La crisis provocada por el rechazo porteño al Acuerdo y la renuncia del gobernador produjeron la intervención personal de Urquiza que disolvió la Junta de Representantes, clausuró los periódicos opositores y ordenó que los diputados Vélez Sarsfield, Mitre, Ortiz Vélez y Portela abandonen Buenos Aires.

Nombró como gobernador interino nuevamente a López quién desarrolló en escasos tres meses una intensa labor de gobierno. Reorganizó los tribunales, la Guardia Nacional y la Sociedad de Beneficencia.

Estas medidas provocaron la acción de los opositores a Urquiza que pusieron en marcha una revolución liderada por Valentín Alsina y como jefe de las fuerzas militares al general José M. Pirán. El objetivo de los revolucionarios fue recuperar el ejercicio de la soberanía provincial. El 11 de septiembre de 1852 se reunió la Junta de Representantes y eligió como gobernador provisorio a su presidente, el general Pinto. Se iniciaba así la secesión de Buenos Aires que duraría una década. Este período resultó una etapa floreciente para Buenos Aires ya que gozó en exclusividad de los derechos aduaneros sin necesidad de contribuir a los gastos nacionales; la confederación en cambio se quedaba sin recursos y debía afrontar todos los gastos de la administración del Estado.

Buenos Aires constituyó un gobierno provisorio nombrando como gobernador propietario a Valentín Alsina y como ministros de gobierno a Juan B. Peña y de Guerra a José María Flores, tenían como objetivo debilitar el poder de Urquiza y dificultar la reunión del Congreso.

La revolución de septiembre en Buenos Aires aplazó la reunión del congreso y la primera sesión pudo hacerse efectiva el 20 de noviembre de 1852.

Entre los congresales elegidos figuraban destacados políticos, intelectuales y sacerdotes como José B. Gorostiaga, Juan María Gutiérrez, Facundo Zuviría, Salvador María del Carril, el doctor Lavaisse, el doctor Centeno, Juan Francisco Seguí, Pedro Ferré, Pedro Díaz Colodrero, Santiago Derqui entre otros.

La comisión de negocios constitucionales empezó a sesionar el 24 de diciembre de 1852 y el 18 de abril de 1853 presentó su dictamen a la Asamblea, esta discutió el despacho en once sesiones memorables y el 1° de mayo de 1853 sancionó la constitución. Fue promulgada por Urquiza el 25 de mayo de 1853 en el palacio San José de Flores y los gobiernos provinciales la juraron el 9 de julio de 1853.

El 1° de diciembre de 1852 el coronel Hilario Lagos, comandante general del departamento del centro de la provincia inició una sublevación con el objetivo de derrocar al gobernador Valentín Alsina.

También exigía el reconocimiento del Acuerdo bonaerense respondió al alzamiento y el gobernador debió renunciar.

Urquiza, en virtud de sus atribuciones, intervino para pacificar la provincia, pero fracasó ya que en él Buenos Aires se reservaba el derecho de aceptar o no la Constitución por lo que Urquiza rechazó el tratado y se reinició el sitio.

Contaban con una escuadra fluvial sitiadora comandada por el norteamericano John L. Coe.

Mientras esto sucedía en Buenos Aires, el congreso constituyente santafecino aprobaba el texto constitucional que declaraba a la ciudad de Buenos Aires capital de la nación, obligándola así a entregar su puerto y su aduana.

Ante estos hechos los porteños decidieron sobornar a las fuerzas sitiadoras que abandonaron las filas. Urquiza debió aceptar la mediación de diplomáticos extranjeros y abandonó el sitio el 13 de julio de 1853.

El gobierno de Buenos Aires rechazó sin previo examen la Constitución sancionada en Santa Fé e inició una etapa de aislamiento político con respecto al resto de la República.

El control de la Aduana y la posesión de un Banco emisor le permitieron a la provincia contar con los recursos necesarios

En la reunión de gobiernos en Palermo se había decidido convocar a la Comisión Representativa creada por el Pacto Federal pero Pujol, ministro de gobierno de Corrientes convenció a Urquiza de la conveniencia de reunir a los gobiernos de provincia.

Para ello se envió en misión a Bernardo de Irigoyen quien debía explicarles a estos los alcances de la nueva política y comprometerlos a participar del encuentro en San Nicolás de los Arroyos con el objetivo de fijar las bases para un futuro Congreso Constituyente.

La reunión se efectuó y el 31 de mayo de 1852 se firmó el Acuerdo de San Nicolás. Se redactó en diecinueve artículos, en el primero se renovó el Pacto Federal, en el segundo se convocó a un congreso federativo y en el cuarto se determinó que la elección de diputados se haría conforme a las leyes vigentes en cada provincia debiendo enviar cada una dos diputados.

Por los artículos catorce, quince y dieciséis se facultó a Urquiza a restablecer la paz si esta si viese afectada, organizar el ejecutivo nacional, legislar sobre la navegación de los ríos interiores y administración de correos. En el artículo dieciocho lo nombraron Director Provisorio de la Confederación Argentina. Una cláusula adicional invitaba a firmarlo a los gobernadores ausentes.

Trece provincias, exceptuando a Buenos Aires ratificaron el Acuerdo que constituyó un precedente fundamental para la promulgación de la Constitución en 1853.