Cuando llegó a Buenos Aires el 20 de julio la noticia del desastre de Huaqui, cambió el panorama interno de la ciudad bajo el contagio del pánico. La Junta resolvió entonces enviar a Montevideo una delegación para tratar con Elío, siendo integrada por Gregorio Funes, Juan José Paso y José Julián Pérez;
El Cabildo ignoró esa medida de tanta trascendencia, lo cual no contribuyó al apaciguamiento de la tirantez de relaciones entre el Cabildo y la Junta.
Cornelio Saavedra y Manuel F. de Molina salieron en misión hacia el interior para tranquilizar a los pueblos y tratar de reorganizar las fuerzas salvadas del desastre; en la vicepresidencia de la Junta quedó Domingo Matheu y en la comandancia de armas Francisco Antonio Ortiz de Ocampo.
Castelli, Balcarce y Viamonte fueron relevados del mando del ejército del Norte, aunque los propios Saavedra y Molina habían pedido que no se cumpliese esa decisión en el caso de Viamonte, a causa de su pericia militar. Castelli y Antonio González Balcarce llegan presos a Buenos Aires y se les procesa, y el primero muere poco después, en octubre de 1812.
El nerviosismo en la capital era comprensible; Saavedra había salido hacia el interior para reagrupar fuerzas para la defensa del territorio después del desastre de Huaqui
y se difundió la especie de fuga; una delegación de Montevideo había llegado para concertar un tratado de paz; por otra parte debían ser elegidos los diputados de Buenos Aires al congreso general.
El Cabildo se resistió a proceder a la elección de diputados según las normas que le quería imponer la Junta;hubo encuentros ruidosos de escándalo entre la diputación del Cabildo y el doctor Campana; la violencia de lenguaje se tradujo en la calle en una serie de tumultos públicos desde el 11 al 18 de septiembre.
Castelli y Balcarce fueron remitidos a Buenos Aires luego de la pérdida de la batalla de Huaqui , una vez allí fueron enjuiciados . El triunvirato y la Gazeta fueron tremendos con las acusaciones, para colmo Castelli enferma de un cancer de lengua que le hace perder el habla, falleciendo al poco tiempo, en cuanto a Balcarce el proceso judicial continuo quedando al finalizar liberado de todos sus cargos.