nutritivas, medicinales y de uso energético como la yareta para combustión doméstica. Temperaturas extremas oscilan entre los 30°C de día y los 0°C a -0°C de noche, diferencia marcada por la lejanía de los vientos marinos cargados de humedad; en cambio, los que llegan desde el sudoeste continental son secos y soplan de forma intensa y permanente, acompañados a su vez de frecuentes nevadas en las altas cumbres andinas que rodean la meseta, impregnando el paisaje de misticismo y sugestión.
Constituye una hendidura o cañadón dentro de la Cordillera Oriental paralela a la meseta puneña con rumbo norte-sur, recorrida en sus 187 km por el Río Grande de Jujuy que constituye la vía de acceso y medio de comunicación con los valles orientales y meridionales. Su clima si bien es frío posee características serranas y de semiaridez,, con lluvias de verano y sequía de invierno. Las temperaturas varían entre los 5°C y los 23°C de promedio anual. En los Valles pedemontanos y de altura se ubican entre sus policromados y atractivos cordones montañosos ríos intermitentes, favoreciendo el desarrollo de vegetación cactácea adaptada a la aridez, siendo uno de sus mejores exponentes el cardón o “centinela de los cerros” que parece custodiar nuestro Patrimonio de la Humanidad. Brisas de montaña y valle aportan bienestar tanto al lugareño como al visitante, moderando las altas temperaturas diurnas, propias de este ámbito de intensa radiación solar. Los departamentos de Humahuaca, Tilcara y Tumbaya quedan incluídos en esta región.
Es un extenso corredor biomático, por sus características climáticas y fitogeográficas – son la continuación hacia el este de la Quebrada, separados de ésta por la Cordillera Oriental. Se encuentran rodeados por sierras que oscilan los 2.500 m de altura como las de Zapla, Zenta, Cresta del Gallo, Maíz Gordo, sirviendo estas últimas de límite sudeste con Salta. Sus sectores bajos y llanos llegan hasta los 500 m.s.n.m. La temperatura y humedad son propias del clima subtropical con estación seca, posee los valores más elevados de la provincia en el sector de la nubo o nimboselva; la ladera de barlovento recibe los vientos del Noreste procedentes del Atlántico que le aportan lluvias orográficas todo el año. En verano las temperaturas máximas llegan a 40°C produciendo malestar y sofocación en la población local. La flora es muy rica en especies arbóreas desarrolladas a modo de estratos en pisos de vegetación. Exponentes como el ceibo, nogal, cebil, laurel, cedro, palo santo, guayacán, jacarandá, lapacho, etc., visten las montañas de colores en la primavera, quedando a mayor altura (1000 a 1700 m.s.n.m.) las coníferas y alisos perennes que reflejan la humedad permanente del lugar. Los departamentos de Valle Grande, Ledesma, San Pedro y Sta. Bárbara forman parte de esta región.
Estos nacen al sur de la Quebrada de Humahuaca, desde Lozano hasta el Río de Las Pavas – departamento de El Carmen – y límite natural con Salta, provincia “que abraza a la nuestra” jurisdiccionalmente. Estos valles poseen clima templado y temperaturas moderadas todo el año que oscilan entre los 10°C y los 25°C de promedio anual, aunque en invierno los días fríos bajan los valores produciendo heladas y nevadas frecuentes en las altas cumbres. Constituye la región de mayor concentración de población al contar con la ciudad capital. Hidrográficamente, estos valles están recorridos por dos ríos muy aprovechados por los pobladores: el Grande y el Xibi Xibi o Chico, este último nacido en las estribaciones del Nevado del Chañi, el pico más elevado de Jujuy con 6.200msnm. Ambos torrentes confluyen en la ciudad de San Salvador y continúan unidos rumbo noreste hasta los ríos Lavayén – San Francisco (afluentes del río Bermejo e integrantes de la Cuenca del Plata). La fertilidad caracteriza sus suelos, siendo uno de las regiones con mayor dinámica económica; actividades agrícolas, ganaderas e industriales se despliegan en las localidades de Perico, El Carmen, Monterrico, Pampa Blanca, San Antonio, Puesto Viejo, Palpalá y Capital, las que a su vez forman parte de los departamentos de El Carmen, San Antonio, Palpalá y Dr. Manuel Belgrano.
La sismicidad del área de Jujuy es frecuente y de intensidad baja, y un silencio sísmico de terremotos medios a graves cada 40 años.
La provincia de Jujuy tiene sus ríos dentro de las cuencas hídricas abiertas y cerradas. Las cuencas abiertas son aquellas agua que van ha desembocar al mar y las cuencas cerradas son las aguas que desembocan en lagunas y salares.
Cuenca del Río Grande
La Cuenca del Río Grande, que nace en Tres Cruces y atraviesa toda la Quebrada de Humahuaca, se podría decir desemboca en Río San Francisco. En su recorrido recibe las aguas de los ríos y arroyos: río Cuevas, Calete, Yacoraite, arroyos La Huerta, Juella, Huichaira, río Huasamayo, Purmamarca, arroyo Coururo, arroyo del Medio (Volcán), río León, río Reyes, río Xibi-Xibi, río Calete, río Chijra, arroyo Blanco, río Perico.
Cuenca del río San Francisco
La Cuenca del río San Francisco, ese río se extiende desde el departamento San Pedro y desemboca en el río Bermejo, como tributarios los tiene en especial al río Lavayén, San Lorenzo y Valle Grande, río Ledesma, río Negro, río Sora, río piedras, arroyo Santa Rita.
Ríos en la Puna
Hay dos pequeñas cuencas en la puna, la primera es el río Orosmayo y río Grande de San Juan, que en su recorrido nace el limite del departamento de Susques y Rinconada, y hace de límite con la República de Bolivia y que después atraviesa la República de Bolivia y desemboca en el río Pilcomayo; y la segunda son los ríos La Quiaca, Sansana y Yavi los cuales se juntan en Bolivia y también desemboca en el río Pilcomayo.
Entre las cuencas cerradas de la Puna, destacó que la de la Laguna de Pozuelos, "a la cual desembocan los principales ríos Santa Catalina, Cincel, Guayatayoc, Corral Blanco, Maleguayco.
La Cuenca de la Laguna de Guayatayoc, sus tributarios principales son los ríos Mira Flores, Susques y las Burras. Es de hacer notar que esta laguna es continuación de las Salinas Grandes de la Puna y se interna a la provincia de Salta.
En el departamento Santa Bárbara, entre la zona de yungas y la región del chaco se encuentran las lagunas de la Brea, San Miguel, Agua Caliente y Totorillá, rodeadas de una vegetación exuberante.
A 16 kilómetros de la localidad de Caimancito, en el Departamento Ledesma, se encuentran las termas de Aguas Calientes, también conocidas como las termas de Caimancito, con una temperatura de alrededor de 53 grados.
En el Departamento Dr. Manuel Belgrano, en la zona de los valles, se encuentran las montañas que delimitan la zona con una porción de las yungas, las Lagunas de Yala, ubicadas a más de 2000 msnm; son en total 6 lagunas llamadas de Alizar, Noques, del Comedero, Desaguadero, Larga y Rodeo. Esta última es una reserva provincial y cuenta con una vieja hostería, hoy casa de guardabosques. La adecuada temperatura y claridad de las aguas hace que algunas de estas lagunas hayan sido cerradas al público y se dediquen a la cría del Pejerrey y la Trucha.
En esta región se encuentran también aguas termales, sobre las que se ha erigido el complejo de Termas de Reyes.
La región de la Puna es la que contiene las lagunas más extensas y particulares, toda vez que estas se dan a altísima altitud rodeadas de desierto, algunas incluso de salinas.
La laguna de Guayatayoc se ubica en medio de las Salinas Grandes y tiene una gran variación anual, llegando su máxima extensión a 240 kilómetros cuadrados. Para estas fechas la laguna se colma de distintas especies de aves, entre las que puede ubicarse las guayatas (ganso salvaje que da nombre a la laguna) y flamencos rosados.
Otra de las lagunas de la región, es la llamada Runtuyoc, ubicada al pie del cerro entre las localidades de Abra Pampa y el Puesto del Marqués, con alrededor de 6 kilómetros cuadrados tiene una colonia permanente de aves.
Dos de las lagunas de la Puna se encuentran entre los Sitios Ramsar en Argentina, estas son la Laguna de Pozuelos y la Laguna de Vilama.
Pozuelos, nombrada Reserva de la Biosfera por la UNESCO, monumento natural y sitio Ramsar, es uno de los enclaves de aves acuáticas más importantes en la región andina del NOA, llegándose a registrar hasta 26 000 flamencos de especies autóctonas en sus inmediaciones. Su extensión promedia los 200 km².
Situadas a 4500 msnm las lagunas de Vilama, también sitio Ramsar, ubicadas en las inmediaciones de los andes son de difícil acceso. En su ecoambiente se encuentran variadas especies de aves, vicuñas y chinchillas. La zona comprende 11 lagunas medianas, entre ellas la Laguna de Vilama (la mayor), la de Palar, Catal, Arenal, Pululos y una centena de pequeños espejos de agua.