Ante la aparente debilidad de la Junta, el grupo morenista preparó un levantamiento, pero los cuerpos leales a Saavedra se adelantaron. Gran número de hombres de las afueras de la ciudad ocuparon la Plaza de la Victoria —la actual Plaza de Mayo— con el apoyo de las tropas, en la noche del 5 al 6 de abril. Presentaron ante el Cabildo una serie de peticiones, que fueron aceptadas por la Junta y los jefes militares.
A la unidad inicial de los pueblos en torno al reconocimiento de la Junta de Buenos Aires desde mayo de 1810, sucedió desde el 18 de diciembre un desborde de pasiones, de rivalidades, de rencores personales y de desconfianzas; las facciones se transformaron luego en partidos y comenzaron los alzamientos políticos y militares
La victoria de los conservadores contra Moreno produjo el "sacudimiento volcánico" del 5 y 6 de abril, según la calificación del diputado Funes.
Después de la renuncia de Moreno se constituyó la llamada Junta Grande con la incorporación de los diputados de las provincias; los morenistas, los jóvenes entusiastas de mayo, encabezaron la oposición y el vehículo de esa corriente fueron los jefes del regimiento Estrella, French y Beruti, el club del café Marcos, la Sociedad patriótica.
Ya desde el mes de enero tenía Saavedra información sobre la agitación revolucionaria y se dio cuenta de que se le quería separar de la comandancia de armas; en carta a Chiclana menciona como promotores de la agitación a French, a Beruti, a algunos alcaldes de barrio, a Agustín Donado, y decía el 15 de enero:
"Yo me río de todos ellos porque sé que sería obra tan bien gobernada como la del 1º de enero de 1809".
También se refiere en su carta a Chiclana a los miembros de la Junta vinculados con los preparativos subversivos: Matheu, Alberti, Azcuénaga; se esperaba también para reforzar la oposición la llegada de Hipólito Vieytes.
El 23 de marzo se produjo una conmoción cuando se decretó el extrañamiento de los españoles peninsulares solteros en el término de tres días.
Tras el fallecimiento de Mariano Moreno, lo reemplazó como secretario de la Junta Grande, hasta 1811, fue miembro de la "Sociedad Patriótica", asociación de revolucionarios rioplatenses creada por Manuel Moreno en marzo de 1811, con el fin de proclamar la independencia del Río de la Plata. Compartió estas ideas junto a otros morenistas como Juan Larrea, Agustín José Donado, Juan José Paso, Domingo French, Julián Álvarez y Nicolás Rodríguez Peña, entre otros.
Haciéndose eco de las reclamaciones de los afectados, el Cabildo resolvió intervenir para pedir la revocación del decreto por presión de los alcaldes de barrio que seguían las inspiraciones de French. La Junta tuyo que dejar sin efecto el decreto de expulsión. También produjo disgusto el nombramiento del español Matías Bernal como gobernador intendente de Potosí.
Aunque poco antes, cuando Elío pidió su reconocimiento por la Junta como virrey del Río de la Plata; se le respondió airadamente, y los opositores vieron en el nombra-miento de Bernal un rasgo de menosprecio de los americanos y hasta un principio de traición. El pasionismo tergiversaba el color de las cosas y se hablaba de traición, de entrega del país a una potencia extranjera y de otras exageraciones por el estilo.
En la noche del 5 de abril se advirtió un movimiento de gentes del pueblo, de vecinos del suburbio y de las quintas hacia la plaza Mayor; los regidores del Cabildo fueron citados a la Fortaleza para resolver allí en unión con la Junta la actitud por asumir ante esa concentración cuyos propósitos se desconocían.
Tras la formación de la Junta Grande y la partida y muerte de Moreno, el sector que lo seguía quedó en minoría en el nuevo ejecutivo. Pronto se formó la Sociedad Patriótica que nucleó la oposición a la Junta controlada fundamentalmente por Saavedra, el deán Gregorio Funes y el diputado Manuel Felipe Molina. A los efectos de consolidar la situación y anticipando un posible golpe, a comienzos de abril se produjo un movimiento dirigido por Grigera con el objetivo de purgar el gobierno de los morenistas remanentes, detener a los comandantes del único regimiento que les respondía en la ciudad, el América, a Agustín José Donado sindicado como el responsable de la Sociedad y establecer un estricto control interno.
Se hizo llamar a Tomás Grigera, alcalde de las quintas, que estaba en la plaza, en conocimiento de que había hecho citar a los vecinos de las quintas aquella mañana; interrogado por Vieytes, respondió que el pueblo tenía que pedir cosas importantes e interesantes para la patria.
La gente siguió llenando la plaza y se incorporaron también a la concentración los regimientos al mando del coronel de húsares Martín Rodríguez.
Los regidores salieron de la Fortaleza hacia el Cabildo a las tres de la madrugada y el doctor Joaquín Campana entregó una representación dirigida al gobierno en nombre de diversos alcaldes de barrio, entre ellos Grigera; también la firmaban varios jefes de regimiento.
Se pedía en la representación: la expulsión de los españoles europeos y un impuesto sobre las rentas de los bienes dejados por los expulsados; en febrero habían sido enviados a las provincias de Cuyo los poderosos comerciantes Martín de Alzaga, Santa Coloma, Neyra; la destitución de los vocales Vieytes y Rodríguez Peña, nombrados por la Junta para cubrir vacantes, y la designación de vocales con intervención y conocimiento del pueblo; la restitución de Cornelio Saavedra como comandante general de armas, al que concedían la suma confianza; también se pidió que Manuel Belgrano respondiese a los cargos que se le formularon por la expedición frustrada al Paraguay; que no se diesen empleos a personas que no fuesen naturales de las provincias en las que habían de ocuparlos; que se formase un tribunal de vigilancia; que fuesen privados de sus empleos y expatriados French, Beruti, Donado y Vieytes.
El pueblo de las quintas, acaudillado por Grigera y Campana, impuso su intervención en el nombramiento de miembros de la Junta y autorizó a las provincias a decidir también sobre los gobernantes que no fuesen nativos de ellas. Tal fue el origen del movimiento contra los gobernadores intendentes Diego José Pueyrredón en Córdoba, Tomás Allende en Salta, que abandonaron los cargos de presidentes de las respectivas juntas provinciales.
El tribunal de vigilancia fue integrado por Anastasio Gutiérrez, el coronel Juan Bautista Bustos y el doctor Juan Pedro Aguirre, y comenzó a actuar contra los adversarios de la situación creada por la asonada del 5-6 de abril.
Tomás Grigera, influyente en las quintas y en la campaña, se convirtió en un personaje principal, y Bernardino Rivadavia fue confinado en la Guardia de Salto, en la frontera con los indios.
La primera división persistente de la parte culta de la sociedad o el centro y la del pueblo de los suburbios, de las quintas y de las campañas surgió entonces; Moreno había exaltado la unidad de la ciudad y la campaña y ahora quedaba rota.
Se había reclamado la plena libertad de prensa; en la Gazeta extraordinaria se reconoce su utilidad, pero con ciertas restricciones, conciliada con las reglas generales de la decencia y de la verdadera ilustración y cultura de los pueblos. El deán Funes hizo el elogio de la libertad de prensa, pero Con excepción de los escritos sobre temas religiosos, que habrían de ser sometidos a - la censura de los ordinarios eclesiásticos. De todos modos, su discurso sobre la libertad de prensa es un valioso documento de la época; la reglamentación de la misma fue copiada casi enteramente del decreto respectivo aprobado por las Cortes de Cádiz.
El deán Funes y Saavedra aparecen ante la historia como responsables de la asonada; el Manifiesto sobre los antecedentes y origen de la noche del 5 y 6 de abril del corriente, redactado por Funes, se publicó en la Gazeta extraordinaria del 15 de abril y explica y justifica la asonada.
Tanto Saavedra como Funes declararon que no tuvieron parte ni noticia de ese movimiento hasta que se produjo; puede ser así, pero entonces habría sido obra de la iniciativa de los jefes de su facción, que ya había triunfado el 18 de diciembre contra los morenistas. Saavedra se jactaba de contar con el apoyo de la mayoría de los regimientos y estaba seguro de que el de la Estrella no podría imponerse, pues estaba al tanto de sus movimientos y preparado para reprimirlo a balazos.
La asonada del 5-6 de abril no había destruido la oposición creciente al conservadorismo de Saavedra y el deán Funes, aunque por el momento fue vencida y desarticulada, pero al poco tiempo volvieron a circular murmuraciones sobre gestiones del gobierno para entregar el país a los enemigos; y todo ello se agravó y se avivó con la reacción porteña ante los gobernadores provincianos; Saavedra mismo era natural de Tarja.
Además, se produjo un violento rozamiento entre la Junta y el Cabildo; Joaquín Campana, que había encabezado el movimiento de alcaldes de barrio y se convirtió en secretario de la Junta, era el ejecutor de las peticiones del 5-6 de abril; el Cabildo quiso eximirse de la investigación sobre los españoles europeos sospechosos, diciendo que esa tarea no entraba en sus funciones y que además tenía muchas cosas que hacer que absorbían su tiempo y no debían ser interrumpidas.
La Junta replicó enérgicamente e intimó al Cabildo el cumplimiento de esa labor contra la cual no reclamó al serle acordada.
Circuló a fines de junio la noticia de que las tropas del ejército auxiliar del Perú se habían sublevado al difundirse el rumor de que sería entregado el virreinato a la infanta Carlota; el Cabildo envió urgentes despachos a Castelli y Balcarce para informarles de la falsedad de aquella versión.
Entre el público había cundido el pánico y volvió a ponerse en el tapete la expulsión de los españoles europeos. Joaquín Campana pidió el 19 de julio una reunión urgente del Cabildo y asistió personalmente al acuerdo; informó allí que tenía noticias de que Francisco Xavier de Ello proyectaba una invasión nocturna a Buenos Aires para apoderarse de la Fortaleza y de los cuarteles, y exhortó a los regidores a tomar providencias inmediatas para la seguridad de la patria. Bajo esa presión, el Cabildo dispuso la expulsión de los españoles solteros a lugares distantes de la costa; los casados debían permanecer en sus domicilios desde la oración, bajo pena de la vida. Se esta-bleció una vigilancia rigurosa. La aplicación del destierro fue suspendida al tener noticias más tranquilizadoras.