El conflicto surgido entre Tucumán y Salta movió al gobierno de Buenos Aires a mediar en busca de la paz; el gobernador interino Manuel V. Maza propuso a Quiroga la misión pacificadora. Por su prestigio en las provincias andinas y norteñas, era el emisario indicado.
Facundo Quiroga comunicó a Rosas la propuesta que le hacía Maza y Rosas estuvo conforme; probablemente se había hecho por sugestión suya; pero le respondió que convenía tener una entrevista. A mediados de diciembre se reunieron en la quinta de Terrero, en Flores. Durante dos días, Rosas, Quiroga y Terrero discutieron los pormenores de la misión a cumplir y el 19 de diciembre partió Quiroga en compañía de su secretario José Santos Ortiz en una galera. Rosas le acompañó hasta cerca de San Antonio de Areco y convinieron en que Rosas le escribiría una carta con indicaciones sobre su misión y sobre la inconveniencia entonces de la reunión del Congreso general y de la Constitución; es un largo documento, razonado con lógica desde el punto de vista de Rosas, firmado en la estancia de Figueroa en San Antonio de Areco el 20 de diciembre de 1834.
Llegó Quiroga a Córdoba en nochebuena y fue saludado por el ministro Aguirre y por Francisco y José Antonio Reinafé. Se detuvo en Pitambalá dos días por un percance que sufrió la galera al cruzar el río. Desde allí, 29 de diciembre, escribió a Rosas; Ibarra le hizo comunicar la terminación de la guerra entre Tucumán y Salta con la prisión de Latorre; el 3 de enero de 1835 llegó a Santiago del Estero, desde donde dirigió una nota a los gobernadores de Salta y Tucumán para provocar entre ellos una entrevista; el 6 de enero llegó Heredia, el cual hizo saber el fin de Latorre.
Quiroga se expresó así al enterarse de lo ocurrido: "Pinten el hecho como quieran, él no será otra cosa que un atentado horrendo".
Celebró una reunión con los gobernadores de Santiago del Estero y Tucumán, Felipe Ibarra y Alejandro Heredia, y con el delegado del nuevo gobernador de Salta, Juan Antonio Moldes; asistieron también Adeodato Gondra, ministro de Ibarra, y Francisco Aráoz, secretario de la delegación de Salta. Esas conversaciones culminaron en un tratado de paz, amistad y alianza entre las tres provincias.
Una vez celebrada la reunión con los gobernadores de Santiago del Estero y Tucumán, Felipe Ibarra y Alejandro Heredia, y con el delegado del nuevo gobernador de Salta, Juan Antonio Moldes; Quiroga dio por terminada su misión