Tras la revolución del 11 de septiembre de 1852, fue nombrado gobernador el General Manuel Guillermo Pinto, el primer gobernador provisional hasta la realización de elecciones del Estado de Buenos Aires.
Como resultado electoral el 31 de octubre de 1852 resulto electo Valentín Alsina con el cargo de gobernador pero ante el sitio de Buenos Aires renuncio,
Cuando Alsina renunció, el 7 de diciembre de 1852, a raíz de la revolución federal del general Hilario Lagos, Pinto fue nombrado nuevamente gobernador interino. Sus ministros fueron Nicolás Anchorena, Carreras y Ángel Pacheco, todos exrosistas. Tuvo que defender la ciudad del sitio al que la puso Lagos, al que poco después se sumó Urquiza. Recibió un enviado de éste, y lo convenció de firmar un tratado que dejaba las cosas en el mismo lugar, pero con la retirada de Lagos; Urquiza se negó a firmarlo.
Desde la Nochebuena de 1852 hasta julio de 1853, Buenos Aires permaneció sitiada, el sitio se resolvió por medio del soborno al jefe de la escuadra federal, el norteamericano John Halstead Coe, que se pasó a Buenos Aires, y por el soborno a cientos de oficiales de Lagos.
Pinto murió el 28 de junio de 1853, cuando todavía era gobernador de una ciudad sitiada, poco después de la traición de Coe.
Ante el fallecimiento del General Pinto se llamaron a nuevas elecciones,pero luego del fracaso de Valentín Alsina como gobernador provisional, Obligado pactó con la facción nacionalista de Mitre y gracias a su apoyo, logró en 1853 ser electo gobernador del Estado.
En 1854 es votada una constitución de la ciudad de Buenos Aires con la cual la ciudad retenía para la provincia el ejercicio de la soberanía exterior e interior, en claro desafío a la Constitución Nacional de 1853; Obligado fue un claro continuador de esa política, obligando a quienes abogaban por un sistema federal (como Vicente Fidel López o Marcos Paz) al exilio. Las relaciones con el gobierno de Paraná fueron lo suficientemente tensas para que en 1854 se llegase a las armas; el ejército porteño batió a las fuerzas entrerrianas del general Jerónimo Costa en la batalla de El Tala, pero Urquiza logró obtener de Obligado un acuerdo por el que se comprometían ambas partes al socorro mutuo en caso de agresión exterior.
Poco después de la batalla de Caseros, en febrero de 1852, fue electa una nueva legislatura, con miembros en general nuevos. Uno de los pocos que tenía experiencia legislativa era Pinto, que fue nombrado su presidente. Fue gobernador delegado de Vicente López en mayo, mientras éste firmaba el Acuerdo de San Nicolás. Como la legislatura se negó a sancionar el Acuerdo, Justo José de Urquiza la disolvió en junio, exigiendo que Buenos Aires se reconociera en igualdad de condiciones con las demás provincias. Un grupo de oficiales unitarios al mando del coronel José María Pirán dio un golpe el 11 de septiembre, apenas Urquiza dejó la ciudad para inaugurar la Convención Constituyente en Santa Fe, y nombró gobernador provisional a Pinto.
A lo largo de su período presidencial, con los altibajos impuestos por las circunstancias desatadas, que avivaba la prensa de uno y otro sector, principalmente la porteña, Urquiza mantuvo vivo el deseo de negociar la reincorporación de Buenos Aires. Hubo levantamientos contra el gobierno de Buenos Aires, como la campaña de Gerónimo Costa, en noviembre de 1854, y para hallar soluciones pacíficas Urquiza designó a José María Cullen y a Daniel Gowland, representantes suyos ante el gobernador Pastor Obligado. La provincia disidente nombró con igual carácter a lrineo Portela y de esta manera surgió el convenio del 20 de diciembre de 1854.
Durante su gobierno, Obligado aprovechó los fondos proporcionados por la aduana para mejorar la infraestructura bonaerense; fundó numerosas escuelas primarias, sentó las bases del Colegio Nacional de Buenos Aires, urbanizó la campiña convirtiendo antiguos fuertes en poblados y comenzó las obras para el servicio de agua corriente y de gas de alumbrado para Buenos Aires.
El 14 de octubre de 1855 el armero francés Adolphe Bertonnet hizo la primera demostración práctica de la telegrafía eléctrica Breguet mediante una línea tendida entre el Hotel de Provence y el local del daguerrotipista italiano Luigi Bartoli sobre la Plaza Victoria. Asistieron el gobernador Pastor Obligado y sus ministros Valentín Alsina, Norberto de la Riestra y Bartolomé Mitre, quienes pese al éxito de la demostración y a la entusiasta defensa de Sarmiento desde El Nacional no quedaron convencidos de instalar el equipo.
El 30 de agosto de 1857 presidió la inauguración de la primera línea férrea, que recorría el trayecto desde la actual Plaza Lavalle hasta el pueblo (hoy barrio) de Flores.
Para reafirmar su posición autonomista, Buenos Aires eligió nuevamente gobernador al doctor Valentín Alsina y emitió papel moneda. A las órdenes de los coroneles Bartolomé Mitre y Emilio Mitre, Granada, Otamendi y Conesa se emprendieron nuevas campañas contra los levantiscos indios del sur. Estas campañas terminaron en las graves derrotas ante las tribus de Catriel, de Cachul, los ranqueles de Yanquetruz, los araucanos de Calvucurá, en todo el amplio frente desde Azul hasta Tandil y desde allí el desierto completo, hasta los mayores centros de Salinas Grandes. Los triunfos indígenas fueron seguidos por los clásicos malones, saqueos, arreos de decenas de miles de cabezas. Se negoció la paz sobre la base de una entrega trimestral de víveres, yerba, tabaco, bebidas, azúcar y otros elementos, lo que no impidió que las depredaciones continuaran, aunque en escala más reducida.
Primer gobernador constitucional del estado de Buenos Aires entre 1854 a 1857 fue nombrado juez en la provincia de Buenos Aires al día siguiente de la batalla de Caseros pese que anteriormente fue partidario de Rosas, pertenecía a una influyente familia de Buenos Aires y jugó un importante papel político durante el período de la separación de Buenos Aires de las otras provincias electo gobernador de la provincia en 1853 (provisionalmente, pues le faltaban algunos días para tener la edad estipulada de treinta y cinco años). Durante su gobernación demostró ser intolerante con sus enemigos y opositores pero progresista en lo atinente a la administración; fundó numerosas escuelas primarias; nombró a José Eusebio Agüero director del Colegio Seminario que más tarde llegaría a ser el Colegio Nacional hizo planes para la fundación de varios pueblos en sitios en los que había pequeños fuertes y comenzó la construcción de instalaciones para la provisión de agua así como las de suministro de gas a la ciudad.
Una parte de la opinión porteña estaba por el restablecimiento de la unidad nacional. Sus ideas eran difundidas en el periódico La Reforma Pacífica, que dirigía Nicolás Calvo. La otra tendencia tenía por órgano al diario La Tribuna cuyos jefes eran mitre , Alsina Mármol, Sarmiento ,etc. El antagonismo provoco importantes disturbios.
Incremento de la tensión
Durante el gobierno de Valentín Alsina las relaciones se hicieron más tirantes , y hubo desacuerdos, los pactos fueron denunciados, y el recurso de las armas se planteó la única salida posible, a pesar de que Urquiza no desistió de hallar una salida por vía pacífica.
Como última solución, el Congreso autorizó a Urquiza a resolver por la paz o la guerra la situación del estado disidente.
Mientras se hacían los aprestos para la guerra, unidades de la escuadra porteña vigilaban el río Paraná para evitar en lo posible el paso de las fuerzas entrerrianas. La escuadra de la Confederación se hallaba por entonces en Montevideo, armando algunos de sus buques. Hasta mediados de 1859, la flotilla de Buenos Aires predominó en los ríos. El Guardia Nacional recorría el Uruguay, el General Pintos y el Buenos Aires se hallaban frente al Paraná, al mando del almirante Murature, para impedir el paso de fuerzas de la Confederación, que había ordenado a su escuadra que avanzase desde Montevideo, forzando el paso de Martín García.
El 7 de julio por la mañana la tripulación del General Pintos se sublevó al grito de “Viva la Confederación Argentina”. A bordo de la nave se encontraba el comandante del Buenos Aires, Alejandro Murature, quien quiso contener a los amotinados, pero murió en la lucha; su padre, el almirante, también fue herido. Así, Urquiza pudo pasar tranquilamente su flota a la ribera de Santa Fe.
Urquiza albergó en su casa a Murature y dio orden de que se celebrasen las exequias del hijo muerto.
Mientras en ambos sectores se intensificaban los preparativos para la guerra, intervino como mediador el ministro de los Estados Unidos, Benjamín Yancey, que ofreció al general Urquiza sus buenos oficios a fin de evitar el derramamiento de sangre.
Tras encabezar la revolución del 11 de septiembre de 1852 contra Urquiza, fue electo gobernador de Buenos Aires, pero dimitió tras un levantamiento militar. Presidió la asamblea constituyente que sancionó la primera constitución provincial de Buenos Aires, que en la práctica se separó de la Confederación Argentina. En 1857 nuevamente fue electo gobernador de Buenos Aires. Inauguró el primer ferrocarril argentino y trajo solemnemente al país los restos de su antiguo jefe, Bernardino Rivadavia. Apoyó una invasión de militares del partido colorado a Uruguay, que terminó en una masacre de los invasores.
Al comienzo, Alsina dudaba de la buena disposición del presidente y no quiso pactar ningún armisticio previo, como pedía el ministro mediador estadounidense, pero después de varias conferencias, los comisionados del gobierno Je Buenos Aires, Mármol y Vélez Sársfield, propusieron, entre otras cosas, como condición ineludible el retiro de Urquiza. Ante esta actitud, Benjamín Yancey dio por terminada su intervención amistosa.
En el ínterin, otro hecho contribuyó a aumentar la tensión: San Juan había sido intervenida en 1857 a consecuencia de un motín que derrocó a las autoridades constituidas; se designó como comisionado a Nicanor Molinas, que regresaba de cumplir
igual misión en La Rioja. El gobierno de Gómez Rufino, primer gobernador constitucional de la provincia, temeroso del caudillo sanjuanino Nazario Benavídez, a cargo de la circunscripción militar, lo redujo a prisión el 19 de septiembre de 1858, lo encerró en un calabozo y, pese a su edad avanzada, le puso una barra de grillos de arroba.
El vicepresidente, que estaba a cargo del poder ejecutivo, Salvador M. del Carril, en decreto refrendado por Derqui, designó una comisión para poner en libertad al detenido. Antes de la llegada de los comisionados, Benavídez fue asesinado en el calabozo el 23 de octubre. Se pensó que este asesinato había sido realizado por sugerencia de los porteños la provincia fue intervenida y el Congreso Federal votó en abril de 1859 una ley que encomendaba a Urquiza la reincorporación de Buenos Aires. En los preliminares de la batalla, Urquiza tenía una escuadra compuesta de nueve buques con 68 cañones y ese poderío, unido a las fortificaciones y baterías de Rosario y Paraná, le dio poder beligerante en el río que antes era dominado por la escuadra porteña. Además, Urquiza contaba con el apoyo de trece provincias.
La Confederación, además, tenía serios problemas económicos que no lograba resolver; el comercio exterior seguía pasando casi exclusivamente por la aduana de Buenos Aires, que era la mayor fuente de ingresos fiscales del país. De modo que no podía sostener esa situación por mucho tiempo más. El enfrentamiento era tanto por posiciones ideológicas, pero sobre todo por el predominio político y económico, y el derecho a imponer su política económica a la otra parte.
Nazario Benavídez fue un militar y caudillo argentino, aliado de Juan Manuel de Rosas y Justo José de Urquiza, participó de las luchas entre unitarios y federales. Su asesinato fue uno de los desencadenantes de la batalla de Cepeda (1859).
Ante la derrota de Cepeda el ejercito de Urquiza avanzo hasta el pueblo de Flores , Urquiza hubiera podido entrar a Buenos Aires por la fuerza, pero acampó en las afueras, en el pueblo de San José de Flores y desde allí presionó al gobernador Alsina; algunos de su partido creyeron ver que Urquiza estaba dispuesto a todo a cambio de la paz, siempre y cuando Buenos Aires se reincorporara a la Confederación. Alsina decidió no aceptar ninguna negociación, pero sus aliados lo dejaron solo y debió renunciar.
Felipe Lavallol habia sido electo vicegobernador en 1858, y tras la renuncia de Valentín Alsina como consecuencia de la batalla de Cepeda de 1859 fue designado Gobernador, cargo que ejerció hasta el 3 de mayo de 1860, entregando la gobernación a Bartolomé Mitre.
Fue electo vicegobernador en 1858, y tras la renuncia de Valentín Alsina como consecuencia de la batalla de Cepeda de 1859 fue designado Gobernador, cargo que ejerció hasta el 3 de mayo de 1860, entregando la gobernación a Bartolomé Mitre.
En 1860, Mitre fue electo gobernador de la provincia de Buenos Aires, con el encargo de terminar el proceso de incorporación de la provincia en la Nación. Presionó sobre el presidente Santiago Derqui y obtuvo una modificación de las cláusulas del Pacto de San José de Flores, en junio de 1860, por el que Buenos Aires conservaba el manejo de la Aduana por un tiempo determinado, pero se comprometía a entregar 1 500 000 pesos mensuales a la Confederación. Derqui mantuvo relaciones muy cordiales con el gobernador porteño, e incluso incorporó dos de los ministros de este –incluido el de Hacienda, clave en las circunstancias que atravesaba su gobierno– a su gabinete nacional. Incluso prometió a Mitre permitir a Buenos Aires la elección de sus diputados nacionales de acuerdo a la ley porteña, y no de acuerdo a la Constitución y la ley nacional. También otorgó a Mitre el grado de general de la Nación.
En 1861, el presidente Derqui ordenó la intervención federal en la provincia de San Juan, debido al asesinato del gobernador. La intervención terminó con la derrota militar de los insurrectos y el fusilamiento del gobernador rebelde, Antonino Aberastain. El gobierno y la prensa de Buenos Aires –que habían festejado la muerte del gobernador legal derrocado– exigieron a Derqui el castigo del interventor federal, Juan Saá, y la reposición de los liberales en el gobierno sanjuanino. Mitre calificó el episodio como "el último estertor de la barbarie y la violencia."
Las relaciones entre Buenos Aires y el gobierno nacional se cortaron abruptamente, y los ministros porteños se retiraron del gobierno. El gobierno porteño dejó de pagar las contribuciones –que estaba cumpliendo con mucho retraso– a que se había comprometido, con lo cual pensaba ahogar económicamente a la Nación.
No obstante los diputados por la Provincia de Buenos Aires, elegidos por circunscripciones uninominales, tal como disponía la ley porteña, se presentaron a incorporarse al Congreso. Pero el 13 de abril, los diputados porteños fueron rechazados por no haber sido elegidos según la ley nacional. Inmediatamente se retiraron también los senadores electos.Por este y otros motivos, el presidente Santiago Derqui dictó un decreto convocando a nuevas elecciones en Buenos Aires. Pero las autoridades de la provincia se negaron a acatar tal disposición, y declararon caduco el Pacto de San José.
El Congreso consideró esto como un acto de sedición y Derqui encomendó al capitán general, gobernador entrerriano y expresidente Urquiza la jefatura de las fuerzas nacionales para volver a la provincia rebelde a la obediencia. El general Urquiza comenzó a concentrar y organizar en Diamante.
Batalla de Pavón
Derqui se instaló en Córdoba, donde organizó un ejército. Los dos bandos se prepararon para la guerra; Mitre se puso al frente del ejército porteño: quería la guerra a toda costa, ya que creía contar con fuerzas suficientes para triunfar;26 había incorporado a las mismas un gran número de mercenarios, reclutados en Europa por Hilario Ascasubi, y a la mayor parte de las fracciones de indígenas ranqueles.
Las fuerzas porteñas estaban mejor armadas y más disciplinadas que las nacionales, y su inferioridad numérica no parecía excesiva: 15400 porteños contra 17000 nacionales. El 22 de agosto de 1861 las relaciones entre Buenos Aires y la Confederación se rompieron. El 17 de septiembre de 1861 Mitre, se preparaba y esperaba en la estancia de la familia Rueda, en la Provincia de Santa Fe.
En 1859, siendo ministro de Guerra, comandó el ejército provincial; la Legislatura le ordenó invadir la provincia de Santa Fe, ocasión en que enfrentó al general Urquiza en la batalla de Cepeda.
El 23 de octubre se inició la Batalla de Cepeda: la ventaja inicial favoreció a la infantería porteña, pero un hábil uso de la caballería por parte de Urquiza le permitió tomar la ofensiva, e incluso tres batallones porteños fueron destruidos. Una maniobra de flanco ordenada por Mitre desorganizó toda la formación, y la noche detuvo la batalla cuando la victoria de la Confederación era ya evidente.
Los porteños tuvieron 100 muertos, 90 heridos y 2000 prisioneros, además de perder 21 cañones. Los nacionales tuvieron 300 bajas fatales.14 En medio de la noche, Mitre comandó una ordenada retirada hacia San Nicolás, adonde llegó pasado el mediodía siguiente con solo 2000 hombres. Carlos D'Amico relata que —si bien jamás ganó una batalla— lo cierto es que las retiradas de Mitre, heroicas algunas, como la de Cepeda, salvaron muchas vidas. A continuación embarcó todo su ejército, y –tras un breve combate– logró trasladarlo a Buenos Aires.
Mitre se puso al frente de la defensa, pero el avance de Urquiza sobre Buenos Aires resultó imparable; gracias a la mediación de Francisco Solano López, hijo del presidente del Paraguay, se logró la renuncia del gobernador Valentín Alsina y la firma del Pacto de San José de Flores, por el cual Buenos Aires se reincorporaba a la Confederación, reservándose el derecho de proponer reformas a la Constitución.18 La reforma constitucional de 1860 sancionó la forma en que la provincia se reincorporaría a la Nación.
El 17 de septiembre tuvo lugar la batalla de Pavón; la caballería nacional arrolló las dos alas de los porteños, mientras la infantería porteña desplazaba a la nacional. Sin haber utilizado su reserva que estaba formada por las mejores fuerzas entrerrianas Urquiza abandonó el campo de batalla, y dos días después cruzó el río Paraná, regresando a Entre Ríos y Mitre se retiró hacia San Nicolás, como dos años antes; solo varios días después se convenció de su triunfo, no debido al resultado bélico sino a la retirada de Urquiza.
Consecuencias de Pavón
Mientras tanto, Derqui trataba de reunir sus tropas en Rosario; cuando supo que no lo lograría abandonó todo y huyó a Montevideo.
Pedernera asumió el gobierno, mientras las fuerzas porteñas ocupaban Rosario y enviaban desde allí varias divisiones hacia el interior. El general Venancio Flores destruyó al resto del ejército federal en la Matanza de Cañada de Gómez, y en los primeros días de diciembre entró en la ciudad de Santa Fe. Por su parte, otra división porteña al mando de Wenceslao Paunero avanzó hacia Córdoba, donde el coronel Marcos Paz se hizo nombrar gobernador.
En Corrientes, la noticia de la victoria porteña de Pavón alentó a los liberales, que en noviembre se lanzaron a la revolución con apoyo económico y armamento de Buenos Aires. Una breve guerra civil terminó con la renuncia del desmoralizado gobernador autonomista.
Los porteños más exaltados incitaron a Mitre a desconocer la Constitución Nacional y dictar otra, que estableciera un régimen unitario. Pero el gobernador porteño tenía un plan más realista, que llevó adelante exitosamente: declaró en plena vigencia la Constitución del 53, mientras enviaba al interior varias divisiones a deponer a los federales más exaltados, cuyas legislaturas reasumirían la autoridad delegada en el gobierno nacional y a continuación delegarían esta misma autoridad en el gobernador porteño.
Entre los primeros en desconocer al gobierno federal estuvo el propio Urquiza, que también declaró que reincorporaba la ciudad de Paraná a su provincia.
El 12 de diciembre, cuando hacía ya varios días que la mayor parte de los legisladores habían abandonado Paraná, Pedernera declaró en receso el gobierno nacional.
Luego de la Batalla de Pavón el gobierno de la Confederación Argentina colapsó y Mitre tomó de facto el gobierno el 12 de diciembre de 1861, bajo el título de Gobernador de Buenos Aires Encargado del Poder Ejecutivo Nacional.
Ya desde antes de la campaña de Pavón, una guerra civil intermitente sacudía a Santiago del Estero, Tucumán y Catamarca; la noticia de la victoria de Pavón permitió al caudillo unitario Manuel Taboada imponer la victoria del partido porteño en todas las provincias del norte.
Una división comandada por Ignacio Rivas y Sarmiento, se dirigió a Cuyo y derrocó a los gobernadores de San Luis, Mendoza y San Juan. Sarmiento fue elegido gobernador de su provincia natal.
En La Rioja, el caudillo federal Ángel Vicente Peñaloza, apodado "El Chacho", impidió el avance de las tropas porteñas y de sus aliados, iniciando una complicada guerra civil en esa provincia y las vecinas que duró tres meses, hasta que –tras el sitio de San Luis por las fuerzas del Chacho– se firmó la Paz de la Banderita, del 4 de junio, por la cual eñaloza reconoció la autoridad nacional de Mitre.
A lo largo de la primera mitad de 1862 se celebraron elecciones de diputados y senadores en todo el país, y el nuevo Congreso de la Nación se reunió oficialmente a fines de mayo en Buenos Aires.
Uno de los mayores problemas que enfrentaba Mitre, como presidente de facto de la Nación, era la indefinición sobre la capital federal del país, que impedía tener un lugar donde establecer el gobierno federal. La Constitución de 1853 había establecido que la ciudad de Buenos Aires era la capital federal de la Nación Argentina. Buenos Aires sin embargo, no había sido parte de esa Constitución, se organizó como Estado autónomo separado de la Confederación Argentina y se negaba a perder su ciudad principal. La "cuestión capital" llevó a la guerra a la Confederación y el Estado porteño. En una primera etapa de la guerra, la Confederación al mando del general Urquiza, venció en la Batalla de Cepeda a las tropas de Buenos Aires al mando del coronel Mitre. Urquiza sin embargo, no exigió la rendición incondicional del Estado de Buenos Aires y aceptó firmar el Pacto de San José de Flores, que reconocía a Buenos Aires su derecho a preservar la integridad territorial y a que cualquier decisión sobre la federalización de la ciudad-puerto, contara con la autorización de la legislatura porteña.
El Pacto de San José de Flores, fue formalizado con la Reforma constitucional de 1860, que entre otras muchas reformas eliminó la cláusula que establecía la capital federal en Buenos Aires e hizo posible de ese modo que Buenos Aires ingresara a la federación. Pero al no poder establecerse una capital federal, el gobierno nacional se quedó sin un lugar donde instalarse.
Elegido presidente por unanimidad de los electores, en cuanto asumió la Presidencia, Mitre logró que el Congreso Nacional aprobara una ley federalizando toda la provincia de Buenos Aires. Pero la Legislatura de Buenos Aires no dio su aprobación, como era indispensable según la norma incluida en la Constitución por la reforma de 1860.
El 7 de junio de 1862, Mitre envió un mensaje al Senado de la Nación solicitando la ley de Capital de la República y el 20 de agosto el Congreso votó la ley federalizando todo el territorio de la provincia de Buenos Aires. Inmediatamente después, Mitre, como gobernador de la provincia y presidente de la Nación, le solicitó a la Legislatura de la provincia de Buenos Aires, que aceptara la federalización de la misma, pero los diputados provinciales rechazaron de plano la ley nacional.
El intento de federalizar la provincia intentado por Mitre, causó la división del Partido Unitario de Buenos Aires en dos: el Partido Nacionalista –liderado por Mitre– y el Partido Autonomista, cuyo líder era Adolfo Alsina; este último defendía la integridad territorial y la autonomía política de la provincia. Los mitristas fueron conocidos como "cocidos" y los opositores como "crudos". En 1865, Alsina sería elegido gobernador de la provincia de Buenos Aires.
El conflicto sólo fue solucionado por medio de la Ley de Compromiso del 3 de octubre de 1862, sancionada nueve días antes de que Mitre asumiera constitucionalmente el cargo de presidente de la Nación, que ya ostentada de facto desde el año anterior. La Ley de Compromiso aplazaba la discusión sobre la "cuestión capital" por cinco años, mientras permitía al gobierno nacional residir en la ciudad de Buenos Aires y recaudar los derechos de aduana, garantizando al gobierno porteño su presupuesto anual. Buenos Aires conservaría su Guardia Nacional, destinada a la defensa de la frontera con los indígenas.