Se proclamó el estado de sitio por noventa días en todo el país; en la capital federal las medidas represivas sofocaron en sus comienzos el movimiento; las tropas leales y la policía recuperaron pronto las comisarías tomadas por sorpresa y los cantones revolucionarios, ocupando el arsenal, centro de las operaciones de los insurgentes.
Hubo numerosas detenciones y la revolución fracasó rápidamente; el Santa Cruz se llenó de presos; Yrigoyen desapareció y no se presentó ante los jueces hasta el 19 de mayo para asumir su responsabilidad como jefe del movimiento.
El mayor José Félix Uriburu era jefe de la escolta presidencial y contribuyó a la frustración del movimiento radical.
Quintana explicó al Congreso después de los sucesos de febrero de 1905: "Al recibirme del gobierno conocía la conspiración que se tramaba en el ejército y por eso le dirigí aquella incitación para que se mantuviera extraño a las agitaciones de la política, invocando al mismo tiempo el ejemplo de sus antepasados y la gloria de sus armas. Una parte de la oficialidad subalterna no quiso escucharme y ha preferido lanzarse a una aventura que no excusa la inexperiencia ante los deberes inflexibles del soldado".
Casa del Dr. Hipólito Yrigoyen siendo custodiada por la Policia, 11 de febrero de 1905.
La represión se llevó a cabo contra los revolucionarios y simultáneamente contra el movimiento obrero y socialista y sus organizaciones, su prensa, etc., aunque ellos no había tenido ninguna vinculación con el movimiento del 4 de febrero. Por el contrario, el Partido Socialista acordó invitar a la clase obrera a mantenerse alejada de estas rencillas, que eran promovidas por la sed desmedida de mando y mezquinas ambiciones.
Fueron detenidos centenares de obreros agremiados, la prensa socialista y anarquista fue prohibida, se allanaron los locales de los periódicos La Vanguardia y La Protesta entre otros y los locales sindicales fueron clausurados. El Partido Socialista y las organizaciones obreras, la Unión General de Trabajadores y la Federación Obrera Regional Argentina, pidieron permiso para realizar una manifestación de protesta. El 21 de mayo de 1905 una manifestación compuesta por millares de trabajadores se reunieron en la plaza Constitución y desfilaron desde allí hasta la plaza Lavalle, donde la concentración fue atacada a tiros y sablazos, dejando como saldo dos muertos, veinte heridos y numerosos contusos en la plaza.
La revolución fue derrotada, pero desencadenaría una corriente de cambio institucional dentro del oficialismo que ya no podría ser detenida. El roquismo se había dividido, y tanto Carlos Pellegrini como Roque Sáenz Peña, principales referentes del nuevo autonomismo, comprendían la necesidad de realizar profundos cambios institucionales si se pretendía contener el creciente conflicto social y político.
En 1906 con la muerte del presidente Quintana y la asunción de su vicepresidente, José Figueroa Alcorta, el congreso dicta la Ley n.º 4939 de amnistía general a todos los participantes de la revolución de 1905.